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Genetic servey of escaped farmed red sea breamin major aquaculture area

Research Project

Project/Area Number 21K05730
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 40030:Aquatic bioproduction science-related
Research InstitutionNihon University

Principal Investigator

SAWAYAMA Eitaro  日本大学, 生物資源科学部, 准教授 (70846071)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 高木 基裕  愛媛大学, 南予水産研究センター, 教授 (70335892)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Keywords養殖魚 / 逸出 / 遺伝的撹乱 / 水産増殖 / マダイ / 養殖 / 一塩基多型 / 集団構造 / 逸出個体 / 個体識別 / 交雑
Outline of Research at the Start

マダイ養殖は網生簀を用いて営まれているが、災害等により生簀が損壊し、養殖個体が天然環境へ逸出することがある。逸出個体の一部は天然集団に加わり、繁殖に貢献すると考えられるが、それにより、「養殖環境で有利な遺伝子変異」が天然集団へ浸透する恐れがある。本研究では、まず、新規に開発した個体識別一塩基多型パネルを用い、わが国の主要な養殖産地周辺に生息するマダイの由来判別を行い、逸出や交雑の現状を調査する。また、我々がこれまでに集積してきたマダイのゲノム情報を活用し、養殖集団に特徴的な遺伝子変異を特定し、さらには、天然集団におけるそれら変異の頻度を調べることで、養殖個体に由来する遺伝子浸透を評価する。

Outline of Final Research Achievements

Red sea bream is a species for which intensive aquaculture and breeding have been extensively developed. In this study, we used this fish species as a model to monitor escapee around major aquaculture areas. Initially, to differentiate between farmed and wild fish, a single nucleotide polymorphism (SNP) marker was developed, and a molecular genetic method was established using this to identify escapee. An SNP panel was created using 249 SNP markers evenly selected from across the genome. Upon evaluating the efficacy of this SNP panel, approximately 200 SNPs were amplified with sufficient accuracy for analysis, allowing for the genetic discrimination between farmed and wild fish. Investigations using this SNP panel on escaped fish showed that escapes were frequently observed in aquaculture areas located inner bay.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

一連の研究により、マダイの個体識別を可能にする高感度DNAマーカーの開発に成功し、日本沿岸域のマダイの遺伝的多様性の現状や、逸出による遺伝的撹乱を明らかにできた。このことは、水産重要魚種の遺伝資源を保全する上での重要な基礎情報となるとともに、他魚種においても同様の技術を転用することが可能となるため、学術的意義は大きいと言える。また、逸出の現状を明らかにしたことで、今後の養殖管理についてのあり方を検討する知見としての意義も大きい。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (5 results)

  • [Journal Article] Sex-Associated SNP Confirmation of Sex-Reversed Male Farmed Japanese Flounder Paralichthys olivaceus2023

    • Author(s)
      Maekawa Mari、Yoshii Emiri、Akase Yuri、Huang He、Yoshikawa Sota、Matsuda Masahiko、Kuruma Yosuke、Sawayama Eitaro
    • Journal Title

      Marine Biotechnology

      Volume: 25 Issue: 5 Pages: 718-728

    • DOI

      10.1007/s10126-023-10235-2

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Major histocompatibility IIβ diversity and peptide-binding groove properties associated with red sea bream iridovirus resistance2022

    • Author(s)
      Sawayama Eitaro、Tanizawa Shiho、Nakayama Kei、Ito Risa、Akase Yuri、Kitamura Shin-Ichi
    • Journal Title

      Aquaculture

      Volume: 552 Pages: 738038-738038

    • DOI

      10.1016/j.aquaculture.2022.738038

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of the causative gene of a transparent phenotype of juvenile red sea bream Pagrus major2021

    • Author(s)
      Sawayama Eitaro、Handa Yoshihiro、Nakano Koichiro、Noguchi Daiki、Takagi Motohiro、Akiba Yosuke、Sanada Shuwa、Yoshizaki Goro、Usui Hayato、Kawamoto Kenta、Suzuki Miwa、Asahina Kiyoshi
    • Journal Title

      Heredity

      Volume: 127 Issue: 2 Pages: 167-175

    • DOI

      10.1038/s41437-021-00448-3

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Polymorphisms of growth‐ and immune‐related genes in cultured red sea bream Pagrus major identified by gene‐related DNA markers2021

    • Author(s)
      Sawayama Eitaro、Kobayashi Wataru、Nakao Hironori、Yamada Yuuki、Takagi Motohiro
    • Journal Title

      Journal of Applied Ichthyology

      Volume: 37 Issue: 3 Pages: 410-416

    • DOI

      10.1111/jai.14184

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] マダイ粘液からの非侵襲的ゲノムDNA抽出とゲノムワイド解析への応用2023

    • Author(s)
      小野木健起、澤山英太郎
    • Organizer
      令和5年度 日本水産増殖学会第21 回大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 日本近海に生息するマダイの集団遺伝構造2023

    • Author(s)
      藤原成晴・田内哲平・山崎藤子・高木基裕・澤山英太郎
    • Organizer
      令和5年度日本水産学会春季大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] マダイの系統識別を目的とした一塩基多型パネルの開発2022

    • Author(s)
      澤山英太郎・田内哲平・山崎藤子・ 藤原成晴・高木基裕
    • Organizer
      令和4年度日本水産学会秋季大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] ゲノムワイド一塩基多型を用いた養殖マダイの集団遺伝学的評価2021

    • Author(s)
      澤山英太郎・半田佳宏・勝又啓史・中野江一郎
    • Organizer
      日本水産学会秋季大会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 瀬戸内しまなみ地域に生息するメダカの遺伝的評価と管理単位の特定2021

    • Author(s)
      小柳 雅・村岡 和・高木基裕・澤山英太郎
    • Organizer
      日本魚類学会大会
    • Related Report
      2021 Research-status Report

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Published: 2021-04-28   Modified: 2025-01-30  

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