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ビローム解析による野生イノシシの腸内ウイルスコミュニティの解明と豚との比較

Research Project

Project/Area Number 21K05947
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 42020:Veterinary medical science-related
Research InstitutionAzabu University

Principal Investigator

長井 誠  麻布大学, 獣医学部, 教授 (10540669)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 大井 徹  石川県立大学, 生物資源環境学部, 特任教授 (10201964)
竹前 等  東京農工大学, 農学部, 准教授 (40415550)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2023: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Keywordsイノシシ / 豚 / 糞便ウイルス / ウイルス分離 / 次世代シークエンス / A群ロタウイルス / 新規ウイルス / メタゲノム解析 / ビローム解析 / 腸管ウイルスコミュニティ / ウイルス遺伝子多様性
Outline of Research at the Start

本研究では野生イノシシの腸管ウイルスコミュニティを構成するウイルスの種類と遺伝的多様性を明らかにし、豚のそれと比較するため、ウイルスメタゲノム(ビローム)解析を行う。養豚場近隣及び養豚場の存在しない地域のイノシシと豚の腸管内ビロームを経年的に比較し、ウイルスの種類、遺伝子相同性、変異を調べ、ウイルスの進化を考察する。これらの成績をもとに、イノシシの腸管ウイルスの家畜及び人への感染リスクを評価するとともに、家畜及び人への感染防止に資するデータを構築する。

Outline of Annual Research Achievements

本研究では、イノシシと豚における腸内ウイルスコミュニティの比較解析を行い、新規ウイルスの発見や家畜及びヒトにおけるウイルスの種間伝播を予測することを目的としている。2023年度はイノシシの糞便71検体及び豚の糞便40検体を採材した。本年度はA群ロタウイルスに焦点を当てて研究を実施した。
A群ロタウイルスはヒトを含む各種動物の主に幼弱個体に感染し、下痢症を引き起こす。ヒトでは先進国でも被害が認められ、我が国においてもワクチンが普及されている。これまでの本研究で、イノシシ及び豚からA群ロタウイルスがそれぞれ10.8%(23/212頭)及び20.7%(87/421頭)検出されている。今回、豚の糞便8検体から培養細胞であるMA104細胞を用いて8株のA群ロタウイルスが分離された。またイノシシ1検体及び豚4検体から、細胞培養によるウイルス分離は成功しなかったが、糞便を材料として実施した次世代シークエンスによりほぼ完全長のA群ロタウイルス遺伝子が検出され、培養細胞から得られた8株についても次世代シークエンスで全ゲノムを決定し、遺伝子解析を行ったところ、多様な遺伝子型を示すあることが判明した。特にNSP5遺伝子は我々が以前世界で初めて豚から発見したH2ロングゲノムパターン遺伝子型を保有する株が遺伝子再集合を繰り返しながら我が国の豚の中で浸潤を拡大していることが判明した(Shizawa et al. 2024)。このゲノムパターンのウイルスは、最初ヒトから1980年代に見つかったウイルスで、ヒトから豚に種間伝播したと考えられているが、豚の中で分布を広げていることから、ヒトに戻ってくる可能性があることから引き続き調査を続けなければならないと考えられた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

野外材料(イノシシ及び豚の糞便)の採材は順調で、研究機関を通じて予定されていた採材数をクリアした。ウイルス分離や次世代シークエンスによる解析も順調であったが、研究代表者が本人の病気と家庭の事情で2023年度の後半から実験と解析を十分に実施することができなくなり、特に2023年度に採材した検査材料の検査と解析が予定どおり実施できなかったので、研究機関の延長を申請した。

Strategy for Future Research Activity

今後は2023年度に採材し、検査や解析を実施することのできなかった検体を中心に、さらなる実験を行う。具体的にはウイルス分離と遺伝子解析を実施し、ヒトをはじめとする動物とのウイルスの種間伝播を探索することで新しい知見の集積を目指す。

Report

(3 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 1 results)

  • [Journal Article] Genomic diversity of group A rotaviruses from wild boars and domestic pigs in Japan: wide prevalence of NSP5 carrying the H2 genotype2024

    • Author(s)
      Shizawa Shigeki、Fukuda Fujiko、Kikkawa Yasuhiro、Oi Toru、Takemae Hitoshi、Masuda Tsuneyuki、Ishida Hiroho、Murakami Hironobu、Sakaguchi Shoichi、Mizutani Tetsuya、Nagai Makoto、Oba Mami
    • Journal Title

      Archives of Virology

      Volume: 169 Issue: 3 Pages: 63-63

    • DOI

      10.1007/s00705-023-05954-9

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Prevalence and genetic diversity in bovine parechovirus infecting Japanese cattle2023

    • Author(s)
      Oba Mami、Obinata Shiho、Takemae Hitoshi、Kazama Kei、Oguro Masashi、Ito Kazuki、Kakinuma Seiichi、Ishida Hiroho、Murakami Hironobu、Sakaguchi Shoichi、Mizutani Tetsuya、Nagai Makoto
    • Journal Title

      Archives of Virology

      Volume: 168 Issue: 3 Pages: 91-91

    • DOI

      10.1007/s00705-023-05712-x

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Genetic diversity, reassortment, and recombination of mammalian orthoreoviruses from Japanese porcine fecal samples2022

    • Author(s)
      Fukase Yuka、Minami Fujiko、Masuda Tsuneyuki、Oi Toru、Takemae Hitoshi、Ishida Hiroho、Murakami Hironobu、Aihara Naoyuki、Shiga Takanori、Kamiie Junichi、Furuya Tetsuya、Mizutani Tetsuya、Oba Mami、Nagai Makoto
    • Journal Title

      Archives of Virology

      Volume: 167 Issue: 12 Pages: 2643-2652

    • DOI

      10.1007/s00705-022-05602-8

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] First Isolation and Identification of Homologous Recombination Events of Porcine Adenovirus from Wild Boar2022

    • Author(s)
      Oba Mami、Borjigin Sumiya、Kikuchi Fuka、Oi Toru、Takemae Hitoshi、Ishida Hiroho、Murakami Hironobu、Aihara Naoyuki、Shiga Takanori、Kamiie Junichi、Mizutani Tetsuya、Nagai Makoto
    • Journal Title

      Viruses

      Volume: 14 Issue: 11 Pages: 2400-2400

    • DOI

      10.3390/v14112400

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genomic diversity and intragenic recombination of species C rotaviruses2022

    • Author(s)
      Oki Hisako、Masuda Tsuneyuki、Hayashi-Miyamoto Michiko、Kawai Megumi、Ito Mika、Madarame Hiroo、Fukase Yuka、Takemae Hitoshi、Sakaguchi Shoichi、Furuya Tetsuya、Mizutani Tetsuya、Oba Mami、Nagai Makoto
    • Journal Title

      Journal of General Virology

      Volume: 103 Issue: 2

    • DOI

      10.1099/jgv.0.001703

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] First isolation and genomic characterization of bovine parechovirus from faecal samples of cattle in Japan2022

    • Author(s)
      Oba Mami、Sakaguchi Shoichi、Wu Hong、Fujioka Yoshihiko、Takemae Hitoshi、Oki Hisako、Kawai Megumi、Shiokawa Mai、Aoki Hiroshi、Fukase Yuka、Madarame Hiroo、Nakano Takashi、Mizutani Tetsuya、Nagai Makoto
    • Journal Title

      Journal of General Virology

      Volume: 103 Issue: 2

    • DOI

      10.1099/jgv.0.001718

    • Related Report
      2021 Research-status Report

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Published: 2021-04-28   Modified: 2024-12-25  

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