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Construction of a database for histopathological diagnosis of bovine respiratory disease complex using whole slide images

Research Project

Project/Area Number 21K05965
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 42020:Veterinary medical science-related
Research InstitutionNational Agriculture and Food Research Organization

Principal Investigator

Kimura Kumiko  国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 動物衛生研究部門, グループ長 (30391444)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywordsバーチャルスライド / 牛呼吸器病症候群 / データベース / 病理組織学的診断 / 獣医病理 / 免疫組織化学 / WSI
Outline of Research at the Start

牛の呼吸器病症候群(BRDC)は,ストレス感作と複数の病原体の感染が複雑に絡み合って発生する牛の呼吸器障害の総称である。BRDCは病理組織学的所見も複雑となり,診断が非常に困難である。
本研究では,BRDCの病理組織学的診断精度の向上のために,病理組織像を比較できるデータベースを構築し,組織所見から類似疾病を検索する方法を開発する。また,組織標本はバーチャルスライドによるデジタル画像を利用することによって,全組織像を簡単に閲覧できるようにする。本データベースの活用により,BRDCの病理組織学的診断の標準化が見込まれる。

Outline of Final Research Achievements

To improve the accuracy of histopathological diagnosis of bovine respiratory disease complex (BRDC), a database using whole slide images was constructed. WSIs were created from 352 tissue specimens from 111 cases, and metadata such as case information and histopathological findings were added to each image. The collected cases varied from necrotizing pneumonia, purulent pneumonia, granulomatous pneumonia, and interstitial pneumonia to a wide variety of combinations of pathogens involved. WSI images and metadata were stored on the servers of the National Agriculture and Food Research Organization. Cases can be retrieved by a search system and viewed externally via an SSL-VPN connection.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

バーチャルスライド(WSI)はデジタルデータとして病理組織標本全体を観察することができる。すなわち成書に掲載されている典型病変の切り取り画像とは異なり,一枚の切片上の多様性を確認することができる。牛呼吸器病症候群では複数の要因が様々に関与し,複雑な病変を形成していることからWSIを活用したデータベースの構築は,過去の様々な症例の病理組織像を比較することを可能にし,病理学的診断の効率化および標準化が可能になる。また,それぞれの画像に症例の詳細情報,病理組織学的所見および病原検査結果等がメタデータとして付与されているため,病理組織学的検査の学習用資料としても活用が可能である。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2024 2023 2022

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Granulomatous pneumonia in a cow infected with Toxoplasma gondii2024

    • Author(s)
      Ken Inoue , Yasuhiro Takashima , Shinji Hirano, Kumiko Kimura
    • Journal Title

      Parasitology International

      Volume: 101 Pages: 102870-102870

    • DOI

      10.1016/j.parint.2024.102870

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Co-infection of Deep-seated Mycosis caused by <i>Candida albicans</i>, <i>Aspergillus</i> spp., and Mucorales with Bovine Adenovirus Type 4 Infection in a Japanese Black Calf2022

    • Author(s)
      鈴田史子、寺山好美、浦川 了、熊谷飛鳥、木村久美子
    • Journal Title

      Journal of the Japan Veterinary Medical Association

      Volume: 75 Issue: 1 Pages: e18-e23

    • DOI

      10.12935/jvma.75.e18

    • NAID

      130008141804

    • ISSN
      0446-6454, 2186-0211
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 牛の肺:牛のRhodococcus equiによる化膿性肉芽腫性肺炎2023

    • Author(s)
      木村久美子、加藤智
    • Organizer
      日本獣医病理学専門家協会学術集会スライドフォーラム(第63回獣医病理学研修会)
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 牛の感染症の病理(呼吸器症状を主徴とする疾病を中心に)2023

    • Author(s)
      木村久美子
    • Organizer
      令和4年度家畜保健衛生所病性鑑定技術検討会(病理部門)
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 繁殖和牛に発生したロドコッカス・エクイ感染症の一事例2023

    • Author(s)
      加藤 智, 鈴木 康則, 木村 久美子, 大塚 幹弘, 高井 伸二
    • Organizer
      日本獣医師会学術集会 中部地区学会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 牛の肺:牛のRhodococcus equiによる化膿性肉芽腫性肺炎2023

    • Author(s)
      木村久美子、加藤 智
    • Organizer
      第10回 日本獣医病理学専門家協会学術集会・スライドフォーラム(第63回獣医病理学研修会)
    • Related Report
      2022 Research-status Report

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Published: 2021-04-28   Modified: 2025-01-30  

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