Identification of epigenetic regulatory system for phenotypic plasticity of "hot-spring frog"
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21K06125
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 43050:Genome biology-related
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| Research Institution | Hiroshima University |
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Principal Investigator |
井川 武 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (00507197)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
荻野 肇 広島大学, 両生類研究センター, 教授 (10273856)
鈴木 誠 広島大学, 両生類研究センター, 助教 (10533193)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2021)
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| Budget Amount *help |
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2023: ¥520,000 (Direct Cost: ¥400,000、Indirect Cost: ¥120,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
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| Keywords | エピジェネティック制御 / 両生類 / ゲノム / 表現型可塑性 / マイクロCT / 環境適応 / 温度適応 / バイオインフォマティクス / エピジェネティクス |
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| Outline of Research at the Start |
生物はどのようにして異なる環境に適応して分布を広げるのだろうか。特に温度への適応は避けられない要素であるが、温度に対して適応的な表現型がどのように誕生するのかわかっていない。本研究では生物の適応進化における分子メカニズムの解明を解明するために、温泉に生息できるほど高温に適応したリュウキュウカジカガエルの表現型可塑性について、遺伝子発現のエピジェネティック制御機構とその進化的意義の解明を目指す。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は温度に対して適応的な表現型が誕生するプロセスを解明するため、西南諸島に産するリュウキュウカジカガエルの表現型可塑性について、遺伝子発現のエピジェネティック制御機構とその進化的意義の解明を目指している。本年度はマイクロCTを利用した形態変化の三次元比較解析及び、ChIP-seqによるヒストン修飾の標的領域の比較解析を計画していた。しかしながら、新型コロナウィルス感染防止の観点から離島でのフィールドワークが行えず、実験に供するリュウキュウカジカガエルを得ることができなかった。したがって、そのため、比較対象とするカジカガエルにおいてリュウキュウカジカガエルにおいてサンプルを調整するとともに、リュウキュウカジカガエルと同様にRNAseqによる遺伝子発現解析を行った。これらのサンプルはマイクロCTにおける軟骨組織の染色方法を検討するため複数の方法で固定しており、これを利用して表現型可塑性の三次元観察に適した方法を決定する。また、当初予定していた解析ができなかったため、情報解析において必要となるリファレンスゲノムの整備に取り組み、長鎖塩基配列決定を行って既存のデータと併せて再度、新規ゲノムアセンブリを行った。その結果、リュウキュウカジカガエル、カジカガエルともにScaffold長のN50値が100万塩基対を越える連続性の高いゲノム情報の整備が完了した。次年度以降にサンプリング予定地域での研究活動が可能になり次第、当初予定していた実験課題に取り組む予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
新型コロナウィルス感染防止の観点から離島でのフィールドワークが行えず、実験に供するリュウキュウカジカガエルを得ることができなかった。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後も十分なサンプルが得られないことを想定して、リファレンスゲノムの完成を優先して研究を進める。次年度以降にサンプリング予定地域での研究活動が可能になり次第、当初予定していた実験課題に取り組む。
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Report
(1 results)
Research Products
(7 results)
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[Journal Article] Cryo-injury procedure-induced cardiac regeneration shows unique gene expression profiles in the newt Pleurodeles waltl.2021
Author(s)
Uemasu H, Ikuta H, Igawa T, Suzuki M, Kyakuno M, Iwata Y, Tazawa I, Ogino H, Satoh Y, Takeuchi T, Namba N, Hayashi T.
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Journal Title
Dev Dyn
Volume: -
Issue: 5
Pages: 864-876
DOI
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Peer Reviewed
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