神経幹細胞特異的なエンハンサーによる遺伝子発現制御機構の解明
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21K06396
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 46010:Neuroscience-general-related
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
佐野坂 司 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 助教 (40588472)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
裏山 悟司 奈良県立医科大学, 医学部, 助教 (90609976)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
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| Keywords | エンハンサーRNA / エピジェネティクス / 神経幹細胞 |
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| Outline of Research at the Start |
エンハンサーは発生に必須の遺伝子発現調節に重要な役割を果たしており、特に発生過程においては組織/細胞種で特異的なエンハンサーや時期特異的エンハンサーによって一連の遺伝子群の発現が調節されている。ゲノム解析の結果、ヒトには10万を超えるエンハンサーが存在すると見積もられており、細胞種特異的なエンハンサーが次々と同定されているが、それらエンハンサー候補領域において、本当にその機能（エンハンサー活性）があるのかは検証されていない。本研究課題では、それらエンハンサーによって制御されている遺伝子を同定するとともに、そのエンハンサーの活性自体を制御するメカニズムの解明を目指す。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究課題では、神経幹細胞特異的エンハンサーの同定に加え、その中でもエンハンサー活性を持っている真のエンハンサーの同定を試みている。近年、エンハンサー領域からはenhancer RNA(eRNA)と呼ばれるnon-coding RNAが発現しているという報告がなされていることから、そのeRNAの発現を条件として候補領域を探索し、初年度に705箇所同定している。また、eRNAとmRNAの発現を1細胞レベルで解析可能なRamDA-Seqを行い、エンハンサーの標的遺伝子の同定を試み、既知遺伝子に加え、新規の標的候補遺伝子を複数同定している。
本年度は、これらの同定した候補領域におけるエンハンサー活性制御機構を解析する為に、このeRNA発現領域に結合しうる因子をChIP-Seqデータベースを用いて網羅的に探索し、数種類の候補転写因子を同定した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
神経幹細胞得意的なエンハンサーの同定に加え、それら領域がどのように制御されているかを解析する事が目的であったが、エンハンサー領域に存在すると思われる複数の候補転写因子を同定する事が出来た為、おおむね順調に進展している。
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでのsingle cell RNA-seqの解析結果から、eRNA発現領域とその標的遺伝子の関係が明らかとなっている事から、当初予定していたCRISPRiやCRISPRaを用いたバリデーションは不要となった。そこで、エンハンサー活性のメカニズム解明に集中し、ゲノムの3次元構造変化という観点を加えて領域得意的なエンハンサー制御機構の解析を行う。
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Report
(2 results)
Research Products
(1 results)
