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エピトランスクリプトーム解析によるメルケル細胞癌の病態機構解明

Research Project

Project/Area Number 21K06885
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 49020:Human pathology-related
Research InstitutionTottori University

Principal Investigator

松下 倫子  鳥取大学, 医学部, 助教 (70642198)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 林 一彦  鳥取大学, 医学部, 特任教授 (30180962)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywordsメルケル細胞癌 / メルケル細胞ポリオーマウイルス / RNA-seq / METTL3 / RNA修飾
Outline of Research at the Start

メルケル細胞癌(MCC)は高齢者に多い予後不良の皮膚悪性腫瘍である。MCCの約80%にメルケル細胞ポリオーマウイルス(MCPyV)が感染し発癌に関与していると言われているが、発癌に至る詳細は十分に明らかになっていない。
本研究において、MCCをエピトランスクリプトミクスの観点から解析し、MCCの腫瘍病態を明らかにする。

Outline of Annual Research Achievements

皮膚悪性腫瘍のメルケル細胞癌(MCC)は、約80%でメルケル細胞ポリオーマウイルス(MCPyV)により発癌する。申請者は、MCCの腫瘍病態を遺伝子変異、遺伝子発現前のエピゲノム異常、タンパク発現・修飾異常にいたる一連の流れを体系的に明らかにしてきた。本年度は、腫瘍内免疫微小環境の状態とRNA代謝酵素の発現状態について比較検討を行った。免疫環境については、PD-L1、TIGIT-CD155免疫チェックポイント経路、regT細胞の転写因子であるFOXP3に着目した。一方、RNA代謝酵素については、METTL3、METTL14、ALKBH5、WTAPを免疫染色を用いてウイルスの有無で発現の際について評価した。
その結果、METLL3発現がウイルスの有無で差異があったが、そのほかについては、差異がなかった。またMETTL3高発現が予後不良因子であった。また、本来免疫細胞に発現するTIGITが異常発現を起こしていること、PD-L1発現が腫瘍中心部よりも辺縁部で多く、CD8陽性リンパ球、FOXP3についても同様であることを見出した。さらに、FOXP3発現の免疫細胞は予後不良因子であった。この結果の一部を論文発表を行った。
さらに、MCC細胞株を用いて、METTL3、ALKBH5、YTHDF1、YTHDF2、WTAP、FTOをsiRNAを用いてKDを行いRNA-seqおよび増殖能試験を計画した。その結果、METTL3のRNA-seqにおけるPCA解析では、PC3成分でMETTL3siの有無で分離された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

検証するべき細胞株がウイルスの陽性の有無で3種類ずつあり、浮遊系、接着系の違いでsi条件の調整および増殖能試験の条件検討に時間を要した。
そのため、RNA-seqライブラリー作成に時間を要し、シークエンス結果の解析が年度内に間に合わなかった。

Strategy for Future Research Activity

予定よりも進まなかったため、補助事業期間の延長を行った。
既に、RNA-seqについては、大部分でデータが得られたため、次年度はこの解析を行う。さらに、完了していないsiRNA実験(YTHDF1、FTO)と免疫染色を完了させ、論文投稿を行う。
完了していないRNA-seqデータの一部は、公開RNA-seqデータが発表されたため、これを用いて補完を行う。

Report

(3 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (4 results)

All 2023

All Journal Article (1 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (3 results)

  • [Journal Article] Clinical significance of the expression of FOXP3 and TIGIT in Merkel cell carcinoma2023

    • Author(s)
      Iwasaki Takeshi、Hayashi Kazuhiko、Matsushita Michiko、Nonaka Daisuke、Matsumoto Takamasa、Taniguchi Midori、Kuwamoto Satoshi、Umekita Yoshihisa、Oda Yoshinao
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 13 Issue: 1 Pages: 13114-13114

    • DOI

      10.1038/s41598-023-40050-7

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] RNAscopeを用いたメルケル細胞癌の組織切片上でのMCPyV検出の有用性2023

    • Author(s)
      松下 倫子, 林 一彦, 岩崎 健, 桑本 聡史
    • Organizer
      第112回 日本病理学会総会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] メルケル細胞癌におけるFOXP3、TIGIT/CD155経路の異常発現と臨床病態の解明2023

    • Author(s)
      岩崎 健, 林 一彦, 松下 倫子, 松本 崇雅, 宮本 拓海, 大石 智恵美, 桑本 聡史, 梅北 善久, 小田 義直
    • Organizer
      第112回 日本病理学会総会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] RNAscopeを用いたメルケル細胞癌の組織切片上でのMCPyV検出の有用性2023

    • Author(s)
      松下倫子、林一彦、岩崎健、桑本聡史
    • Organizer
      第112回日本病理学会総会
    • Related Report
      2022 Research-status Report

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Published: 2021-04-28   Modified: 2024-12-25  

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