エピトランスクリプトーム解析によるメルケル細胞癌の病態機構解明
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21K06885
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 49020:Human pathology-related
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| Research Institution | Tottori University |
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Principal Investigator |
松下 倫子 鳥取大学, 医学部, 助教 (70642198)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
林 一彦 鳥取大学, 医学部, 特任教授 (30180962)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
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| Keywords | メルケル細胞癌 / メルケル細胞ポリオーマウイルス / RNA-seq / METTL3 / RNA修飾 |
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| Outline of Research at the Start |
メルケル細胞癌（MCC）は高齢者に多い予後不良の皮膚悪性腫瘍である。MCCの約80%にメルケル細胞ポリオーマウイルス（MCPyV）が感染し発癌に関与していると言われているが、発癌に至る詳細は十分に明らかになっていない。
本研究において、MCCをエピトランスクリプトミクスの観点から解析し、MCCの腫瘍病態を明らかにする。
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| Outline of Annual Research Achievements |
皮膚悪性腫瘍のメルケル細胞癌(MCC)は、約80%でメルケル細胞ポリオーマウイルス(MCPyV)により発癌する。申請者は、MCCの腫瘍病態を遺伝子変異、遺伝子発現前のエピゲノム異常、タンパク発現・修飾異常にいたる一連の流れを体系的に明らかにしてきた。本年度は、腫瘍内免疫微小環境の状態とRNA代謝酵素の発現状態について比較検討を行った。免疫環境については、PD-L1、TIGIT-CD155免疫チェックポイント経路、regT細胞の転写因子であるFOXP3に着目した。一方、RNA代謝酵素については、METTL3、METTL14、ALKBH5、WTAPを免疫染色を用いてウイルスの有無で発現の際について評価した。
その結果、METLL3発現がウイルスの有無で差異があったが、そのほかについては、差異がなかった。またMETTL3高発現が予後不良因子であった。また、本来免疫細胞に発現するTIGITが異常発現を起こしていること、PD-L1発現が腫瘍中心部よりも辺縁部で多く、CD8陽性リンパ球、FOXP3についても同様であることを見出した。さらに、FOXP3発現の免疫細胞は予後不良因子であった。この結果の一部を論文発表を行った。
さらに、MCC細胞株を用いて、METTL3、ALKBH5、YTHDF1、YTHDF2、WTAP、FTOをsiRNAを用いてKDを行いRNA-seqおよび増殖能試験を計画した。その結果、METTL3のRNA-seqにおけるPCA解析では、PC3成分でMETTL3siの有無で分離された。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
検証するべき細胞株がウイルスの陽性の有無で3種類ずつあり、浮遊系、接着系の違いでsi条件の調整および増殖能試験の条件検討に時間を要した。
そのため、RNA-seqライブラリー作成に時間を要し、シークエンス結果の解析が年度内に間に合わなかった。
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| Strategy for Future Research Activity |
予定よりも進まなかったため、補助事業期間の延長を行った。
既に、RNA-seqについては、大部分でデータが得られたため、次年度はこの解析を行う。さらに、完了していないsiRNA実験(YTHDF1、FTO)と免疫染色を完了させ、論文投稿を行う。
完了していないRNA-seqデータの一部は、公開RNA-seqデータが発表されたため、これを用いて補完を行う。
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Report
(3 results)
Research Products
(4 results)
