Project/Area Number |
21K07017
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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Allocation Type | Multi-year Fund |
Section | 一般 |
Review Section |
Basic Section 49050:Bacteriology-related
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Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
Principal Investigator |
李 謙一 国立感染症研究所, 細菌第一部, 主任研究官 (80721711)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
伊豫田 淳 国立感染症研究所, 細菌第一部, 室長 (70300928)
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Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2025-03-31
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Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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Budget Amount *help |
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2024: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
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Keywords | 腸管出血性大腸菌 / メタゲノム / 溶血性尿毒症症候群 / メタゲノム解析 |
Outline of Research at the Start |
本研究では、腸管出血性大腸菌(enterohemorrhagic Escherichia coli:EHEC)感染者便のメタゲノム解析を主な手法とし、次の目的を達成するための研究を行う:(ア)感染者に特徴的な微生物叢等を解析することによって、腸内微生物叢がEHECの病態に与える影響を解明、(イ)プロバイオティクス候補となる菌種を探索するために、無症状保菌者に特徴的な菌種を同定、(ウ)EHEC感染症の重症例である溶血性尿毒症症候群を主な対象とした、小型シークエンサーを用いた迅速・高精度な診断系の開発。以上の研究によって、治療薬開発につながる知見や適切な治療のための迅速診断法の確立が期待される。
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Outline of Annual Research Achievements |
よびメタゲノム解析を行った。重症例1事例および、集団感染3事例(24検体)の便サンプルを入手し解析を行った。すなわち、DNA抽出はQIAamp PowerFecal Pro DNA Kit(QIAGEN)を用いて行った。ショットガンメタゲノム解析には、QIAseq FX DNA Library Kit(QIAGEN)を用いてライブラリーを作製した。以上のライブラリーを、ショットガンメタゲノム解析ではHiSeqXを用いて塩基配列を解読した。得られたデータからkraken2などを用いて、属レベルで細菌の出現頻度を算出した。また、有症例起因株特異的なリードを検出するプログラムを構築した。同プログラムを一部の集団感染事例サンプルで用いたところ、サンプル中に存在する大腸菌の大部分が有症例起因株であることを示唆する結果を得た。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
集団感染由来サンプルが20以上収集され、おおむね計画通りに進捗している。
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Strategy for Future Research Activity |
ショットガンメタゲノム解析については、新たなプログラム(Bracken)を利用し、精度の向上を試みる。 また、種レベルでの解析を開始し、重症例や有症例にのみ存在する、あるいはしない菌種の同定を行う。
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