| Project/Area Number |
21K07231
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 50020:Tumor diagnostics and therapeutics-related
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| Research Institution | Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science |
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Principal Investigator |
大保木 啓介 公益財団法人東京都医学総合研究所, ゲノム医学研究センター, 副参事研究員 (80415108)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
貞任 大地 地方独立行政法人東京都立病院機構東京都立駒込病院(臨床研究室), 臨床検査科, バイオインフォマティシャン (20868773)
下山 達 地方独立行政法人東京都立病院機構東京都立駒込病院(臨床研究室), 腫瘍内科, 部長 (70450591)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
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| Keywords | DLBCL / 悪性リンパ腫 / バイオマーカー / virome / がん / 腫瘍細菌 / 腫瘍ウイルス |
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| Outline of Research at the Start |
悪性リンパ腫に高頻度に生じる、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）は、標準治療により半数以上の患者で根治を望める一方で、治療抵抗性の再発・難治性症例が存在する。本研究では、腸管等の常在細菌ではなく、腫瘍組織や血液の細菌・ウイルス核酸（腫瘍組織RNA、血漿Cell free RNA）を次世代シークエンス（NGS）で測定し、得られた“腫瘍Microbiome-Virome”から難治性DLBCLのバイオマーカー探索を行う。これに、NGSによる遺伝子体細胞変異や、遺伝子発現差を組み合わせ、より高精度な予後予測法開発を志向する。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究はリンパ腫の中で最も頻度の高い、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）等を対象とする研究を計画である。DLBCLは遺伝子異常の面から異質性の高い（不均一な）疾患であり、“Cell-of-Origin”や“Double hit lymphoma”などの分類法はあるものの、これまでのところ、難治性のDLBCLを感度・特異度良く予測できるバイオマーカーや遺伝子プロファイルは明らかにされていない。本研究では、病院で収集保存された患者試料のDNAやRNAから微生物プロファイルを探索・同定し、体細胞変異（遺伝子異常）、内在性mRNA等の遺伝子発現情報との組み合わせによって、診断に有用な難治性DLBCLの予後予測法を開発することを目的としている。
研究分担者の協力のもと、2022年度はDLBCL患者リンパ節試料を用いたPCRアンプリコンによる次世代シークエンス技術によるターゲットシークエンスにより、一塩基変異や挿入・欠失変異などの遺伝子異常を多数検出した。さらに、DLBCLの分類に重要な要素である体細胞性のコピー数変化の検出方法を確立するために、検体組織の腫瘍含有率を考慮した合理性のある判定基準を作成した。2023年度はこれらのデータを元に、我々のDLBCLコホートで見出された1000アリル以上の遺伝子異常についての注釈と病的意義付け、および、米国NCIによる遺伝子変異によるDLBCL分類ツールであるLymphGenを用いた分類を実施した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
都立駒込病院は新型コロナウイルス入院対応病院であるため、打ち合わせ等が制限され、共同研究の進捗に遅れが生じた。
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでに得られたDLBCLコホートの遺伝子異常とLymphGen分類結果を用いた生存分析によって、分類が困難な症例における臨床上有用な分類法を模索してゆくことでDLBCLの生物学的分類の理解を進め、それぞれの亜型におけるマイクロバイオーム解析の基盤としてゆく。
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