腫瘍Microbiome-Viromeから探る難治性悪性リンパ腫バイオマーカー
Project/Area Number |
21K07231
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Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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Allocation Type | Multi-year Fund |
Section | 一般 |
Review Section |
Basic Section 50020:Tumor diagnostics and therapeutics-related
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Research Institution | Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science |
Principal Investigator |
大保木 啓介 公益財団法人東京都医学総合研究所, ゲノム医学研究センター, 副参事研究員 (80415108)
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Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
貞任 大地 地方独立行政法人東京都立病院機構東京都立駒込病院(臨床研究室), 臨床検査科, 臨床研究支援員(ゲノム情報解析) (20868773)
下山 達 地方独立行政法人東京都立病院機構東京都立駒込病院(臨床研究室), 腫瘍内科, 部長 (70450591)
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Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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Budget Amount *help |
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
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Keywords | 悪性リンパ腫 / バイオマーカー / virome / がん / 腫瘍細菌 / 腫瘍ウイルス |
Outline of Research at the Start |
悪性リンパ腫に高頻度に生じる、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫(DLBCL)は、標準治療により半数以上の患者で根治を望める一方で、治療抵抗性の再発・難治性症例が存在する。本研究では、腸管等の常在細菌ではなく、腫瘍組織や血液の細菌・ウイルス核酸(腫瘍組織RNA、血漿Cell free RNA)を次世代シークエンス(NGS)で測定し、得られた“腫瘍Microbiome-Virome”から難治性DLBCLのバイオマーカー探索を行う。これに、NGSによる遺伝子体細胞変異や、遺伝子発現差を組み合わせ、より高精度な予後予測法開発を志向する。
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Outline of Annual Research Achievements |
本研究はリンパ腫の中で最も頻度の高い、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫(DLBCL)等を対象とする研究を計画している。DLBCLは遺伝子異常の面から異質性の高い(不均一な)疾患であり、“Cell-of-Origin”や“Double hit lymphoma”などの分類法はあるものの、これまでのところ、難治性のDLBCLを感度・特異度良く予測できるバイオマーカーや遺伝子プロファイルは明らかにされていない。 本研究では、病院で収集保存された患者試料のDNAやRNAから微生物プロファイルを探索・同定し、体細胞変異(遺伝子異常)、内在性mRNA等の遺伝子発現情報との組み合わせによって、診断に有用な難治性DLBCLの予後予測法を開発することを目的とする。本年度は研究分担者の協力のもと、DLBCL患者リンパ節試料からDNAおよびRNAを抽出し、次世代シークエンス技術による遺伝子異常検出のためのターゲットシークエンスを実施した。採用したターゲットシークエンスはPCRアンプリコンを多数作成して行う方式であり、おおよそ自動化されたシステムによって一塩基変異や挿入・欠失変異を検出することができた。一方で、DLBCLの分類に重要な要素である体細胞性のコピー数変化の検出は、このターゲットシークエンス方式においてはコンセンサスのある基準が確立されていない。そのため、追加で対照(非腫瘍性)DNAのターゲットシークエンスデータの取得を行ったほか、解析ツールの選定、その解析環境構築とテスト、閾値の設定についての文献調査を実施し、検体組織の腫瘍含有率を考慮した合理性のある判定基準を作成した。
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Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
解析数の不足により1年目の目標としていた、RNAシークエンスによるバイオマーカー候補の選定には至っていないことから、進行はやや遅れていると考えられる。
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Strategy for Future Research Activity |
ターゲットシークエンスについては、コピー数変化判定のための解析フローを確立できたことから、体細胞性のコピー数変化データを加えた変異による検体の分類を進めてゆく。また、凍結保存試料からのRNAシークエンスとその費用調達を急ぐほか、当初計画の解析数に至らない場合についての再計画案についても立案を急ぐ。
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Report
(2 results)
Research Products
(19 results)
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[Journal Article] Labile CD22 and CD19 expression in a case of Philadelphia chromosome-like acute lymphoblastic leukemia.2022
Author(s)
Mukae J, Sadato D, Toya T, Watanabe S, Hirama C, Konuma R, Shimizu H, Najima Y, Kobayashi T, Kato M, Ohki K, Oboki K, Harada H, Ohashi K, Deguchi T, Harada Y, Doki N
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Journal Title
Leuk Lymphoma
Volume: 63
Issue: 13
Pages: 3261-3264
DOI
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Peer Reviewed
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Author(s)
酒井 知史, 清水 啓明, 貞任 大地, 平間 千津子, 神原 康弘, 小沼 亮介, 和田 敦司, 内堀 雄介, 尾内 大志, 西島 暁彦, 迎 純一, 新谷 直樹, 遠矢 嵩, 名島 悠峰, 小林 武, 大保木 啓介, 原田 浩徳, 坂巻 壽, 大橋 一輝, 原田 結花, 土岐 典子
Organizer
第16回日本血液学会関東甲信越地方会会
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[Presentation] Mutation Analysis of Very Late Relapse of Myeloid Malignancies after Stem Cell Transplantation2021
Author(s)
Takashi Toya, Daichi Sadato, Yasuhiro Kanbara, Chizuko Hirama, Kyoko Haraguchi, Hiroaki Shimizu, Yuho Najima, Takeshi Kobayashi, Yoshiki Okuyama, Keisuke Oboki, Hironori Harada, Kazuteru Ohashi, Yuka Harada, Noriko Doki.
Organizer
14th The JSH International Symposium 2021 in Kamakura
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Author(s)
Atsushi Wada, Naoki Shingai, Daichi Sadato, Chizuko Hirama, Satoshi Sakai, Chika Kato, Yasuhiro Kanbara, Shiori Nakashima, Yuya Atsuta, Ryosuke Konuma, Yuya Kishida, Yusuke Uchibori, Daishi Onai, Akihiko Nishijima, Junichi Mukae, T Toya, H Shimizu, Y Najima, T Kobayashi, K Oboki, H Harada, K Ohashi, Y Harada, N Doki
Organizer
63RD ASH ANNUAL MEETING
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