腫瘍Microbiome-Viromeから探る難治性悪性リンパ腫バイオマーカー

• Project/Area Number: 21K07231
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 50020:Tumor diagnostics and therapeutics-related
• Research Institution: Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science
• Principal Investigator: 大保木 啓介 公益財団法人東京都医学総合研究所, ゲノム医学研究センター, 副参事研究員 (80415108)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 貞任 大地 地方独立行政法人東京都立病院機構東京都立駒込病院(臨床研究室), 臨床検査科, バイオインフォマティシャン (20868773) ; 下山 達 地方独立行政法人東京都立病院機構東京都立駒込病院(臨床研究室), 腫瘍内科, 部長 (70450591)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2025-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2023)
• Budget Amount: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000); Fiscal Year 2023: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000); Fiscal Year 2022: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000); Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
• Keywords: DLBCL / 悪性リンパ腫 / バイオマーカー / virome / がん / 腫瘍細菌 / 腫瘍ウイルス

Outline of Research at the Start

悪性リンパ腫に高頻度に生じる、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）は、標準治療により半数以上の患者で根治を望める一方で、治療抵抗性の再発・難治性症例が存在する。本研究では、腸管等の常在細菌ではなく、腫瘍組織や血液の細菌・ウイルス核酸（腫瘍組織RNA、血漿Cell free RNA）を次世代シークエンス（NGS）で測定し、得られた“腫瘍Microbiome-Virome”から難治性DLBCLのバイオマーカー探索を行う。これに、NGSによる遺伝子体細胞変異や、遺伝子発現差を組み合わせ、より高精度な予後予測法開発を志向する。

Outline of Annual Research Achievements

本研究はリンパ腫の中で最も頻度の高い、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）等を対象とする研究を計画である。DLBCLは遺伝子異常の面から異質性の高い（不均一な）疾患であり、“Cell-of-Origin”や“Double hit lymphoma”などの分類法はあるものの、これまでのところ、難治性のDLBCLを感度・特異度良く予測できるバイオマーカーや遺伝子プロファイルは明らかにされていない。本研究では、病院で収集保存された患者試料のDNAやRNAから微生物プロファイルを探索・同定し、体細胞変異（遺伝子異常）、内在性mRNA等の遺伝子発現情報との組み合わせによって、診断に有用な難治性DLBCLの予後予測法を開発することを目的としている。
研究分担者の協力のもと、2022年度はDLBCL患者リンパ節試料を用いたPCRアンプリコンによる次世代シークエンス技術によるターゲットシークエンスにより、一塩基変異や挿入・欠失変異などの遺伝子異常を多数検出した。さらに、DLBCLの分類に重要な要素である体細胞性のコピー数変化の検出方法を確立するために、検体組織の腫瘍含有率を考慮した合理性のある判定基準を作成した。2023年度はこれらのデータを元に、我々のDLBCLコホートで見出された1000アリル以上の遺伝子異常についての注釈と病的意義付け、および、米国NCIによる遺伝子変異によるDLBCL分類ツールであるLymphGenを用いた分類を実施した。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

都立駒込病院は新型コロナウイルス入院対応病院であるため、打ち合わせ等が制限され、共同研究の進捗に遅れが生じた。

Strategy for Future Research Activity

これまでに得られたDLBCLコホートの遺伝子異常とLymphGen分類結果を用いた生存分析によって、分類が困難な症例における臨床上有用な分類法を模索してゆくことでDLBCLの生物学的分類の理解を進め、それぞれの亜型におけるマイクロバイオーム解析の基盤としてゆく。

Research Products

• [Journal Article] <i>FLT3</i>-ITD mutation-positive acute myeloid leukemia undergoing clonal transition with <i>PTPN11</i> mutation at relapse (2024)
  • Author(s): 栗原 一也、酒井 知史、神原 康弘、奈邊 愛美、手島 航、浅野 雄哉、神宮寺 敦史、島袋 将志、大内 史彦、稲井 一貴、厚井 聡志、貞任 大地、新谷 直樹、遠矢 嵩、清水 啓明、小林 武、大保木 啓介、原田 浩徳、奥山 美樹、原田 結花、土岐 典子、名島 悠峰、平間 千津子、原口 京子、加藤 可那、近藤 花織、貞賀 泰孝、加藤 千賀
  • Journal Title: Rinsho Ketsueki Volume: 65 Issue: 2 Pages: 63-68
  • DOI: 10.11406/rinketsu.65.63
  • ISSN: 0485-1439, 1882-0824
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Labile CD22 and CD19 expression in a case of Philadelphia chromosome-like acute lymphoblastic leukemia. (2022)
  • Author(s): Mukae J, Sadato D, Toya T, Watanabe S, Hirama C, Konuma R, Shimizu H, Najima Y, Kobayashi T, Kato M, Ohki K, Oboki K, Harada H, Ohashi K, Deguchi T, Harada Y, Doki N
  • Journal Title: Leuk Lymphoma Volume: 63 Issue: 13 Pages: 3261-3264
  • DOI: 10.1080/10428194.2022.2116936
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Transcriptomic profiling of single circulating tumor cells provides insight into human metastatic gastric cancer (2022)
  • Author(s): Negishi Ryo、Yamakawa Hitomi、Kobayashi Takeru、Horikawa Mayuko、Shimoyama Tatsu、Koizumi Fumiaki、Sawada Takeshi、Oboki Keisuke、Omuro Yasushi、Funasaka Chikako、Kageyama Akihiko、Kanemasa Yusuke、Tanaka Tsuyoshi、Matsunaga Tadashi、Yoshino Tomoko
  • Journal Title: Communications Biology Volume: 5 Issue: 1 Pages: 20-20
  • DOI: 10.1038/s42003-021-02937-x
  • Open Access
• [Journal Article] Archival bone marrow smears are useful in targeted next-generation sequencing for diagnosing myeloid neoplasms (2021)
  • Author(s): Sadato Daichi、Hirama Chizuko、Kaiho-Soma Ai、Yamaguchi Ayaka、Kogure Hiroko、Takakuwa Sonomi、Ogawa Mina、Doki Noriko、Ohashi Kazuteru、Harada Hironori、Oboki Keisuke、Harada Yuka
  • Journal Title: PLOS ONE Volume: 16 Issue: 7 Pages: 0255257-0255257
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0255257
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Donor‐derived gene mutations in sex chromosome loss after stem cell transplantation (2021)
  • Author(s): Adachi Hiroto、Sadato Daichi、Toya Takashi、Hirama Chizuko、Haraguchi Kyoko、Mukae Junichi、Shingai Naoki、Shimizu Hiroaki、Najima Yuho、Kobayashi Takeshi、Okuyama Yoshiki、Oboki Keisuke、Harada Hironori、Sakamaki Hisashi、Ohashi Kazuteru、Harada Yuka、Doki Noriko
  • Journal Title: British Journal of Haematology Volume: 195 Issue: 3 Pages: 142-146
  • DOI: 10.1111/bjh.17716
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] 移植後早期再発にBCOR遺伝子変異を認めた消化器原発myelo sarcoma (2023)
  • Author(s): 1.酒井知史、名島悠峰、貞任大地、平間千津子、原口京子、加藤可那、貞賀泰孝、加藤千賀、神原康弘、奈邊愛美、手島航、浅野雄哉、栗原一也、神宮司敦史、島袋将志、大内史彦、稲井一貴、厚井聡志、新谷直樹、遠矢嵩、清水啓明、小林武、大保木啓介、原田浩徳、奥山美樹、原田結花、土岐典子
  • Organizer: 第85回日本血液学会学術集会
• [Presentation] チラブルチニブ単剤が増光した、胸膜浸潤を伴う再発性原発性マクログロブリン血症 (2023)
  • Author(s): 2.山川理毅、名島悠峰、貞任大地、平間千津子、原口京子、貞賀泰孝、新谷直樹、遠矢嵩、清水啓明、小林武、大保木啓介、原田浩徳、奥山美樹、原田結花、比島恒和、内藤裕、土岐典子
  • Organizer: 第85回日本血液学会学術集会
• [Presentation] TKIに抵抗性を示し、同種移植後早期にCNS再発を認めたCMLの1例 (2022)
  • Author(s): 酒井 知史, 清水 啓明, 貞任 大地, 平間 千津子, 神原 康弘, 小沼 亮介, 和田 敦司, 内堀 雄介, 尾内 大志, 西島 暁彦, 迎 純一, 新谷 直樹, 遠矢 嵩, 名島 悠峰, 小林 武, 大保木 啓介, 原田 浩徳, 坂巻 壽, 大橋 一輝, 原田 結花, 土岐 典子
  • Organizer: 第16回日本血液学会関東甲信越地方会会
• [Presentation] 肉腫融合遺伝子検出用RNA遺伝子パネルの診断困難例への適用-その有用性と課題- (2022)
  • Author(s): 元井亨、大保木 啓介、貞任大地、平間 千津子、林幸子、新井秀雄、堀口 慎一郎、原田結花、大隈知威、比島恒和
  • Organizer: 第111回日本病理学会総会
• [Presentation] 骨髄異形成症候群患者において免疫病態合併が同種移植の予後に与える影響についての検討 (2022)
  • Author(s): 新谷直樹、和田敦司、貞任大地、平間千津子、加藤千賀、酒井知史、神原 康弘、熱田雄也、小沼亮介、中島詩織、内堀雄介、尾内大志、西島暁彦、迎純一、遠矢嵩、清水啓明、名島悠峰、小林武、原口京子、奥山美樹、大保木啓介、原田浩徳、坂巻壽、大橋一輝、原田結花、土岐典子
  • Organizer: 第44回日本造血・免疫細胞療法学会総会
• [Presentation] Bリンパ性急性転化した慢性好中球性白血病の1例 (2022)
  • Author(s): 迎純一、遠矢嵩、貞任大地、平間千津子、元井亨、加藤千賀、酒井知史、神原康弘、熱田雄也、小沼亮介、中島詩織、和田敦司、内堀雄介、尾内大志、西島暁彦、新谷直樹、清水啓明、名島悠峰、小林武、大保木啓介、原田 浩徳、坂巻壽、大橋一輝、原田結花、土岐典子
  • Organizer: 第44回日本造血・免疫細胞療法学会総会
• [Presentation] 急性骨髄性白血病に対する同種移植周術期のベネトクラクス併用救援療法の検討 (2022)
  • Author(s): 加藤千賀、名島悠峰、貞任大地、平間千津子、酒井知史、神原康弘、小沼 亮介、熱田雄也、和田敦司、村上大介、中島詩織、内堀雄介、尾内大志、西島暁彦、迎純一、新谷直樹、遠矢嵩、清水啓明、小林武、大保木啓介、原田浩徳、坂巻壽、大橋一輝、原田結花、土岐典子
  • Organizer: 第44回日本造血・免疫細胞療法学会総会
• [Presentation] 同種移植後長期生存者のクローン造血 (2021)
  • Author(s): 遠矢 嵩、貞任 大地、平間千津子、原口 京子、神原 康弘、熱田 雄也、須崎 賢、小沼 亮介、安達 弘人、和田 敦司、岸田 侑也、内堀 雄介、丸毛 淳史、野口 侑真、迎 純一、新谷 直樹、五十嵐愛子、清水 啓明、名島 悠峰、小林 武、奥山 美樹、大保木啓介、原田 浩徳、坂巻 壽、大橋 一輝、原田 結花、土岐 典子
  • Organizer: 第43回日本造血細胞移植学会総会
• [Presentation] Bone marrow smears are eligible materials for targeted sequencing for diagnosing myeloid neoplasms (2021)
  • Author(s): Daichi Sadato，Chizuko Hirama，Ai Soma，Ayaka Yamaguchi， Hiroko Kogure，Mina Ogawa，Noriko Doki，Kazuteru Ohashi， Hironori Harada，Keisuke Oboki，Yuka Harada
  • Organizer: 第83回日本血液学会学術集会
• [Presentation] Characteristics of clonal hematopoiesis in long-term survivors after allogeneic SCT (2021)
  • Author(s): Takashi Toya ，Daichi Sadato，Chizuko Hirama，Kyoko Haraguchi， Yasuhiro Kanbara，Yuya Atsuta，Ken Suzaki，Ryosuke Konuma， Hiroto Adachi，Atsushi Wada，Yuya Kishida，Yusuke Uchibori， Junichi Mukae，N Shingai，H Shimizu，Y Najima， T Kobayashi，Y Okuyama，K Oboki， H Harada，H Sakamaki，K Ohashi，Y Harada， N Doki
  • Organizer: 第83回日本血液学会学術集会
• [Presentation] Cytogenetic and molecular genetic analysis in MDS with elevated ferritin levels (2021)
  • Author(s): Naoki Shingai，Yuya Kishida，Tatsuya Konishi，Daichi Sadato， Chizuko Hirama，Yasuhiro Kanbara，Yuya Atsuta，Ken Suzaki， Ryosuke Konuma，Hiroto Adachi，A Wada，Y Uchibori， J Mukae，T Toya，H Shimizu，Y Najima， T Kobayashi，K Haraguchi，Y Okuyama， K Oboki，H Harada，H Sakamaki，K Ohashi， Y Harada，N Doki
  • Organizer: 第83回日本血液学会学術集会
• [Presentation] 再発時に表面抗原の変化を認めた Ph-like 急性リンパ性白血病に対して同種移植を行った 1 例 (2021)
  • Author(s): 迎 純一、遠矢 嵩、貞任 大地、渡部 悟、平間千津子、小沼 亮介、清水 啓明、名島 悠峰、小林 武、加藤 元博、大木健太郎、大保木啓介、原田 浩徳、大橋 一輝、出口 隆生、原田 結花、土岐 典子
  • Organizer: 第43回日本造血細胞移植学会総会
• [Presentation] 同種造血幹細胞移植後晩期発症 EBV 関連リンパ増殖性疾患としての Burkitt リンパ腫の一例 (2021)
  • Author(s): 内堀 雄介、遠矢 嵩、貞任 大地、平間 千津子、神原 康弘、熱田 雄也、 須崎 賢、安達 弘人、小沼 亮介、和田 敦司、岸田 侑也、野口 侑真、丸毛 淳史、迎 純一、新谷 直樹、五十嵐 愛子、清水 啓明、名島 悠峰、小林 武、坂巻 壽、大保木 啓介、原田 浩徳、大橋 一輝、原田 結花、土岐 典子
  • Organizer: 第43回日本造血細胞移植学会総会
• [Presentation] Mutation Analysis of Very Late Relapse of Myeloid Malignancies after Stem Cell Transplantation (2021)
  • Author(s): Takashi Toya, Daichi Sadato, Yasuhiro Kanbara, Chizuko Hirama, Kyoko Haraguchi, Hiroaki Shimizu, Yuho Najima, Takeshi Kobayashi, Yoshiki Okuyama, Keisuke Oboki, Hironori Harada, Kazuteru Ohashi, Yuka Harada, Noriko Doki.
  • Organizer: 14th The JSH International Symposium 2021 in Kamakura
• [Presentation] 骨髄塗抹標本を利用したターゲットシークエンスによる骨髄系腫瘍変異解析 (2021)
  • Author(s): 貞任 大地、平間 千津子 、小川 美奈、大保木 啓介、原田 浩徳、 原田 結花
  • Organizer: 第80回日本癌学会学術総会
• [Presentation] 移植後超晩期再発骨髄系腫瘍の遺伝子変異動態 (2021)
  • Author(s): 遠矢 嵩、貞任 大地、平間 千津子、大保木 啓介、原田 浩徳、原田 結花
  • Organizer: 第80回日本癌学会学術総会
• [Presentation] Clinical, Cytogenetic, and Molecular Characteristics Analysis in Myelodysplastic Syndromes with Elevated Ferritin Levels. (2021)
  • Author(s): Atsushi Wada, Naoki Shingai, Daichi Sadato, Chizuko Hirama, Satoshi Sakai, Chika Kato, Yasuhiro Kanbara, Shiori Nakashima, Yuya Atsuta, Ryosuke Konuma, Yuya Kishida, Yusuke Uchibori, Daishi Onai, Akihiko Nishijima, Junichi Mukae, T Toya, H Shimizu, Y Najima, T Kobayashi, K Oboki, H Harada, K Ohashi, Y Harada, N Doki
  • Organizer: 63RD ASH ANNUAL MEETING