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Innovative Feature Selection Using Deep Learning for Cancer Radiogenomics Data

Research Project

Project/Area Number 21K07590
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 52040:Radiological sciences-related
Research InstitutionChiba University

Principal Investigator

Mori Yasukuni  千葉大学, 大学院情報学研究院, 助教 (40361414)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 星野 敢  千葉県がんセンター(研究所), 消化器外科, 主任医長 (10400904)
横田 元  千葉大学, 大学院医学研究院, 講師 (20649280)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Keywords特徴選択 / 深層学習 / 遺伝子選択 / 医用画像処理 / 医用画像 / 機械学習 / 医療画像データ / Radiogenomics / 遺伝子発現データ / 膵臓がん / Precision medicine
Outline of Research at the Start

現在の医療データは,医用画像データをはじめ遺伝子情報,カルテなどの文字情報などのデータが複雑に紐づけられて保存されている.中でも画像情報と遺伝子情報を同時に臨床に役立てようというRadiogenomicsとよばれる試みが期待されているが,これは工学的には多種多様なデータ情報を同時に扱って処理を行うマルチモーダル学習の特殊な場合である.本研究では,深層学習・マルチモーダル学習・特徴選択という工学的なアプローチを,医用画像データ・遺伝子発現データ・生化学データ・その他臨床データといったマルチモーダルな医療データに応用し,癌の層別化に関わる臨床的要因を特定する方法論を構築すことを目的とする.

Outline of Final Research Achievements

This study aims to establish a unified methodology that leverages the superior feature extraction capabilities of deep learning to apply various types of medical data, such as medical imaging data, gene expression data, and biochemical data, in a multimodal manner to identify and select clinical factors involved in the stratification of cancer. Specifically, we focused on methodologies for feature extraction from various data modalities. Among these, we proposed a feature selection layer within deep learning models that estimates feature importance through learning and applied it to gene expression data of pancreatic cancer patients, which is one of the most malignant tumors with poor prognosis among gastrointestinal cancers. As a result, the method proposed in this study was confirmed to be effective with a certain degree of confidence.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究は,深層学習を用いたマルチモーダルデータの統一的解析方法論を確立することにより,癌の層別化に関わる重要な臨床的要因を効果的に特定・選択する新しいアプローチの提案を目的とするものである.特に,深層学習モデルにおける特徴選択層の提案は,従来の手法では難しかったデータ間の複雑な相互作用を捉えることを可能にし,癌研究や他の医療分野におけるデータ解析の精度向上に寄与すると考えられる.さらに,患者ごとの最適な治療法を見つけるための新たな手段を提供し,治療効果の向上と副作用の軽減に寄与することが期待され,医療コストの削減や早期診断の精度向上にも貢献し,社会全体の医療品質の向上に繋がると考えられる.

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2024 2022 2021

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 2 results) Presentation (7 results)

  • [Journal Article] Multidimensional Deep Learning Reduces False-Positives in the Automated Detection of Cerebral Aneurysms on Time-Of-Flight Magnetic Resonance Angiography: A Multi-Center Study2022

    • Author(s)
      Yuki Terasaki, Hajime Yokota, Kohei Tashiro, Takuma Maejima, Takashi Takeuchi, Ryuna Kurosawa, Shoma Yamauchi, Akiyo Takada, Hiroki Mukai, Kenji Ohira, Joji Ota, Takuro Horikoshi, Yasukuni Mori, Takashi Uno, Hiroki Suyari
    • Journal Title

      Frontiers in Neurology

      Volume: 18

    • DOI

      10.3389/fneur.2021.742126

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Deep learning-based gene selection in comprehensive gene analysis in pancreatic cancer2021

    • Author(s)
      Mori Yasukuni、Yokota Hajime、Hoshino Isamu、Iwatate Yosuke、Wakamatsu Kohei、Uno Takashi、Suyari Hiroki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 1-9

    • DOI

      10.1038/s41598-021-95969-6

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 読影レポートの見落とし防止に向けた重要所見の自動分類2024

    • Author(s)
      村松 祐希,横田 元,中尾 達司,堀越 琢郎,太田 丞二,宇野 隆,須鎗 弘樹,森 康久仁
    • Organizer
      電子情報通信学会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] MR画像誘導放射線治療における照射中リアルタイム3次元腫瘍位置予測の試み2024

    • Author(s)
      清水 涼音,横田 元,中尾 達司,堀越 琢郎,太田 丞二,宇野 隆,須鎗 弘樹,森 康久仁
    • Organizer
      電子情報通信学会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] DRR 画像から X 線画像への画質変換 -画像間の位置ずれによる影響を低減するネットワークの提案-2024

    • Author(s)
      林 千咲子,森 慎一郎,石川 仁,須鎗 弘樹,森 康久仁
    • Organizer
      電子情報通信学会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 対照学習を用いた教師なし学習によるMR画像から擬似CT画像の生成2022

    • Author(s)
      宮嵜拓海,恒田雅人,阿部幸太,横田元,太田丞二,堀越琢郎,宇野隆,須鎗弘樹,森康久仁
    • Organizer
      第123回日本医学物理学会学術大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] DaTScanデータによるパーキンソニズムを呈する疾患の自動分類2022

    • Author(s)
      植野雄大,横田元,堀越琢郎,太田丞二,須鎗弘樹,森康久仁
    • Organizer
      第194回医用画像情報学会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Triplet Lossを用いた頭部スカウト画像からの患者間違い検出手法に関する検討2022

    • Author(s)
      吉川耕平,太田丞二,橋本拓磨,横田元,堀越琢郎,須鎗弘樹,森康久仁
    • Organizer
      第194回医用画像情報学会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 重粒子線治療高精度化に向けた深層学習によるX線画像腸管ガス領域抽出法の開発2022

    • Author(s)
      熊切俊夫,森慎一郎,平井隆介,橋本綾斗,立花泰彦,森康久仁,須鎗弘樹,石川仁
    • Organizer
      第194回医用画像情報学会
    • Related Report
      2022 Research-status Report

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Published: 2021-04-28   Modified: 2025-01-30  

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