Significance of genomic diversity of NOX2 complex in onset and pathogenesis of systemic lupus erythematosus
| Project/Area Number |
21K08470
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 54020:Connective tissue disease and allergy-related
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
川崎 綾 筑波大学, 医学医療系, 助教 (30532816)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
河野 肇 帝京大学, 医学部, 教授 (60585074)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
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| Keywords | NCF1 / NCF2 / 全身性エリテマトーデス / 疾患感受性遺伝子 / SNV / NOX2複合体 / 遺伝子 |
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| Outline of Research at the Start |
本研究では、NCF1をはじめとする活性酸素の産生に関わるNOX2複合体を構成する遺伝子群の全身性エリテマトーデス(SLE)発症への寄与を包括的に調べる。シークエンス解析によりNOX2複合体構成遺伝子群のDNA配列情報を取得後、検出されたNOX2複合体遺伝子バリアントとSLEの関連を解析し、SLE発症と関連する疾患感受性バリアントを同定する。さらに、SLE感受性バリアントの機能解析を行い、NOX2複合体遺伝子バリアントがSLE発症を誘導する分子機構を明らかにする。
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| Outline of Annual Research Achievements |
活性酸素の産生に関わるNOX2複合体の構成遺伝子であるNCF1は全身性エリテマトーデス(SLE)の疾患感受性に寄与しており、ミスセンスバリアント(p.Arg90His)において非常に強い関連が認められている。NCF1には塩基配列の大部分が一致している偽遺伝子(NCF1B, NCF1C)が存在するため、NCF1領域のゲノム解析は非常に困難であり、NCF1遺伝子の正確なバリアント情報は入手困難である。本研究では、NCF1領域を特異的PCRにより増幅後、PacBio社Sequel IIeシステムによりロングリードシークエンス解析を行い、NCF1遺伝子の配列情報、および、バリアント情報の取得を行った。本年度はSLE群52例と健常対照群48例のシークエンス解析を実施し121個のバリアントを検出した。そのうち5個は新規のバリアントであった。さらにSLE群と健常対照群で関連解析を行ったところ、p.Arg90Hisの関連を確認するとともに、3個のバリアントで関連傾向(P<0.05)を検出した。
NCF1と同様にNOX2複合体を構成するNCF2についてもSLEとの関連研究を行った。NCF2のミスセンスバリアントのうち、マイナーアリル頻度が1%以上のバリアントについてSLE群456例と健常対照群 約54000例（日本人多層オミックス参照パネル jMorpのデータを使用）間でアリル頻度の比較を行った。統計解析の結果、p.Arg395Trpにおいて有意関連が検出された。p.Arg395Trpは東アジア系集団を対象とした大規模ゲノム解析により関連が報告されており、本研究によりp.Arg395TrpとSLEの関連が確認された。
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Report
(3 results)
Research Products
(5 results)
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[Journal Article] Genetic dissection of HLA-DRB1*15:01 and XL9 region variants in Japanese patients with systemic lupus erythematosus: Primary role for HLA-DRB1*15:012023
Author(s)
Aya Kawasaki, Premita Ari Kusumawati, Yuka Kawamura, Yuya Kondo, Makio Kusaoi, Hirofumi Amano, Yasuyoshi Kusanagi, Kenji Itoh, Takashi Fujimoto, Naoto Tamura, Hiroshi Hashimoto, Isao Matsumoto, Takayuki Sumida, Naoyuki Tsuchiya
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Journal Title
DOI
Related Report
Open Access
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[Presentation] 全身性エリテマトーデスにおけるXL9領域バリアントの関連解析およびHLA-DRB1との独立性の検討2022
Author(s)
川崎綾, 近藤裕也, 藤本隆, 草生真規雄, 天野浩文, 田村直人, 草薙恭圭, 伊藤健司, 松本功, 住田孝之, 土屋尚之
Organizer
日本人類遺伝学会第67回大会
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川崎綾, 近藤裕也, 藤本隆, 松本功, 草生真規雄, 天野浩文, 田村直人, 草薙恭圭, 伊藤健司, 住田孝之, 土屋尚之
Organizer
第66回日本リウマチ学会総会・学術集会
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