| Project/Area Number |
21K08723
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 55020:Digestive surgery-related
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| Research Institution | Osaka International Cancer Institute |
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Principal Investigator |
西村 潤一 地方独立行政法人大阪府立病院機構大阪国際がんセンター(研究所), その他部局等, 消化器外科副部長 (20379209)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
安枝 明日香 東洋大学, 食環境科学部, 助教 (10745871)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
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| Keywords | 大腸癌 / 間質 / マクロファージ / 細胞内細菌 / 樹状細胞 / 細胞内寄生細菌 |
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| Outline of Research at the Start |
抗原提示細胞の分布の個体差、粘膜および抗原提示細胞内に存在する腸内細菌を解析することにより、「癌の特性」に関連する抗原提示細胞の因子および腸内細菌の菌種を同定することを目的とする。腸内細菌の解析を糞便ではなく、大腸癌近傍、抗原提示細胞内の菌を採取し、大腸癌間質と正常粘膜の抗原提示細胞分布を解析することに独自性がある。腸内細菌の菌種が判明すれば大腸癌症例の予後マーカー、治療選択における因子となる可能性があり、さらにprobioticsやsynbioticsによる治療につながると考えられ創造性がある。
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| Outline of Annual Research Achievements |
「大腸粘膜および抗原提示細胞に存在する腸内細菌の解析」前年度に課題として細菌DNAの安定的な抽出方法の確立を目指すために、炎症性腸疾患症例における腸管の細胞内細菌を解析した過去の手法を用いてDNAの抽出方法を検討した（Sekido Y, Sci Rep. 2020, corresponding author Nishimura J）。また、過去の他の文献も参考にし、以前と同様にDNA抽出の際にNucleoSpin Tissue XSを使用したが、抽出の際に使用する酵素のproteinase KとLysozymeとAchromopeptidaseの濃度調整を行い、複数症例を費やすことによって、安定したDNAの抽出を行えるようになった。5症例から、①大腸癌部、②非大腸癌部分、③腸粘膜、④①の分離に使用したシース液、⑤②の分離に使用したシース液の各々5検体よりDNA抽出を行い、計25検体で大阪大学微生物病研究所ゲノム解析室に次世代シークエンス解析を依頼した。5症例、各5検体ともシークエンスは可能であり、シークエンスカウントは63248～982656であった。検体間での④と⑤の違いは少なかった。今後①、②については④、⑤のバックグラウンドを消去したのちに①、②、③で比較検討を行い、①に特徴的な腸内細菌叢を同定する予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
細菌DNAの抽出方法の確定に時間を要した。昨年度に抽出方法が確定したために今後はスムーズに症例、検体集積が行えると考える。
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| Strategy for Future Research Activity |
次世代シークエンス解析の結果により、焦点を当てた解析を行うことにより解析時間短縮を行う。なお、当院では大腸外科の協力のもと、十分な手術検体の提供があるため症例集積に時間を要すことはないと考える。
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