RACE法と次世代シーケンサーを用いた円形・非円形肉腫の融合遺伝子解析
| Project/Area Number |
21K09314
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 56020:Orthopedics-related
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| Research Institution | Aichi Cancer Center Research Institute |
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Principal Investigator |
真砂 勝泰 愛知県がんセンター(研究所), がん病態生理学分野, 研究員 (80338160)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2023: ¥130,000 (Direct Cost: ¥100,000、Indirect Cost: ¥30,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
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| Keywords | 融合遺伝子 / 次世代シーケンサー / 肉腫 / 肺 / 次世代シーケンス |
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| Outline of Research at the Start |
本研究は、実臨床に応用可能な、具体的には少量のホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）切片から抽出したtotal RNAを用い、RACE法を原理としたAnchored multiplex PCR法によるライブラリー調整と次世代シーケンサーによる融合遺伝子解析のプラットフォームを用い、診断確定が困難であった円形・非円形肉腫症例における融合遺伝子のクローニングを目指します。
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| Outline of Annual Research Achievements |
2023年3月現在、約300症例の肺組織由来のRNAを用いたRNAシーケンスデータ解析により、1年間でさらに複数のin frame融合遺伝子候補を集積した。融合遺伝子は、in frame融合遺伝子でリード数を10リード以上とし、ダイレクトシーケンス法にて融合遺伝子の存在を確認した。また、in silicoの機能解析として、新たなパイプラインを利用し、oncogenic annotationを行い候補遺伝子の絞り込みを行っている段階である。蓄積症例は、2023年3月の時点で肺由来の肉腫での切除標本を約30症例まで増やした上、遺伝子抽出及び核酸の品質チェックを終えている。解析の対象候補を転移性の、確定診断に至っていないspindle cell tumorに特化して融合遺伝子解析を施行する予定で、コホートの選別を終え、病理組織所見及び臨床データや免疫組織学的初見などのデータ化を終えている。近々、Fusion Plexによるシーケンスを施行予定である。また、協力研究機関において、候補融合遺伝子の機能解析も併せて施行中であり、2023年3月現在、cell lineの解析で融合遺伝子を導入したモデルを化を終え、機能解析中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
多くの融合遺伝子が検出され、候補とするin frame融合遺伝子の機能解析の必要性が生じたため、解析がやや遅れている。また、in vivoでの機能解析の必要性も生じたため、候補遺伝子の選定に時間を要している。症例集積は順調に進んでおり、問題ないものと考えられる。
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| Strategy for Future Research Activity |
パネルのカスタム化が終了しているが、primerの追加などが必要であり、順次シーケンスを施行する予定である。in silico及びin vivoでの融合遺伝子の機能解析やRNAシーケンスデータを用いた発現解析も順次行う予定である。
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Report
(2 results)
Research Products
(5 results)
