Cell free RNA methylation genome-wide analysis in head and neck cancer
| Project/Area Number |
21K09559
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
|
| Allocation Type | Multi-year Fund |
|---|
| Section | 一般 |
|---|
| Review Section |
Basic Section 56050:Otorhinolaryngology-related
|
|---|
| Research Institution | Hamamatsu University School of Medicine |
|---|
Principal Investigator |
山田 大貴 浜松医科大学, 医学部, 協定訪問共同研究員 (70882794)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
今井 篤志 浜松医科大学, 医学部附属病院, 講師 (30794309)
望月 大極 浜松医科大学, 医学部附属病院, 助教 (40467246)
美馬 勝人 千葉大学, 大学院医学研究院, 特任助教 (40866109)
三澤 清 浜松医科大学, 医学部, 教授 (90334979)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
|
| Project Status |
Discontinued (Fiscal Year 2022)
|
| Budget Amount *help |
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2023: ¥520,000 (Direct Cost: ¥400,000、Indirect Cost: ¥120,000)
Fiscal Year 2022: ¥390,000 (Direct Cost: ¥300,000、Indirect Cost: ¥90,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
|
|---|
| Keywords | 血中循環RNA修飾網羅的解析 / リキッドバイオプシー / クラスター解析 / GO解析 / セルフリーRNA / クラスター解析、GO解析 |
|---|
| Outline of Research at the Start |
現在、エピトランスクリプトーム研究は始まって日が浅く、頭頸部癌での特徴など全貌は明らかになってない。本研究では、HPV関連中咽頭癌症例の癌側と正常側のサンプルからの網羅的エピトランスクリプトーム解析を行い、HPV関連中咽頭癌でのエピトランスクリプトームの特徴を解明する。また、RNAメチル化候補遺伝子の抽出を行い、その候補遺伝子の中からセルフリーRNAからRNAメチル化を検出する有望な遺伝子を抽出し新規モニタリング法の開発を試みる。
|
| Outline of Annual Research Achievements |
これまで我々研究グループは、DNAメチル化修飾（エピゲノム）をマーカーとした先行研究をおこなっている。具体的には、HPV関連中咽頭癌におけるセルフリーDNA-メチル化解析により、3遺伝子(CALML5、DNAJC5G、LY6D) の治療効果・腫瘍消失・再発の判定の有効性を報告している。この3遺伝子は、細胞株の網羅的メチル化解析、頭頸部癌252症例のメチル化解析による予後評価、セルフリーDNA-メチル化解析の3段階の解析により抽出に成功している。今回本研究は、これまでの経験を基に、エピトランスクリプトーム解析によるセルフリーRNAマーカーの探索の研究である。現在、頭頸部癌での特徴など全貌は明かになってない。本研究では、DNAメチル化などの塩基修飾（エピゲノム：epigenome）が癌化機構など多様な影響を与えることが広く認識されている。最近では、転写産物（transcript）であるRNAが修飾されるエピトランスクリプトーム(epitranscriptome)が注目され、RNAにアデノシン6位窒素原子へのメチル基の付加反応であるN6-メチルアデノシン (m6A)という塩基修飾が存在しその重要性が認識されている。我々は、これまで長くDNAメチル化修飾に関する研究をおこない、臨床検体、リキッドバイオプシーからのDNAメチル化マーカーの研究を継続している。本研究では、RNA修飾に焦点をあてた新たなRNAメチル化マーカーの抽出を目指す研究に取り組む。頭頸部癌におけるリキッドバイオプシーからのセルフリーRNAからRNAメチル化を検出する研究はいまだ報告はなく、これまでのセルフリーDNAからのDNAメチル化修飾（エピゲノム）の経験を生かして、RNA修飾（エピトランスクリプトーム）と癌化機構についての知見を蓄積していきたい。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
2022年度は、リキッドバイオプシーによるセルフリーRNAの収取を3例の症例に行った。2021年度と合わせて8例になった。セルフリーDNAと合わせてペアのサンプルを収集している。HPV関連中咽頭癌症例の、癌部と正常口蓋扁桃側の組織によるエピトランスクリプトームマイクロアレイ（Arraystar社）を使って、網羅的RNA修飾解析を行い、そこから得れるRNA修飾遺伝子を抽出する予定である。
|
| Strategy for Future Research Activity |
我々研究グループは、これまでのエピゲノム研究とリキッドバイオプシー研究の経験から、エピトランスクリプトームマイクロアレイ（Arraystar社）による研究を頭頸部癌細胞株、手術検体のRNA修飾解析を行い、さらにリキッドバイオプシーによるリアルタイムでのモニタリングに応用にしていきたいと考えている。2023年度は、エピトランスクリプトームマイクロアレイを使った解析を始める予定である。
|
Report
(2 results)
Research Products
(3 results)
