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Cell free RNA methylation genome-wide analysis in head and neck cancer

Research Project

Project/Area Number 21K09559
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 56050:Otorhinolaryngology-related
Research InstitutionHamamatsu University School of Medicine

Principal Investigator

山田 大貴  浜松医科大学, 医学部, 協定訪問共同研究員 (70882794)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 今井 篤志  浜松医科大学, 医学部附属病院, 講師 (30794309)
望月 大極  浜松医科大学, 医学部附属病院, 助教 (40467246)
美馬 勝人  千葉大学, 大学院医学研究院, 特任助教 (40866109)
三澤 清  浜松医科大学, 医学部, 教授 (90334979)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Discontinued (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2023: ¥520,000 (Direct Cost: ¥400,000、Indirect Cost: ¥120,000)
Fiscal Year 2022: ¥390,000 (Direct Cost: ¥300,000、Indirect Cost: ¥90,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,380,000 (Direct Cost: ¥2,600,000、Indirect Cost: ¥780,000)
Keywords血中循環RNA修飾網羅的解析 / リキッドバイオプシー / クラスター解析 / GO解析 / セルフリーRNA / クラスター解析、GO解析
Outline of Research at the Start

現在、エピトランスクリプトーム研究は始まって日が浅く、頭頸部癌での特徴など全貌は明らかになってない。本研究では、HPV関連中咽頭癌症例の癌側と正常側のサンプルからの網羅的エピトランスクリプトーム解析を行い、HPV関連中咽頭癌でのエピトランスクリプトームの特徴を解明する。また、RNAメチル化候補遺伝子の抽出を行い、その候補遺伝子の中からセルフリーRNAからRNAメチル化を検出する有望な遺伝子を抽出し新規モニタリング法の開発を試みる。

Outline of Annual Research Achievements

これまで我々研究グループは、DNAメチル化修飾(エピゲノム)をマーカーとした先行研究をおこなっている。具体的には、HPV関連中咽頭癌におけるセルフリーDNA-メチル化解析により、3遺伝子(CALML5、DNAJC5G、LY6D) の治療効果・腫瘍消失・再発の判定の有効性を報告している。この3遺伝子は、細胞株の網羅的メチル化解析、頭頸部癌252症例のメチル化解析による予後評価、セルフリーDNA-メチル化解析の3段階の解析により抽出に成功している。今回本研究は、これまでの経験を基に、エピトランスクリプトーム解析によるセルフリーRNAマーカーの探索の研究である。現在、頭頸部癌での特徴など全貌は明かになってない。本研究では、DNAメチル化などの塩基修飾(エピゲノム:epigenome)が癌化機構など多様な影響を与えることが広く認識されている。最近では、転写産物(transcript)であるRNAが修飾されるエピトランスクリプトーム(epitranscriptome)が注目され、RNAにアデノシン6位窒素原子へのメチル基の付加反応であるN6-メチルアデノシン (m6A)という塩基修飾が存在しその重要性が認識されている。我々は、これまで長くDNAメチル化修飾に関する研究をおこない、臨床検体、リキッドバイオプシーからのDNAメチル化マーカーの研究を継続している。本研究では、RNA修飾に焦点をあてた新たなRNAメチル化マーカーの抽出を目指す研究に取り組む。頭頸部癌におけるリキッドバイオプシーからのセルフリーRNAからRNAメチル化を検出する研究はいまだ報告はなく、これまでのセルフリーDNAからのDNAメチル化修飾(エピゲノム)の経験を生かして、RNA修飾(エピトランスクリプトーム)と癌化機構についての研究に取り組んだが、リキッドバイオプシーからのセルフリーRNA解析はRNAの回収量の少なさから困難であった。

Report

(3 results)
  • 2023 Annual Research Report
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2023 2022

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (4 results) (of which Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Novel prognostic value and potential utility of opioid receptor gene methylation in liquid biopsy for oral cavity cancer2022

    • Author(s)
      Ishikawa Ryuji、Imai Atsushi、Mima Masato、Yamada Satoshi、Takeuchi Kazutaka、Mochizuki Daiki、Shinmura Daichi、Kita Jun-ya、Nakagawa Takuya、Kurokawa Tomoya、Misawa Yuki、Nakanishi Hiroshi、Takizawa Yoshinori、Misawa Kiyoshi
    • Journal Title

      Current Problems in Cancer

      Volume: 46 Issue: 2 Pages: 100834-100834

    • DOI

      10.1016/j.currproblcancer.2021.100834

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] HPV関連中咽頭癌のリキッドバイオプシーメチル化解析とその応用2023

    • Author(s)
      三澤 清
    • Organizer
      第47回日本頭頸部癌学会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] HPV関連中咽頭癌の早期発見の試み2023

    • Author(s)
      山田智史、三澤 清
    • Organizer
      第36回日本口腔咽頭科学会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] リキッドバイオプシーによるメチル化解析について2022

    • Author(s)
      三澤清
    • Organizer
      第35回日本口腔・咽頭科学会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 原発不明癌におけるリキッドバイオプシーについて2022

    • Author(s)
      三澤清
    • Organizer
      第73回日本気管食道科学会
    • Related Report
      2022 Research-status Report

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Published: 2021-04-28   Modified: 2024-12-25  

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