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Epigenomic analysis of articular cartilage superficial zone cells

Research Project

Project/Area Number 21K09845
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 57020:Oral pathobiological science-related
Research InstitutionShowa University

Principal Investigator

安原 理佳  昭和大学, 歯学部, 准教授 (20453649)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 田中 準一  昭和大学, 歯学部, 准教授 (40710166)
美島 健二  昭和大学, 歯学部, 教授 (50275343)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywords骨格形成 / 軟骨 / エピジェネティック / 幹/前駆細胞 / 亜鉛トランスポーター / エピジェネティクス / 関節表層細胞 / 骨格成長
Outline of Research at the Start

本研究課題は、亜鉛の幹細胞に対する作用に着目し、関節表層に存在する組織幹細胞のエピジェネティック制御機構を解明することで、生体内での効率的な硝子軟骨の再生を目指す。近年、エピジェネティクスによる遺伝子発現制御が細胞の厳格な運命づけに重要であり、エピゲノムの解明が疾患制御の要であると考えられていることからCRISPR/Cas9を応用したゲノム編集法を用いることで特定領域の化学修飾を操作する。関節前駆細胞を活かし、再生困難とされる硝子軟骨へ誘導しようとする本研究成果はゲノム編集技術を応用した副作用の少ない新たな遺伝子治療への基盤研究となる。

Outline of Annual Research Achievements

本研究課題では、関節軟骨障害の修復起点としての関節表層細胞に着目した軟骨分化機構の解明を目的とした。これまでにZIP10欠損マウスは、四肢短縮に加え全身の骨格障害を生じ、ZIP10を欠損した骨芽細胞は機能低下が認められた。関節の成長板の軟骨細胞は不規則な配列と骨化の促進がみられ、軟骨分化異常が生じていると考えられた。RNA-sequence法を用いた網羅的発現解析では、骨代謝調節の異常と細胞の生死、エキソソームなどの細胞外vesicleを制御していた。軟骨細胞が放出したexosomeの回収とZIP10欠損によるカーゴ(内包物質)の解析をDIA mass spectrometryを用いて行い、DNMT1、TMCO1, OSTPなどのDNAメチル化やヒストン修飾変化を介した骨形成関連タンパクが検出された。遺伝子発現制御を担うDNAメチル化やヒストンの化学修飾変化が細胞の記憶とその機能発現に重要であることから、特に細胞内外の亜鉛濃度の変化によるエピジェネティクスな制御に着目した。表層細胞は、軟骨細胞へ誘導可能な前駆細胞様の性質を保持する一方で、幹細胞や前駆細胞といった未分化な状態の細胞は、環境因子の影響を受け分化が進行することから、細胞内外の亜鉛濃度の変化は幹細胞や前駆細胞の細胞環境に大きく影響し、DNAのメチル化や転写因子の結合配列の化学修飾などエピジェネティクスな制御が働くことで細胞分化異常を生じると予想された。表層細胞から軟骨分化過程におけるDNAやヒストンの化学修飾変化をZip10の発現制御下で解析を行っている。軟骨分化におけるH3K4me3およびH3K27me3による転写活性化および抑制レベルやそれをとりまくトライソラックス群タンパク質やポリコム蛋白複合体の変化について解析を進めている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

4: Progress in research has been delayed.

Reason

Zip10CreER- Rainbow マウスを作製し、タモキシフェン投与することでZip10 陽性細胞を標識し、標識細胞のクローンを組織学的に解析する予定であったが、 Creマウスの発現の変動が大きく、樹立した別の相同組換えクローンを用いて作製を進めてきた。これらのマウスから細胞を採取してin vitroの実験にシフトしていく予定である。

Strategy for Future Research Activity

軟骨分化に対する3次元培養系を用いて、表層細胞から軟骨分化過程におけるDNAやヒストンの化学修飾変化をZip10の発現制御下で解析する予定である。今後は、骨代謝調節因子を制御する候補因子のDNAをターゲットとしたCRISPR/Cas9 を用いた脱メチル化システムを構築する予定である。クロマチンレベルのエピゲノム 解析には、scATAC-seqが有効であり、シングルルセルレベルでの遺伝子発現制御についても検討し、総括していく予定である。

Report

(3 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (18 results)

All 2024 2023 2022 2021

All Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 5 results) Presentation (9 results) (of which Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Transcription factor FoxO1 regulates myoepithelial cell diversity and growth.2024

    • Author(s)
      Rino Tokumasu, Rika Yasuhara, Seya Kang, Takahiro Funatsu, Kenji Mishima.
    • Journal Title

      Scientific Reports.

      Volume: 14:1069 Issue: 1 Pages: 1-15

    • DOI

      10.1038/s41598-024-51619-1

    • Related Report
      2023 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Isolation and Functional Analysis of Myoepithelial Cells from Adult Mouse Submandibular Glands.2023

    • Author(s)
      Rika Yasuhara, Seya Kang, Rino Tokumasu, Kenji Mishima.
    • Journal Title

      Methods Mol Biol.

      Volume: -

    • DOI

      10.1007/7651_2022_472

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Adipose-derived mesenchymal stem cells promote salivary duct regeneration via a paracrine effect.2023

    • Author(s)
      Seya Kang, Rika Yasuhara, Rino Tokumasu, Takahiro Funatsu, Kenji Mishima.
    • Journal Title

      J Oral Biosci.

      Volume: 65(1) Issue: 1 Pages: 104-110

    • DOI

      10.1016/j.job.2023.01.006

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Transcriptome profiles associated with human periodontal ligament differentiation.2023

    • Author(s)
      Yuji Takahashi, Rika Yasuhara, Junichi Tanaka Haruhisa Nakano, Koutaro Maki, Kenji Mishima.
    • Journal Title

      J Oral Biosci.

      Volume: 65(1) Issue: 1 Pages: 40-46

    • DOI

      10.1016/j.job.2023.01.005

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Human induced pluripotent stem cell-derived salivary gland organoids model SARS-CoV-2 infection and replication.2022

    • Author(s)
      Junichi Tanaka, Hidenobu Senpuku, Miho Ogawa, Rika Yasuhara, Shintaro Ohnuma, Koki Takamatsu, Takashi Watanabe, Yo Mabuchi, Shiro Nakamura, Shoko Ishida, Tomohiko Sadaoka, Takashi Takaki, Tatsuo Shirota, Toshikazu Shimane, Tomio Inoue, Takayoshi Sakai, Munemasa Mori, Takashi Tsuji, Ichiro Saito, Kenji Mishima
    • Journal Title

      Nat Cell Biol.

      Volume: 24(11) Issue: 11 Pages: 1595-1605

    • DOI

      10.1038/s41556-022-01007-6

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Role of Snai2 and Notch signaling in salivary gland myoepithelial cell fate.2022

    • Author(s)
      Rika Yasuhara, Seya Kang, Tarou Irie, Yo Mabuchi, Satoko Kujiraoka, Akane Yukimori, Shoko Ishida, Junichi Tanaka, Kenji Mishima
    • Journal Title

      Lab Invest.

      Volume: 102(11) Issue: 11 Pages: 1245-1256

    • DOI

      10.1038/s41374-022-00814-7

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Assessment of MEF2C as a novel myoepithelial marker using normal salivary gland and pleomorphic adenoma: An immunohistochemical study2022

    • Author(s)
      Takakura Ikuko、Kujiraoka Satoko、Yasuhara Rika、Tanaka Junichi、Ide Fumio、Mishima Kenji
    • Journal Title

      Journal of Oral and Maxillofacial Surgery, Medicine, and Pathology

      Volume: NA Issue: 4 Pages: 523-530

    • DOI

      10.1016/j.ajoms.2022.01.001

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Induction of salivary gland-like cells from epithelial tissues transdifferentiated from mouse embryonic fibroblasts2022

    • Author(s)
      Katada Ryogo、Tanaka Junichi、Takamatsu Koki、Hata Kenji、Yasuhara Rika、Ohnuma Shintaro、Takakura Ikuko、Nishimura Riko、Shirota Tatsuo、Mishima Kenji
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 586 Pages: 55-62

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2021.11.064

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] In vitro monitoring of HTR2A-positive neurons derived from human-induced pluripotent stem cells2021

    • Author(s)
      Nakai Kento、Shiga Takahiro、Yasuhara Rika、Sarkar Avijite Kumer、Abe Yuka、Nakamura Shiro、Hoashi Yurie、Kotani Keisuke、Tatsumoto Shoji、Ishikawa Hiroe、Go Yasuhiro、Inoue Tomio、Mishima Kenji、Akamatsu Wado、Baba Kazuyoshi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 15437-15437

    • DOI

      10.1038/s41598-021-95041-3

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 細胞環境がもたらす骨格形成障害のプロテオーム解析2024

    • Author(s)
      安原理佳、徳増梨乃、行森茜、石田尚子、田中準一、深田俊幸、美島健二.
    • Organizer
      第113回病理学会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 口腔領域に発生したリンパ腫3例の細胞学的考察2023

    • Author(s)
      安原理佳、行森 茜、石田尚子、美島健二
    • Organizer
      第62回日本臨床細胞学会秋期大会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 筋上皮細胞が発現する転写因子FoxO1は唾液腺の組織多彩性と増殖能を制御する.2023

    • Author(s)
      安原理佳、姜世野、徳増梨乃、鯨岡聡子、行森 茜、石田尚子、美島健二.
    • Organizer
      第112回日本病理学会総会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] Epithelial-mesenchymal properties are regulated by Snai2 in salivary myoepithelial cells2022

    • Author(s)
      Rika Yasuhara, Seya Kang, Satoko Kujiraoka, Akane Yukimori, Shoko Ishida, Junichi Tanaka, Kenji Mishima
    • Organizer
      第111回日本病理学会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 唾液腺再生にむけた筋上皮細胞の可塑性制御の分子機序2022

    • Author(s)
      安原 理佳
    • Organizer
      第66回日本日本唾液腺学会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] Generation of artificial salivary glands using decellularization method2022

    • Author(s)
      大沼慎太郎,美島 健二,安原 理佳,田中 準一,行森 茜
    • Organizer
      第64回日本日本歯科基礎医学会学術大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] ヒト多能性幹細胞由来神経堤細胞を用いた歯根膜再生の基盤研究2022

    • Author(s)
      高橋 侑嗣,安原 理佳,田中 準一,槇 宏太郎,美島 健二
    • Organizer
      第64回日本日本歯科基礎医学会学術大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] A comprehensive analysis of ChIP-seq-based Foxc1 target genes in mouse embryonic submandibular gland2022

    • Author(s)
      行森茜、田中準一、大沼慎太郎、安原理佳、大庭伸介、美島健二
    • Organizer
      第64回日本日本歯科基礎医学会学術大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 唾液腺の再生医学:オルガノイド作製とその再生医療への応用2021

    • Author(s)
      安原理佳
    • Organizer
      第65回日本唾液腺学会学術集会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Invited

URL: 

Published: 2021-04-28   Modified: 2024-12-25  

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