| Project/Area Number |
21K09851
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 57020:Oral pathobiological science-related
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| Research Institution | Kyodo Milk Industry Co., Ltd. |
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Principal Investigator |
杉 由高 協同乳業株式会社研究所, 研究所, 研究員 (30646013)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2022-03-31
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| Project Status |
Discontinued (Fiscal Year 2021)
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| Budget Amount *help |
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2023: ¥390,000 (Direct Cost: ¥300,000、Indirect Cost: ¥90,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
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| Keywords | Fusobacterium nucleatum / 大腸がん |
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| Outline of Research at the Start |
我々は以前、大腸がんを増悪化させることで知られているFusobacterium nucleatumが口腔に由来することを報告した。同研究の結果から口腔内のF. nucleatumの中には生きて大腸がんにまで移動できる菌株とそうでない菌株がいる可能性が考えられたため、分離株のゲノム解析を行ったところ、大腸がん分離株に特徴的な遺伝子を複数見出すことができた。本研究では、大腸がん分離株に特徴的な遺伝子の候補から実際にF. nucleatumが口腔から大腸がんへ移行するための責任遺伝子を特定するとともに、同遺伝子を保有する大腸がんにとってハイリスクな菌株を唾液から検出する方法の開発を目指す。
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| Outline of Annual Research Achievements |
昨年度から引きつづいて大腸がん患者の唾液と大腸がん組織から分離したF. nucleatumのゲノムシークエンスを行っている。今年度、アセンブリ結果の詳細な解析から本菌のゲノムアセンブリにはこれまでに使用していたCanu (Genome Res. (2017) 27(5):722-736.)よりもFlye (Nat Biotechnol. (2019) 37(5):540-546.)を使う方が正しい結果が得られていることが明らかになった。具体的には複数の菌株で見られたゲノム内の配列の重複がアセンブラーを変更することで大幅に改善することが確認できた。
改めて決定したゲノム情報を用いて、全ての大腸がん分離株が保有する一方で唾液分離株には認められない遺伝子、すなわち“大腸がんのF. nucleatum”に特徴的なマーカーとして利用できそうな候補遺伝子のリストを得た。
同候補遺伝子群の中から、真に大腸がんのF. nucleatumに特徴的な遺伝子を特定していくために、大腸がん患者および健常者の糞便メタゲノムデータを既報から収集し、マッピングによる同候補遺伝子の検出頻度を確認した。比較対象とした健常者の糞便中に占めるF. nucleatumの検出率がそもそもかなり低いという問題があるが、大腸がん患者の糞便メタゲノム中において同候補遺伝子群のより高頻度な検出が確認できた。
この結果を用いて、今後さらに候補遺伝子群の中から大腸がんのF. nucleatumに特異的なマーカー遺伝子を絞り込むとともに同定に繋げていきたいと考えている。
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