Change of epidemic patterns of respiratory viruses under the COVID-19 pandemic in Japan
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21K10414
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 58020:Hygiene and public health-related: including laboratory approach
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| Research Institution | Niigata University |
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Principal Investigator |
齋藤 玲子 新潟大学, 医歯学系, 教授 (30345524)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
渡部 久実 新潟大学, 医歯学総合研究科, 客員研究員 (50143756)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
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| Keywords | RSウイルス / 流行変化 / 公衆衛生対応 / 気候 / 新型コロナウイルス感染症 / 全国調査 / ウイルス遺伝子解析 / 次世代シークエンス解析 / 来日渡航者数 / インフルエンザウイルス |
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| Outline of Research at the Start |
2020年の新型コロナウイルス（COVID-19）の流行後、世界的にインフルエンザやRSウイルスなどの呼吸器感染症の減少が観察されている。本課題では、COVID-19による公衆衛生対応に伴い、日本の呼吸器ウイルス感染症の流行が、いかに変化したか、さらに、ウイルス遺伝子進化にどのような影響が見られたか、①海外・国内の人の移動、②個人防護策・社会的隔離戦略 、③インフルエンザとRSウイルスの検体調査、④インフルエンザとRSウイルス全ゲノム解析と遺伝子国際比較、⑤遺伝子進化解析に焦点を当て、疫学・ウイルス学の両面から明らかにする。
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| Outline of Annual Research Achievements |
令和5年4月から令和6年3月まで、全国各地の小児科外来（北海道、新潟、滋賀、山口、熊本、沖縄）を受診した、RSウイルス迅速診断キット陽性で研究の同意を得られた患者から、合計97件の検体を採取した。リアルタイムPCRを使って型別をしたところ、Ａ型10件（10.3％）、Ｂ型68件（70.1％）が検出され、陰性19件（19.6％）であり、2023年はＢ型が優位の流行であることが判明した。前年の2022年はＡ型が主流の流行であったため、2023年はＢ型への交代が起こったと考えられる。RSV検体陽性数は2023年7月が最も多く、国の感染症発生動向調査5類定点報告においても全国的に7月がRSウイルスのピークであったため、我々の調査と流行状況が一致していた。コロナ以前は沖縄の流行が、その他の地域に比べ1～2ヶ月程度早い傾向があったが、2023年は全国的な流行のピークも7月付近であり、沖縄の流行ピークの7月とほぼ一致していた。沖縄以外の流行時期が早くなった原因としては、コロナ流行下でRSウイルス感染症が抑制されていたために、免疫を持たない乳幼児が増えたためと考えられる。RSウィルスＧ蛋白エクトドメイン(約800塩基長）をサンガー法で遺伝子解析し、これまで研究代表者が収集した過去のRSウイルス株や、遺伝子データベースに登録された諸外国の株と、ＭＬ法樹形図解析を使って比較した。Ａ型RSウイルスについてはON1遺伝子型に属し、2023年の株は2022年に日本国内で検出された株と近縁であった。B型については、BA9遺伝子型に属し、2022年と類似した株が多かったが、2023年の7月以降、新たなサブクレードと考えられる株が流行し始めた。この新たなサブクレードについてはＧ蛋白の256位にＫ→Ｎの特徴的な変異を持ち、2022年にアメリカで検出された株に近く、コロナ以降に出現した新しい株と考えられる。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
令和5年度は次世代シークエンスを使いRSウイルスの全長遺伝子解析を実施する予定で、米国バンダービルト大学から供与を受けたプロトコールで、全長シークエンスを実施したが、Ｌ蛋白の3000塩基近くがベールアウトしてうまく読み取れなかった。この脱落を解消するために時間を要し、令和5年度には次世代シークエンス解析を完成することができなかったため、令和6年度に研究期間を延長することにした。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後の大きな目標としては、次世代シークエンスを使ったRSウイルスの全長解析(15,000塩基長）の推進である。これまではＧ蛋白の限られた領域のみを使って分子疫学を実施していたが、世界的には全長解析が主流となっている。米国のGoyaらにより、全長解析を使った新しい遺伝子分類法が提唱されている。我々も全長解析を実施し、新しい遺伝子解析法を使い、世界レベルで見た場合に、日本のRSウイルスの系統がどこに属するのか、そしてどの地域の株と繋がりが深いのか検討する必要がある。
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Report
(3 results)
Research Products
(12 results)
