一歩踏み込んだSTR検査：近接するSNPとの同時検査法の開発
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21K10515
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 58040:Forensics medicine-related
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| Research Institution | Tohoku University |
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Principal Investigator |
大内 司 東北大学, 医学系研究科, 技術専門職員 (90712266)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
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| Keywords | 個人識別 / SNP-STR / Compound marker |
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| Outline of Research at the Start |
法医実務ではShort Tandem Repeat（STR）の塩基長を指標としたキャピラリー電気泳動によるSTR検査が広く行われているが、塩基配列それ自体の情報が扱われていない点に改良の余地がある。
これまでに我々は次世代シーケンサーを用いて日本人におけるSTR内の塩基配列及びSTR外の一塩基多型（Single Nucleotide Polymorphism；SNP）の情報を集約し、従来の塩基長による型判定に比べて多型性が増す遺伝子座を明らかにした。
本研究は従来のSTR検査に実務利用可能な手段でSTR外のSNP情報を補うためキャピラリー電気泳動によるSNPとSTRの同時検査法の構築を試みる。
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| Outline of Annual Research Achievements |
法医実務におけるDNA型鑑定ではキャピラリー電気泳動（Capillary Electrophoresis;CE）法を用いたShort Tandem Repeat（STR）検査が最も一般的な手法として普及している。しかし、STRの反復数の情報しか利用できていないため、DNA型鑑定の精度向上を図るには改善の余地が残されている。本研究では広く普及したCE装置を利用しつつ、STRに隣接する日本人に多くみられる一塩基多型（Single Nucleotide Polymorphism;SNP）とSTRの同時解析法を構築し、DNA型鑑定の精度向上を図ることを目的として検討を行った。
日本人のDNA多型情報から9座位のSTR（D13S317、D16S539、D1S1656、D2S441、D3S4529、D5S2800、D5S818、D7S820及びvWA）とそれらに隣接するSNPを標的とし、SNPの野生型及び変異型をそれぞれ識別する蛍光標識プライマーを設計し、既知試料を用いてPCR増幅を行った後、CE法により各座位で正確に型判定できるか確認した。
D3S4529を除く8座位については、正確な型判定が可能であったが、一部スタターと呼ばれる副産物が検出されることから、今後は解析ソフト上でスタター排除の閾値を設定するための検討が必要であった。また、D3S4529については複数のプライマーを設計して検討したが、変異型のアレルを検出することが困難であり、引き続きプライマーの再設計あるいはPCR条件の再検討が必要であると考えられた。
結果として本研究により8座位のSNPとSTRを標的とする反応系を構築することができ、同手法によってDNA型鑑定の向上を図ることが可能であることが示唆された。
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Report
(3 results)
Research Products
(2 results)
