一歩踏み込んだSTR検査：近接するSNPとの同時検査法の開発
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21K10515
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 58040:Forensics medicine-related
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| Research Institution | Tohoku University |
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Principal Investigator |
大内 司 東北大学, 医学系研究科, 技術専門職員 (90712266)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
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| Keywords | 個人識別 / SNP-STR / Compound marker |
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| Outline of Research at the Start |
法医実務ではShort Tandem Repeat（STR）の塩基長を指標としたキャピラリー電気泳動によるSTR検査が広く行われているが、塩基配列それ自体の情報が扱われていない点に改良の余地がある。
これまでに我々は次世代シーケンサーを用いて日本人におけるSTR内の塩基配列及びSTR外の一塩基多型（Single Nucleotide Polymorphism；SNP）の情報を集約し、従来の塩基長による型判定に比べて多型性が増す遺伝子座を明らかにした。
本研究は従来のSTR検査に実務利用可能な手段でSTR外のSNP情報を補うためキャピラリー電気泳動によるSNPとSTRの同時検査法の構築を試みる。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では超並列シーケンス（Massively Parallele Sequencing；MPS）法を用いた解析による日本人322名分の試料から得られたDNA多型情報に基づき、キャピラリー電気泳動（capillary Electrophoresis;CE）法を用いた一塩基多型（Single Nucleotide Polymorphism;SNP）とShort Tandem Repeat（STR）の同時解析法の構築を行っている。
本来、STRの塩基長の情報しか扱うことができないCE法よりも塩基配列そのものを識別できるMPS法の方が識別力が高いため、MPS法を早急に実務導入すべきであるが、全国の法医学教室や捜査機関においてそれぞれMPS法を導入・運用するにはコスト的に問題がある。そこで、より現実的な手法として既に広く普及しているCE法を利用し、SNPとSTRを組み合わせた反応系を構築することで実務で扱われているSTR検査の識別力を向上させることを本研究の目的としている。
標的領域は日本人試料でSNPの存在が判明している9座位（D13S317、D16S539、D1S1656、D2S441、D3S4529、D5S2800、D5S818、D7S820及びvWA）とし、SNPの野生型及び変異型をそれぞれ識別する蛍光標識プライマーを設計し、既知試料を用いてPCR増幅を行った後にCE法によりSNP並びにSTRが正確に型判定できるか確認を行っている。
今年度までに9座位中4座位（D13S317、D1S1656、D5S818、vWA）で型判定が可能であることが確認された。一方で残る5座位では野生型または変異型を正確に検出することができなかったため、今後はプライマーを再設計し引き続き検討を行っていく。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
今年度は本研究の基となった研究成果について、学術雑誌への投稿と博士論文の提出に時間を要したことから、十分に研究を進めることができなかった。
現在は研究を進めることができており、最終年度に向けて遅れを補う予定である。
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| Strategy for Future Research Activity |
本研究の標的として設定した9座位中4座位で型判定が可能なプライマーを設計することができた。最終年度は残る5座位に対してプライマーを再設計し、全9座位で正確に型判定可能な反応系を構築する。
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Report
(2 results)
Research Products
(1 results)
