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Development of a method for personal identification from mixed samples using single-cell genomics technology

Research Project

Project/Area Number 21K10518
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 58040:Forensics medicine-related
Research InstitutionGifu University

Principal Investigator

Nagai Atsushi  岐阜大学, 大学院医学系研究科, 准教授 (00207961)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywordsシングルセルゲノム解析 / 全ゲノム増幅 / 個人識別 / 混合血痕 / DNA型フルプロファイリング / アレル・スコアリング / 重ね合わせ法 / WGA産物混合法 / 主成分分析 / DNA型 / 乾燥混合血痕 / セルソーティング / 限界希釈法 / シングルセルゲノミクス / 混合試料 / STR
Outline of Research at the Start

現在の法医・鑑識科学分野では、混合資料に関与した人物を確実に特定するのは未だ困難である。本研究では混合資料中の個々の細胞に着目し、シングルセルゲノミクス技術を用いて単離・全ゲノム増幅した1個の細胞由来のDNAの常染色体STR解析を行い、混合資料(試料)からの精度の高い個人識別法を確立する。その際に、1個の細胞から確実に個人識別を行うために必要となる、細胞寿命の長いリンパ球やアポトーシスを起こしていない細胞を選択的に分取・使用するための手法を開発する。最終的に、様々な環境に置いた混合試料に本法を適用し、鑑定実務における本法の有用性を総合的に検討する。

Outline of Final Research Achievements

Single-cell genomics technology was used to develop a highly accurate individual identification method from mixed-blood spots. Anti-human CD3 antibodies were found to be useful for cell labeling when isolating single leukocytes from mixed-blood spots by the flow cytometric cell sorting in terms of allele determination rate. To solve the problem of not obtaining a complete profile of DNA types due to allele drop-out, which is likely to occur in the whole genome amplification (WGA) of a single-cell, the 'Overlay method' and the 'WGA product mixing method' were newly devised. By using these methods, the complete profile of DNA types of each contributor in the mixed-blood spots was obtained, showing that both methods can be used for mixed-blood spots where the DNA type of the contributors are unknown.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

法医・鑑識科学分野では、単独試料からの個人識別は非常に高い精度を持って行うことが可能であるが、混合試料からの個人識別はソフトウェア等による統計学的手法を用いても困難な場合が多く、混合試料に関与した人物を確実に特定するための有効な方法は未だない。本研究では、混合血痕中に含まれる個々の白血球に着目し、1個の白血球のシングルセルゲノム解析を行うことにより、混合血痕に関与した人物のDNA型フルプロファイルを得ることに成功した。本研究において得られた成果は、混合血痕から個人を特定するためのひとつの手法として、犯罪捜査に少なからず寄与しうるものと考える。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (15 results)

All 2024 2023 2022 2021

All Journal Article (1 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results)

  • [Journal Article] 主成分分析を用いたシングルセルゲノム解析による混合血痕からの個人識別(第2報)2024

    • Author(s)
      池本千紘,山田俊輔,同前友季子,岡本元臣,巽 健翔,原 武史,道上知美,永井 淳
    • Journal Title

      DNA多型

      Volume: 32

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 主成分分析を用いたシングルセルゲノム解析による混合血痕からの個人識別 (第3報) -近親者の混合血痕における検討-2024

    • Author(s)
      山田俊輔,池本千紘,岡本元臣,同前友季子,菊永紗央,稲泉 萌,道上知美,原 武史,永井 淳
    • Organizer
      第108次日本法医学会学術全国集会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] シングルセルゲノム解析を目的とした乾燥血痕からのアポトーシス段階の細胞の単離2024

    • Author(s)
      岡本元臣,山田俊輔,菊永紗央,同前友季子,稲泉 萌,松本宗和,道上知美,永井 淳
    • Organizer
      第108次日本法医学会学術全国集会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 4細胞を用いたシングルセルゲノム解析による混合血痕からの個人識別2023

    • Author(s)
      山田俊輔,岡本元臣,同前友季子,巽 健翔,池本千紘,赤座香予子,道上知美,永井 淳
    • Organizer
      第107次日本法医学会学術全国集会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Single-cell profiling from mixed-blood spots using principal component analysis2023

    • Author(s)
      池本千紘,山田俊輔,同前友季子,岡本元臣,原 武史,道上知美,永井 淳
    • Organizer
      第107次日本法医学会学術全国集会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report 2022 Research-status Report
  • [Presentation] 主成分分析を用いたシングルセルゲノム解析による混合血痕からの個人識別 (第2報)2023

    • Author(s)
      池本千紘,山田俊輔,同前友季子,岡本元臣, 巽 健翔,原 武史,道上知美, 永井 淳
    • Organizer
      日本DNA多型学会第32回学術集会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Individual identification from mixed-blood spots by using 4 cells with single-cell genomic analysis2023

    • Author(s)
      Yamada S, Dozen Y, Tatsumi K, Okamoto M, Ikemoto C, Michiue T, Nagai A
    • Organizer
      23rd Triennial Meeting of the International Association of Forensic Sciences
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 4細胞を用いたシングルセルゲノム解析による乾燥混合血痕からの個人識別2023

    • Author(s)
      山田俊輔,岡本元臣,同前友季子,巽 健翔,池本千紘,赤座香予子,道上知美,永井 淳
    • Organizer
      第107次日本法医学会学術全国集会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] シングルセルゲノム解析による混合血痕からの個人識別(第3報)2022

    • Author(s)
      同前友季子,岡本元臣,三宅陽平,巽 健翔,今津有菜,菊永紗央,池本千紘,赤座香予子,道上知美,永井 淳
    • Organizer
      第106次日本法医学会学術全国集会
    • Related Report
      2022 Research-status Report 2021 Research-status Report
  • [Presentation] Complete profiling of DNA types of each contributor from dried mixed-blood spot using single-cell genomic analysis2022

    • Author(s)
      Dozen Y, Miyake Y, Yamada S, Okamoto M, Yoshimoto Y, Tatsumi K, Michiue T, Nagai A
    • Organizer
      The 29th Congress of the International Society for Forensic Genetics
    • Related Report
      2022 Research-status Report 2021 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] シングルセルゲノム解析技術を用いたDNA型フルプロファイリングにおいて必要な細胞数の検討2022

    • Author(s)
      山田俊輔, 同前友季子, 岡本元臣, 松本崇志, 吉本多伊貴, 松代皓太, 巽 健翔, 菊永紗央, 道上知美, 永井 淳
    • Organizer
      第44回日本法医学会学術中部地方集会・第69回日本法医学会学術近畿地方集会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] シングルセルゲノム解析による混合血痕からの個人識別に有効な新規 DNA型フルプロファイリング法の開発2022

    • Author(s)
      同前友季子, 山田俊輔, 岡本元臣, 道上知美, 永井 淳
    • Organizer
      日本DNA多型学会第31回学術集会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Personal identification from mixed and dried blood spots by single-cell genome analysis.2021

    • Author(s)
      同前友季子,三宅陽平,林有里紗,永井 淳,道上知美
    • Organizer
      第105次日本法医学会学術全国集会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Forensic identification from mixed and dried blood spots using single-cell genomic technique.2021

    • Author(s)
      Dozen Y, Miyake Y, Hayashi A, Nagai A, Michiue T
    • Organizer
      The 100th Annual Conference of the German Society for Forensic Medicine
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] シングルセルゲノム解析による混合血痕からの個人識別 -DNA型フルプロファイリングの試み-2021

    • Author(s)
      三宅陽平,同前友季子,岡本元臣,巽 健翔,林有里紗,道上知美,永井 淳
    • Organizer
      日本DNA多型学会第30回学術集会
    • Related Report
      2021 Research-status Report

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Published: 2021-04-28   Modified: 2025-01-30  

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