| Project/Area Number |
21K10523
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Section | 一般 |
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| Review Section |
Basic Section 58040:Forensics medicine-related
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| Research Institution | Tottori University |
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Principal Investigator |
中川 真由美 鳥取大学, 医学部, 准教授 (00243410)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2025-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
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| Budget Amount *help |
¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
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| Keywords | HRM法 / トリアレルSNP / HRM解析 |
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| Outline of Research at the Start |
DNA鑑定に有用な一塩基多型（SNP）のほとんどはアレルが2種しかないバイアレルであり多型性が低い。アレルが3種のトリアレルSNPは、バイアレルSNPに比べて識別能が高くより有用だが、解析法などの研究が進んでいない。HRM（High Resolution Melting）法は比較的安価で簡便迅速に行うことができる高解像度の融解曲線分析法である。本研究では、HRM法を用いた法医学分野において有用な、特に日本人識別に役立つトリアレルSNPの解析システムを構築したいと考える。
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| Outline of Annual Research Achievements |
法医学分野でしばしば行われるDNA鑑定は、変性した微量の試料を対象とすることがある。DNA鑑定で用いられるSTR（Short Tandem Repeat）は100-450bpくらいの長さで、VNTR（Variable number of tandem repeat）に比べると、短く断片化された試料でも解析に適している。しかし、変性がひどいDNAでは再現性のある結果が得られにくい。これに対しSNP（Single Nucleotide Polymorphism：一塩基多型）は多型性は低いもののゲノム上に非常に多く存在し、短い断片でも解析が可能で変性試料にも有用性が高い。SNPはほとんどがバイアレルであるが、本研究では識別能がより高いトリアレルSNPを対象として、HRM法を用いた簡便で迅速な解析システムの確立を目指している。
令和3年度には、本研究で解析対象とするトリアレルSNP多型部位として、データベースなどから日本人を中心とした東アジア集団においてマイナーアレルの頻度が高い部位10か所程度を選択した。その後それらの多型部位についてAPLP法やシークエンス法など他法を用いた日本人DNAのタイピングを進めた。タイピング結果やデータベースの結果などからマイナーアレルの頻度が10％を超えると思われるSNPについて、HRM法による解析の条件を整え適用を進めている。しかし、令和4年度から、HRM解析に用いるリアルタイムPCR装置の作動に問題があり、確認に時間を要し作業が遅れている。令和4年度末から5年度始めにかけてPCR装置の修理で研究が進まず、自身の健康上の問題もあり、研究が全般的に遅れている。令和6年度にその後れを取り戻すよう研究を進めたいと考えている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
4: Progress in research has been delayed.
Reason
令和3年度は新型コロナウイルス感染症流行により教育やその他のことに時間を要し、研究時間の確保が難しかった。令和4年度から5年度はHRM解析に用いるリアルタイムPCR装置の故障、研究者自身の健康問題などもあり研究が進めにくい時期があった。以上のような要因で研究当初から全般的に遅れている。
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| Strategy for Future Research Activity |
新型コロナウイルス感染症も5類に移行され、対応に追われる可能性も低くなった。自身の健康問題なども落ち着いてきた。今までの研究に引き続き、解析候補のトリアレルSNP部位について、APLP法やシークエンス解析など他法での確認と、HRM解析への適用を試み、また日本人サンプルやアジア人サンプルの解析を行いたいと思う。
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