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グラフ表現学習の転移性・構成性の獲得とその実践

Research Project

Project/Area Number 21K12041
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 61030:Intelligent informatics-related
Research InstitutionKyoto University (2022-2023)
Institute of Physical and Chemical Research (2021)

Principal Investigator

瀧川 一学  京都大学, 国際高等教育院, 特定教授 (10374597)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,290,000 (Direct Cost: ¥3,300,000、Indirect Cost: ¥990,000)
Fiscal Year 2024: ¥650,000 (Direct Cost: ¥500,000、Indirect Cost: ¥150,000)
Fiscal Year 2023: ¥390,000 (Direct Cost: ¥300,000、Indirect Cost: ¥90,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,860,000 (Direct Cost: ¥2,200,000、Indirect Cost: ¥660,000)
Fiscal Year 2021: ¥390,000 (Direct Cost: ¥300,000、Indirect Cost: ¥90,000)
Keywords機械学習 / グラフ / 表現学習
Outline of Research at the Start

分子のグラフ表現は生物活性や物性の予測、化学反応の予測や設計などで基本となるデータ表現である。本研究ではこのようなグラフ表現から所望のタスクに最適な潜在特徴量を学習するグラフ表現学習において、転移可能な良い汎用表現の事前学習および分子構造の階層的な構成性を反映できるモデル構造と自己教師ありの事前学習方式の設計の技術研究を行う。グラフ表現学習は近年GNNを用いた多くの研究があるものの先行成功例である画像や言語のような実用性は未達のままであり、現行GNNの基本方式であるメッセージパッシングに変わるTransformerによる方式を再設計し「転移性」「構成性」の獲得を実現を目指す。

Outline of Annual Research Achievements

本年度の研究実績の概要は以下の通りである。
(i) 標準的なグラフ畳み込み操作によるグラフニューラルネットワーク(GNN)について、畳み込みネットワーク(CNN)やTransformerなど画像や言語処理で成功を収めているアーキテクチャとの比較的検証により、Graph TransformerとGNNの設計パターン(特に深層化、スキップ接続、グラフ正規化)について本年度は様々な発展が見られた。本課題で主として念頭に置いている分子科学データにおいても、この技術的進展・知見を反映することで、実データでの予測モデルの分析・改良を行った。この際、CNNで開発されてきた様々な技巧を総括評価しVision Transformerに比する精度実現に至ったConvNextの知見を参考にGNNの設計についても様々な技法を総合的に評価する土台が得られた。
(ii) グラフデータにおいて、各頂点に3次元座標を伴う幾何的制約の考慮が必要な幾何グラフに対する予測タスクについて、幾何代数に基づく表現に基づいてニューラルネットワークを構成することで自然な幾何的制約を効果的に扱うことができると言う新たな知見に基づき、方法の分析・検討を行った。また、主にN粒子系の時系列変化を予測するGNS法についてユークリッド群同変性を導入する技術的検証を行った。
(iii) グラフニューラルネットワークを用いて時間ダイナミクスのシミュレーションを行うGNS法に基づいて細胞の自己組織化過程の学習を行い検証した。この予備的結果について専門誌への投稿を行い論文として出版した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

機械学習分野において、Graph Transformerや3次元の変換群同変性の扱いの研究に技術的な進展が見られたため、その知見の検証と評価を行うことで、モデル設計や学習制御について一定の理解が得られた。また、代表者の所属変更により新たな研究者との連携も得られるなど、進捗としてはまずまず順調に進んでいると考えられる。

Strategy for Future Research Activity

本年度は最終年度であり、研究期間に得られた成果を出版に向けて総括するとともに、今後の課題の整理を行う。具体的には下記の研究計画で研究を行う予定である。
(i) N粒子系の時間変動の機械学習シミュレーションの方法であるGNS法のベースモデルでE(3)同変性を幾何代数表現に基づく方法で考慮するモデルのプロトタイプ構築を行い、実際のN-粒子系シミュレーションデータ、分子動力学データ、化学反応経路データなどの実データでモデルの精度検証を行う。
(ii) Graph Transformerの系譜を含めて、深層グラフニューラルネットワークの実践的設計パターンについて、さらに一般的に検証を行う。特にスキップ接続の効果、グラフ正規化層の設計と効果、グラフプーリングの評価などを系統的に行い、画像をグラフと見た場合の評価も含めて実験的に検証を行う。
(iii) 研究期間の初期に得られた分子グラフ描画におけるグラフ自動補完について、機械学習システムと使用者であるユーザとのインタラクションをML-Human Interactionの問題としてさらに探求する。機械学習システムを実際にユーザが利用する状況で、考慮すべき機械学習システムの振る舞いについて理解を進める。

Report

(3 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (37 results)

All 2024 2023 2022 2021

All Journal Article (15 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 14 results,  Open Access: 5 results) Presentation (22 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 15 results)

  • [Journal Article] Machine Learning Refinement of <i>In Situ</i> Images Acquired by Low Electron Dose LC-TEM2024

    • Author(s)
      Katsuno Hiroyasu、Kimura Yuki、Yamazaki Tomoya、Takigawa Ichigaku
    • Journal Title

      Microscopy and Microanalysis

      Volume: 30 Issue: 1 Pages: 77-84

    • DOI

      10.1093/micmic/ozad142

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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Graph Network-Based Simulation of Multicellular Dynamics Driven by Concentrated Polymer Brush-Modified Cellulose Nanofibers2024

    • Author(s)
      Yoshikawa Chiaki、Nguyen Duc Anh、Nakaji-Hirabayashi Tadashi、Takigawa Ichigaku、Mamitsuka Hiroshi
    • Journal Title

      ACS Biomaterials Science and Engineering

      Volume: 10 Issue: 4 Pages: 2165-2176

    • DOI

      10.1021/acsbiomaterials.3c01888

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  • [Journal Article] Machine Learning-Based Analysis of Molar and Enantiomeric Ratios and Reaction Yields Using Images of Solid Mixtures2023

    • Author(s)
      Ide Yuki、Shirakura Hayato、Sano Taichi、Murugavel Muthuchamy、Inaba Yuya、Hu Sheng、Takigawa Ichigaku、Inokuma Yasuhide
    • Journal Title

      Industrial &amp; Engineering Chemistry Research

      Volume: 62 Issue: 35 Pages: 13790-13798

    • DOI

      10.1021/acs.iecr.3c01882

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  • [Journal Article] Gait video-based prediction of unified Parkinson’s disease rating scale score: a retrospective study2023

    • Author(s)
      Eguchi Katsuki、Takigawa Ichigaku、Shirai Shinichi、Takahashi-Iwata Ikuko、Matsushima Masaaki、Kano Takahiro、Yaguchi Hiroaki、Yabe Ichiro
    • Journal Title

      BMC Neurology

      Volume: 23 Issue: 1 Pages: 358-358

    • DOI

      10.1186/s12883-023-03385-2

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Accelerated discovery of multi-elemental reverse water-gas shift catalysts using extrapolative machine learning approach2023

    • Author(s)
      Wang Gang、Mine Shinya、Chen Duotian、Jing Yuan、Ting Kah Wei、Yamaguchi Taichi、Takao Motoshi、Maeno Zen、Takigawa Ichigaku、Matsushita Koichi、Shimizu Ken-ichi、Toyao Takashi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Issue: 1 Pages: 5035-5035

    • DOI

      10.1038/s41467-023-41341-3

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  • [Journal Article] Machine Learning and Machine Discovery: Lessons and Challenges of Data-Centric Natural Sciences2022

    • Author(s)
      瀧川 一学
    • Journal Title

      Journal of the Japanese Association for Crystal Growth

      Volume: 49 Issue: 1 Pages: n/a

    • DOI

      10.19009/jjacg.49-1-01

    • ISSN
      0385-6275, 2187-8366
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  • [Journal Article] Improvement of ultra-low dose electron image of TEM by deep learning2022

    • Author(s)
      勝野 弘康, 木村 勇気, 山﨑 智也, 瀧川 一学
    • Journal Title

      Journal of the Japanese Association for Crystal Growth

      Volume: 49 Issue: 1 Pages: n/a

    • DOI

      10.19009/jjacg.49-1-07

    • ISSN
      0385-6275, 2187-8366
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  • [Journal Article] 深層学習が広げる分子と幾何構造の表現2022

    • Author(s)
      瀧川一学
    • Journal Title

      電子情報通信学会誌

      Volume: 105(5) Pages: 435-440

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  • [Journal Article] Machine Learning Analysis of Literature Data on the Water Gas Shift Reaction Toward Extrapolative Prediction of Novel Catalysts2022

    • Author(s)
      Mine Shinya、Jing Yuan、Mukaiyama Takumi、Takao Motoshi、Maeno Zen、Shimizu Ken-ichi、Takigawa Ichigaku、Toyao Takashi
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 51 Issue: 3 Pages: 269-273

    • DOI

      10.1246/cl.210645

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  • [Journal Article] Edit-Aware Generative Molecular Graph Autocompletion for Scaffold Input2022

    • Author(s)
      Sheng Hu,Ichigaku Takigawa,Chuan Xiao
    • Journal Title

      The AAAI'22 Workshop on Deep Learning on Graphs: Methods and Applications (DLG-AAAI'22), Vancouver, BC, Canada

      Volume: -

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  • [Journal Article] Early Detection of Nucleation Events From Solution in LC-TEM by Machine Learning2022

    • Author(s)
      Katsuno Hiroyasu、Kimura Yuki、Yamazaki Tomoya、Takigawa Ichigaku
    • Journal Title

      Frontiers in Chemistry

      Volume: 10 Pages: 138-144

    • DOI

      10.3389/fchem.2022.818230

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] ZDDの区間メモ化探索技法によるコスト制約組合せ問題の高速な解列挙2022

    • Author(s)
      湊真一,番原睦則,堀山貴史,川原純,瀧川一学,瀧川一学,山口勇太郎
    • Journal Title

      情報処理学会研究報告

      Volume: AL-187 Pages: 1-8

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  • [Journal Article] 表現と介入:機械学習は化学研究の「経験と勘」を合理化できるか?2022

    • Author(s)
      瀧川一学
    • Journal Title

      化学と教育

      Volume: 70 Pages: 122-125

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  • [Journal Article] Fast Improvement of TEM Images with Low-Dose Electrons by Deep Learning2021

    • Author(s)
      Katsuno Hiroyasu、Kimura Yuki、Yamazaki Tomoya、Takigawa Ichigaku
    • Journal Title

      Microscopy and Microanalysis

      Volume: 28 Issue: 1 Pages: 138-144

    • DOI

      10.1017/s1431927621013799

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  • [Journal Article] Analysis of Updated Literature Data up to 2019 on the Oxidative Coupling of Methane Using an Extrapolative Machine‐Learning Method to Identify Novel Catalysts2021

    • Author(s)
      Mine Shinya、Takao Motoshi、Yamaguchi Taichi、Toyao Takashi、Maeno Zen、Hakim Siddiki S. M. A.、Takakusagi Satoru、Shimizu Ken‐ichi、Takigawa Ichigaku
    • Journal Title

      ChemCatChem

      Volume: 13 Issue: 16 Pages: 3636-3655

    • DOI

      10.1002/cctc.202100495

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  • [Presentation] 創薬のための分子グラフ推薦システム2023

    • Author(s)
      Sheng Hu, Ichigaku Takigawa, Chuan Xiao
    • Organizer
      第15回データ工学と情報マネジメントに関するフォーラム (DEIM2023)
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  • [Presentation] Exploring Practices in Machine Learning and Machine Discovery for Heterogeneous Catalysis2023

    • Author(s)
      Ichigaku Takigawa
    • Organizer
      ACS Spring 2023 Symposium on AI-Accelerated Scientific Workflow, Indianapolis, USA
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 機械学習と機械発見:自然科学融合が誘起するデータ科学の新展開2023

    • Author(s)
      瀧川一学
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      学習院桜友会寄付講座(生命情報社会学)シンポジウム X-informatics ~巡り会うデータサイエンス~
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      瀧川一学
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      情報論的学習理論と機械学習研究会(IBISML)
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  • [Presentation] "データ化"する化学と情報技術・人工知能・データサイエンス2022

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      瀧川一学
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      2022年北海道地区化学教育研究協議会
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  • [Presentation] 自然科学における機械学習と機械発見2022

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      瀧川一学
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      シンポジウム「機械学習が拡げる相転移研究の最前線」, JCCG-51 第51回結晶成長国内会議
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  • [Presentation] A ZDD-Based Method for Exactly Enumerating All Lower-Cost Solutions of Combinatorial Problems2022

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  • [Presentation] 決定森回帰の信頼区間推定, Benign Overfitting, 多変量木とReLUネットの入力空間分割2022

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      瀧川一学
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      瀧川一学
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      瀧川一学
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      瀧川一学
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      第142回 フロンティア材料研究所学術講演会 「データ科学と機械学習の最前線 ーデータを基軸とした材料開発に向けてー」, 東京工業大学
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      瀧川一学
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      瀧川一学
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  • [Presentation] 分子のグラフ表現と機械学習の最近2021

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      理研AIPオープンセミナー
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  • [Presentation] A machine-learning view on heterogeneous catalyst design and discovery2021

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      Ichigaku Takigawa
    • Organizer
      Telluride Workshop on Computational Materials Chemistry, Telluride, Colorado, USA
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  • [Presentation] Machine Learning for Chemistry: Representing and Intervening2021

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      Ichigaku Takigawa
    • Organizer
      Joint Symposium of Engineering & Information Science & WPI-ICReDD in Hokkaido University
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    • Invited

URL: 

Published: 2021-04-28   Modified: 2024-12-25  

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