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Visualization of cluster damage in cells and tumors and elucidation of repair mechanisms

Research Project

Project/Area Number 21K12248
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeMulti-year Fund
Section一般
Review Section Basic Section 63020:Radiation influence-related
Research InstitutionNational Institutes for Quantum Science and Technology

Principal Investigator

Toshiaki Nakano  国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構, 量子生命科学研究所, 主幹研究員 (10526122)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
KeywordsDNA損傷 / cluster DNA damage / irradiation / クラスターダメージ / フランキングDSB / クラスター損傷 / 高複雑度DSB / 原子間力顕微鏡 / Direct visualization / ionizing radiation / atomic force microscope / clustered DNA damage
Outline of Research at the Start

細胞及びマウスの腫瘍にDNA損傷誘発剤(抗がん剤)や放射線を暴露・照射し、それにより生じる個々のDNA損傷(塩基損傷・クラスター損傷・DSB損傷(通常タイプ)・DSB+塩基損傷)の生成量や複雑度を求める。また、それらを系時的に分析することによりそれぞれの修復機構や修復のされやすさを分子生物学的に解析する。さらに、これらの情報と致死効率を比較することで個々の損傷が及ぼす生物影響を明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

Radiation-induced localized multiple damage sites in DNA, known as clustered DNA damage, are believed to be closely related to the biological effects of radiation. However, there has been no established method for analyzing clustered damage until now. In response, we developed a technique to label DNA damage sites, making them visible at a size detectable by atomic force microscopy (AFM). This advancement allows for the analysis of these sites using AFM. By applying this method, we were able to measure the production and repair rates of various types of DNA damage in the genomic DNA extracted from irradiated TK6 cells. Consequently, we successfully elucidated the repair mechanisms for individual types of DNA damage.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究成果により、鎖切断を伴わないクラスターDNA損傷(シンプルクラスター損傷や高密度クラスター損傷)は効率的に修復される一方で、DSBを伴う高複雑度DSB(DSB+塩基)は特に高LETの鉄イオン照射後に長期間生体内に存在し続けることを明らかにした。これにより、クラスターDNA損傷の定量と修復効率の評価が可能となり、電離放射線の生物学的影響を理解する上で極めて重要な知見が得られた。本研究は、放射線治療や化学療法による腫瘍治療、および正常細胞の発がんリスクに関連するクラスター損傷の生物学的影響を評価する上で重要な進展をもたらすと考えられる。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 3 results)

  • [Journal Article] Synthetic DNA binders for fluorescent sensing of thymine glycol-containing DNA duplexes and inhibition of endonuclease activity2023

    • Author(s)
      Sato Yusuke、Takaku Yoshihide、Nakano Toshiaki、Akamatsu Ken、Inamura Dai、Nishizawa Seiichi
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 59 Issue: 40 Pages: 6088-6091

    • DOI

      10.1039/d3cc01501g

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 放射線照射によって生じたDNA損傷の構造解析と修復速度2023

    • Author(s)
      中野敏彰, 赤松憲, 鹿園直哉
    • Journal Title

      放射線化学

      Volume: 116 Pages: 15-19

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] SPRTN and TDP1/TDP2 Independently Suppress 5-Aza-2′-deoxycytidine-Induced Genomic Instability in Human TK6 Cell Line2022

    • Author(s)
      Nakano Toshiaki,Moriwaki Takahito,Tsuda Masataka,Miyakawa Misa,Hanaichi Yuto,Sasanuma Hiroyuki,Hirota Kouji,Kawanishi Masanobu,Ide Hiroshi,Tano Keizo,Bessho Tadayoshi
    • Journal Title

      Chemical Research in Toxicology

      Volume: 35 Issue: 11 Pages: 2059-2067

    • DOI

      10.1021/acs.chemrestox.2c00213

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Formation of clustered DNA damage in vivo upon irradiation with ionizing radiation: Visualization and analysis with atomic force microscopy2022

    • Author(s)
      Nakano Toshiaki、Akamatsu Ken、Tsuda Masataka、Tujimoto Ayane、Hirayama Ryoichi、Hiromoto Takeshi、Tamada Taro、Ide Hiroshi、Shikazono Naoya
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 119 Issue: 13

    • DOI

      10.1073/pnas.2119132119

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 放射線により生じる高複雑度のDNA損傷の可視化と修復機構の解明2023

    • Author(s)
      中野敏彰, 赤松憲, 鹿園直哉
    • Organizer
      日本放射線影響学会 第66回大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 放射線照射によって生じるDNA損傷の構造解析と修復機構の解明2023

    • Author(s)
      中野敏彰, 赤松憲, 鹿園直哉
    • Organizer
      日本環境変異原ゲノム学会第52回大会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 放射線照射した細胞に生じるDNA損傷の分子レベルでの可視化と定量解析2023

    • Author(s)
      中野敏彰, 赤松憲, 鹿園直哉
    • Organizer
      第46回日本分子生物学会年会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 原子間力顕微鏡を用いた変異原物質や放射線で生じるDNA損傷の直接観察2022

    • Author(s)
      中野敏彰 ,赤松 憲 ,津田 雅貴 ,井出 博 ,鹿園 直哉
    • Organizer
      第51回 日本環境変異原ゲノム学会 (JEMS)
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 電離放射線を照射したTK6細胞におけるゲノムDNAの原子間力顕微鏡(AFM)による直接可視化2022

    • Author(s)
      中野敏彰, 赤松憲, 津田雅貴, 井出博, 鹿園直哉
    • Organizer
      日本放射線影響学会 第65回大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] 放射線照射した細胞に生じるDNA損傷の分子レベルでの可視化と解析2022

    • Author(s)
      中野敏彰, 赤松憲, 鹿園直哉
    • Organizer
      量子生命科学会 第4回大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] Direct visualization of isolated and clustered DNA damage using atomic force microscope (AFM) in TK6 cells exposed to ionizing radiation2022

    • Author(s)
      Toshiaki Nakano, Ken Akamatsu, Naoya Shikazono
    • Organizer
      Radiation Research Society's 68th Annual Meeting
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 放射線照射した細胞に生じるDNA損傷の可視化2021

    • Author(s)
      中野敏彰、赤松憲、津田雅貴、井出博、平山亮一、 廣本武史、玉田太郎、鹿園直哉
    • Organizer
      日本放射線影響学会第64回大会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] azadCによって生じるDNMT1-DPC損傷の修復に関わるSPRTN経路とプロテオーム依存的な経路の解明2021

    • Author(s)
      中野敏彰 ,津田雅貴 ,森脇隆仁 ,笹沼博之 ,川西優喜 ,鹿園直哉 ,井出博 , 田野 恵三
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会大会
    • Related Report
      2021 Research-status Report

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Published: 2021-04-28   Modified: 2025-01-30  

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