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Exploring the Elements Required for Accurate Genome Editing Using Autonomous Activated CRISPR

Research Project

Project/Area Number 21K14740
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 37010:Bio-related chemistry
Research InstitutionHiroshima University

Principal Investigator

Daisuke Matsumoto  広島大学, 医系科学研究科(薬), 助教 (20889381)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Keywordsゲノム編集 / CRISPR-Cas9 / Anti-CRISPR / 相同性組換え / 細胞周期 / 遺伝子修復
Outline of Research at the Start

CRISPR-Cas9システムの登場によりゲノム編集の難易度は格段に下がったが、相同性組換えを介した標的配列における正確な修復効率は依然として低いままである。本課題では、Cas9ヌクレアーゼ(Cas9)を阻害するAnti-CRISPRと細胞周期に依存して発現量が変化するCdt1のユビキチン化に関与する配列を融合した人工Cas9阻害剤を利用することで、相同性組換え効率が向上する新規手法の発見を基に、より詳細な細胞周期と正確な遺伝子編集効率の関連性の解明を試みる。また、ここで得られた知見を基盤とし、高い相同性組換え効率を実現するゲノム編集システムの開発を目指す。

Outline of Final Research Achievements

We evaluated whether a synergistic effect on homologous recombination efficiency could be obtained by combining the cell cycle-dependent activation of CRISPR using Anti-CRISPR with the cell cycle-dependent regulation of Cas9 expression itself. The results showed that cell cycle-dependent expression of Cas9 itself improved homologous recombination efficiency compared to normal Cas9, but off-target effects occurred at a higher frequency. On the other hand, the combination with the activation system using Anti-CRISPR further improved the homologous recombination efficiency and reduced the off-target effects.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

ゲノム編集を臨床といった正確な遺伝子の書き換えを行う上で、相同性組換えを介した修復は重要である。本研究成果によって、細胞周期を厳密に限定したCRISPR-Cas9の活性制御によって相同性組換えの向上とオフターゲット作用の低減が可能であることが示唆された。この結果を踏まえ、より詳細な遺伝子修復とCRISPRを用いたDNA切断の関係性を解明していくことによって、より安全なゲノム編集技術の開発に貢献できると期待される。

Report

(3 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (11 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Cas9-Geminin and Cdt1-fused anti-CRISPR protein synergistically increase editing accuracy2023

    • Author(s)
      Daisuke Matsumoto, Kanae Kishi, Erina Matsugi, Yuto Inoue, Kiyomi Nigorikawa, Wataru Nomura
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 597 Issue: 7 Pages: 985-994

    • DOI

      10.1002/1873-3468.14608

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Molecular Switch Engineering for Precise Genome Editing2021

    • Author(s)
      Daisuke Matsumoto, Wataru Nomura
    • Journal Title

      Bioconjugate Chemistry

      Volume: 32 Issue: 4 Pages: 639-648

    • DOI

      10.1021/acs.bioconjchem.1c00088

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 高精度なゲノム編集を可能とする手法の開発 -安全なゲノム編集を目指して-2023

    • Author(s)
      松本大亮
    • Organizer
      香川大学応用生命科学研究センター
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Invited
  • [Presentation] 細胞周期依存型ゲノム編集のためのSaCas9に対するanti-CRISPR活性の解析2023

    • Author(s)
      松木 依理奈、長瀬 興平、松本 大亮、濁川 清美、野村 渉
    • Organizer
      日本薬学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 相同性組換え修復を優先的に引き起こす引き起こすゲノム編集法の検討2023

    • Author(s)
      松本大亮、松木依理奈、久保田小茉利、井上雄翔、岸果苗、濁川清美、野村 渉
    • Organizer
      日本薬学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] CRISPRaの仕組みを利用したanti-CRISPRの細胞内でのCas9阻害作用解析2023

    • Author(s)
      岸 果苗、濁川 清美、長谷川 有希、松本 大亮、野村 渉
    • Organizer
      日本化学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 特定の細胞周期でのCRISPR-Cas9活性化によるゲノム編集効率の向上2022

    • Author(s)
      松本大亮、岸果苗、松木依理奈、井上雄翔、濁川清美、野村 渉
    • Organizer
      ケミカルバイオロジー学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Development of Precise Genome Editing Technology by Cell Cycle Depending Activation of CRISPR-Cas92022

    • Author(s)
      Daisuke Matsumoto, Kanae Kishi, Erina Matsugi, Yuto Inoue, Kiyomi Nigorikawa, Wataru Nomura
    • Organizer
      CBI学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞周期依存的なhigh fidelity Cas9の活性化によるゲノム編集の正確性向上の検討2022

    • Author(s)
      松本大亮、岸果苗、松木依理奈、井上雄翔、濁川清美、野村 渉
    • Organizer
      日本分子生物学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 特定の細胞周期におけるタンパク質分解の複合化によるゲノム編集と精度の向上2022

    • Author(s)
      井上雄翔、松本大亮、岸果苗、松木依理奈、濁川清美、野村渉
    • Organizer
      日本分子生物学会
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] CRISPRaを用いた自律制御型ゲノム編集におけるAnti-CRISPR作用の解析2022

    • Author(s)
      岸 果苗、濁川 清美、長谷川 有希、松本 大亮、野村 渉
    • Organizer
      日本薬学会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 細胞周期依存的なCRISPR活性制御によるゲノム編集法の開発2021

    • Author(s)
      松本 大亮、野村 渉
    • Organizer
      2021年若手ペプチド夏の勉強会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Cell cycle dependent expression of anti-CRISPR improves genome editing accuracy2021

    • Author(s)
      Daisuke Matsumoto, Wataru Nomura
    • Organizer
      日本核酸医薬学会第6回年会
    • Related Report
      2021 Research-status Report

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Published: 2021-04-28   Modified: 2024-01-30  

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