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Exploring mechanisms of plant-soil microbiome interactions by metagenome and QTL analysis

Research Project

Project/Area Number 21K14763
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 38020:Applied microbiology-related
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

Bamba Masaru  東北大学, 生命科学研究科, 助教 (70898288)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Keywords植物-微生物相互作用 / QTL解析 / 16S アンプリコンシーケンス / 微生物群集 / ミヤコグサ / メタゲノム / 生物間相互作用 / メタゲノム解析
Outline of Research at the Start

土壌微生物群集は植物の生産性に大きな影響を与えるにも関わらず,群集を構成する大部分の微生物は機能や動態が未知であり,どのような相互作用を経て植物の生産に影響するのか十分に明らかになっていない。本研究では,マメ科植物ミヤコグサの種内に生じる遺伝的な違いと土壌微生物群集との相互作用の違いの関連を調査することで,植物と土壌微生物群集の相互作用に関連する植物遺伝子座を特定し,微生物群集との相互作用が植物によってどのように規定されるのかを明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

Using the model legume plant Lotus japonicus, we investigated the effects of genetic differences within a plant species on root microbiome and examined which genetic differentiations were associated with these microbes. Although our study found that the impact of genetic differentiation on root microbiome was small, Rhizobiales and Burkholderiales were significantly associated with differences at a small number of genetic loci. This suggests that while most of the microbes constituting the root microbiome do not depend on genetic differences within the plant species, some microbes, particularly those known to have close relationships with plants, are highly sensitive to the plant's genetic differences.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

持続可能な農業を推進する上で,植物と土壌微生物の関係を理解することは不可欠である。本研究より,従来植物の生育に密接に関連していることが報告されているRhizobialesやBurkholderialesの微生物が,植物の少数の遺伝子座に依存していることが明らかとなった。これらの結果は,植物にとって有益な植物-微生物相互作用を司る遺伝基盤を遺伝学手法を用いて明らかにすることが可能であることを示唆しており,また将来的には育種的に有益な相互作用を選抜することも可能になると考えられる。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (10 results)

All 2024 2023 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 2 results) Presentation (6 results) Book (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Aarhus University(デンマーク)

    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Journal Article] Synergistic effects of plant genotype and soil microbiome on growth in <i>Lotus japonicus</i>2024

    • Author(s)
      Bamba Masaru、Akyol Turgut Yigit、Azuma Yusuke、Quilbe Johan、Andersen Stig Uggerh?j、Sato Shusei
    • Journal Title

      FEMS Microbiology Ecology

      Volume: 100 Issue: 5 Pages: 1-12

    • DOI

      10.1093/femsec/fiae056

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Genotype by microbiome interactions have large effects on growth in <i>Lotus japonicus</i>2022

    • Author(s)
      Bamba Masaru、Akyol Turgut Yigit、Azuma Yusuke、Quilbe Johan、Andersen Stig Uggerhoj、Sato Shusei
    • Journal Title

      BioRxiv

      Volume: None

    • DOI

      10.1101/2022.03.28.486086

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] ミヤコグサ組み換え自殖系統を用いた根微生物群集に関する QTL 解析2023

    • Author(s)
      番場大, 佐藤修正
    • Organizer
      植物微生物研究会第32回研究交流会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] ミヤコグサ根微生物群集に対するQTLマッピング2022

    • Author(s)
      番場 大, Akyol Turgut Y, Quilbe Johan, Andersen Stig U, 佐藤 修正
    • Organizer
      日本植物学会第86回大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 番場 大, Akyol Turgut Y, Quilbe Johan, Andersen Stig U, 佐藤 修正2022

    • Author(s)
      ミヤコグサ根微生物群集に対するQTL解析
    • Organizer
      日本進化学会第24回大会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 圃場栽培したミヤコグサの表現型を制御するゲノム領域の解析:画像解析を利用したアプローチ2021

    • Author(s)
      高橋 隼 , 番場 大 , 三岡 周子 , Mustamin Yusdar , Manggabarani Madih , 磯村 芳子 , 林 篤司 , 七夕 高也 , 橋口 拓勇 , 橋口 正嗣 , 佐藤 修正
    • Organizer
      日本植物学会第85回大会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 植物-微生物群集相互作用をとりまく植物,群集,および環境の効果2021

    • Author(s)
      番場 大 , Turgut Yigit Akyol , 東 優佑 , Stig Uggerhoj Andersen , 佐藤 修正
    • Organizer
      植物微生物研究会 第30回研究交流会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] ミヤコグサ根微生物群集の成育土壌及び生育期間の関連2021

    • Author(s)
      東 優佑 , 番場 大 , Turgut Yigit Akyol , Stig Uggerhoj Andersen , 佐藤 修正
    • Organizer
      植物微生物研究会 第30回研究交流会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Book] バイオスティミュラントハンドブック2022

    • Author(s)
      山内 靖雄、須藤 修、和田 哲夫、日本バイオスティミュラント協議会
    • Total Pages
      500
    • Publisher
      エヌ・ティー・エス
    • ISBN
      4860437691
    • Related Report
      2021 Research-status Report

URL: 

Published: 2021-04-28   Modified: 2025-01-30  

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