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Establishment of molecular design guidelines for enzyme mutants by principal component analysis aiming at improving enzyme electrochemical reaction

Research Project

Project/Area Number 21K14782
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 38030:Applied biochemistry-related
Research InstitutionUniversity of Fukui

Principal Investigator

TAKAMURA Eiichiro  福井大学, 学術研究院工学系部門, 講師 (30843015)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Keywords直接電子移動型酵素 / 電気化学スクリーニング / 酵素分子設計 / 多変量解析 / 酵素改変 / 耐熱性酵素 / 生物電気化学 / 酸化還元酵素 / マルチ銅オキシダーゼ / 主成分分析 / 変異体設計
Outline of Research at the Start

バイオエレクトロニクス用デバイス構築では、性能向上のために電極触媒として優れた酸化還元酵素を用いる必要がある。従来の変異体スクリーニングでは、通常の酵素活性測定が用いられる。しかし、通常の酵素活性測定での評価と酵素電気化学反応に基づく評価では電子授受対象が異なるため、デバイス用酵素改変のための適格な情報を得ることが困難である。本研究では、酵素電気化学反応に基づくスクリーニングを行った上で、さらに電極触媒活性、アミノ酸特性等の大量の情報を主成分分析によって評価し、改変部位の情報を求めたい酵素電気化学反応の向上へ結びつけることで、デバイス用酵素の高性能変異体のための新しい設計指針を確立する。

Outline of Final Research Achievements

In the present study, we aimed to improve the electroenzymatic reaction of direct electron transfer-type enzymes, which are capable of direct electron transfer between enzyme and electrode. Electrochemical screening, rather than conventional enzyme activity screening, was performed on random mutant libraries. From the screening results, mutant libraries were classified by hierarchical cluster analysis. Mutants exhibiting similar properties to those showing superior electrocatalytic performance had similar mutations introduced. Focusing on the redox potential of the enzyme, the high effect sites on the redox potential due to the introduction of mutations were identified. A saturating mutation library was prepared and evaluated, and mutants with redox potential changes of approximately 70 mV were obtained with only 0.1% of the total sequence space screened.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究成果によって、直接電子移動型酵素における電気化学スクリーニングの重要性が示された。また、本研究における高影響部位の特定までの手法は、これまでの指向性進化法における大量のスクリーニングや、部位特異的変異導入法における構造的知見を必要としない。そのため、一次配列と機能さえ明らかであれば少ないコストで性能向上変異体を得ることが可能となり、新規酵素の実用化までの時間短縮などに貢献すると考えられる。

Report

(3 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (9 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (7 results) (of which Invited: 1 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Immobilization of multicopper oxidase from Pyrobaculum aerophilum onto an electrospun‐aligned single‐walled carbon nanotube surface via a carbon‐nanotube‐binding peptide for biocathode2021

    • Author(s)
      Sakamoto Hiroaki、Futamura Rie、Fujiwara Ikuya、Meboso Taichi、Li Ning、Takamura Eiichiro、Satomura Takenori、Suye Shin‐ichiro
    • Journal Title

      Journal of Applied Polymer Science

      Volume: 50937 Issue: 37 Pages: 1-6

    • DOI

      10.1002/app.50937

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 超耐熱性アルドース脱水素酵素への部位特異的変異導入によるKm改変2023

    • Author(s)
      大月 裕香子, 髙村 映一郎, 坂元 博昭, 里村 武範, 櫻庭 春彦, 大島 敏久, 末 信一朗
    • Organizer
      日本農芸化学会 2023年度大会
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  • [Presentation] 電極触媒活性向上を目指した多変量解析による酵素変異体の分子設計指針の確立2023

    • Author(s)
      高村 映一郎, 後藤 翼, 梶田 真司, 坂元 知里, 坂元 博昭, 里村 武範, 櫻庭 春彦, 末 信一朗
    • Organizer
      日本農芸化学会 2023年度大会
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  • [Presentation] 超好熱性マルチ銅オキシダーゼのT1銅周辺への部位特異的導入による酸化還元電位の改変2022

    • Author(s)
      平中 佑磨, 多喜 俊介, 髙村 映一郎, 坂元 博昭, 里村 武範, 櫻庭 春彦, 末 信一朗
    • Organizer
      日本生物工学会 第74回大会
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  • [Presentation] 直接電子移動型酵素の電極触媒活性向上変異体の設計を目指した多変量解析による変異体ライブラリ解析2022

    • Author(s)
      後藤 翼, 髙村 映一郎, 坂元 知里, 坂元 博昭, 里村 武範, 櫻庭 春彦, 末 信一朗
    • Organizer
      日本生物工学会 第74回大会
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  • [Presentation] 高電圧バイオ電池構築のためのマルチ銅オキシダーゼにおけるT1銅の第2配位圏への部位特異的変異誘発2021

    • Author(s)
      平中佑磨, 多喜俊介, 髙村映一郎, 坂元博昭, 里村武範, 櫻庭春彦, 大島敏久, 末信一朗
    • Organizer
      第73回日本生物工学会大会
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  • [Presentation] カーボン結合ペプチド修飾マルチ銅オキシダーゼ固定化バイオカソードの性能向上を目的としたコール酸系界面活性剤による電子伝達の効率化2021

    • Author(s)
      高村映一郎, 後藤慧史, 坂元博昭, 里村武範, 櫻庭春彦, 冨永昌人, 大島敏久, 末信一朗
    • Organizer
      第73回日本生物工学会大会
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 酵素の配向固定化のためのタンパク質工学によるバイオカソードにおける電子移動効率の向上2021

    • Author(s)
      髙村映一郎, 多喜俊介, 中村卓登, 坂元博昭, 里村武範, 末信一朗
    • Organizer
      第31回日本MRS年次大会
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      2021 Research-status Report
    • Invited
  • [Book] 月刊BIOINDUSTRY 2021年5月号「改変酵素による高性能バイオカソードの構築」2021

    • Author(s)
      髙村映一郎, 末信一朗, 他
    • Total Pages
      10
    • Publisher
      シーエムシー出版
    • Related Report
      2021 Research-status Report

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Published: 2021-04-28   Modified: 2024-01-30  

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