| Project/Area Number |
21K14906
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
|
| Allocation Type | Multi-year Fund |
|---|
| Review Section |
Basic Section 40030:Aquatic bioproduction science-related
|
|---|
| Research Institution | Matsue National College of Technology |
|---|
Principal Investigator |
山口 剛士 松江工業高等専門学校, 環境・建設工学科, 准教授 (30759832)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2025-03-31
|
| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
|
| Budget Amount *help |
¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000)
|
|---|
| Keywords | click chemistry / HCR-FISH / Cu-free click chemistry / FISH / Nitrospira / FISH法 / 環境微生物 / 視覚的検出 |
|---|
| Outline of Research at the Start |
近年、環境中の微生物を個々にゲノム解析を行うシングルセル解析が行われている. 本研究では, シングルセル解析の適用微生物を拡大させるために, 新たな微生物の視覚的検出技術の開発を行う. シングルセル解析を行うには, 微生物を高感度な蛍光で検出し、DNAを損傷しない方法が必要であるため, 本研究では研究代表者が開発した手法と簡易な試薬で結合するcopper-free click chemistryを組み合わせた手法開発を行う.
|
| Outline of Annual Research Achievements |
地球における環境保全およびバイオテクノロジーを発展させるためには、更なる微生物生態の理解が重要である。多くの微生物が人為的な培養が困難である現状 から、近年微生物を個々でゲノム解析を行うシングルセル解析が世界中で行われている。しかし、微生物を回収するために微生物を視覚的に検出する必要があるが、未だ確立させた手法が存在していない。昨年度は、銅イオンを用いないclick chemistryであるcopper-free click chemistryと研究代表者が開発した hybridization chain reaction-Fluorescence in situ hybridization (HCR-FISH) を組み合わせたシングルセル解析が可能な高感度FISH法の開発を行った結果、これまで報告されているHCR-FISH法よりも約3倍の蛍光強度を得ることに成功した。しかしながら、今年度は、標的微生物だけでなく非標的微生物からも蛍光が得られ、非特異的な蛍光の抑制を試みた。まず、非特異的な蛍光の要因を把握した結果、copper-free click chemistryに用いるBCNが他の分子と結合している可能性が高いことが明らかとなった。現在、BCNの結合を抑制するための実験条件を検討している段階である。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
今年度に入り非標的微生物から非特異的な蛍光が得られるようになり, その抑制方法の選定に時間を要しているため
|
| Strategy for Future Research Activity |
今後は, 速やかに非特異的な蛍光を抑制する方法を明らかにし, 環境微生物への適用を試みる.
|
