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Autonomous emergence of artificial cellular model by micro phase separation of macromolecular solution

Research Project

Project/Area Number 21K15057
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 43040:Biophysics-related
Research InstitutionThe University of Tokyo (2022-2023)
Doshisha University (2021)

Principal Investigator

作田 浩輝  東京大学, 大学院総合文化研究科, 特任助教 (30876206)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2025-03-31
Project Status Granted (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2023: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,820,000 (Direct Cost: ¥1,400,000、Indirect Cost: ¥420,000)
Keywords水-水相分離 / ミクロ液滴 / 細胞モデル / 人工細胞 / 自発運動 / 細胞骨格 / モータータンパク質 / 高分子混雑効果 / リポソーム
Outline of Research at the Start

生体の細胞はDNA、RNAやタンパク質などの生体高分子を高濃度に含有する水溶液である。生物は高分子が混雑した環境で、「部品」となる生体分子をどのようなメカニズムで適材適所に配置し、機能が構築されるのかといった課題に対する研究は初歩的な段階に留まっている。本研究では、高分子の水-水相分離によるミクロ液滴を用いて細胞モデル系の構築を目指す。生体から抽出した分子や細胞内小器官を用いた細胞構造の再構成や生命機能の構築が溶液の単純な混合により自律的に行われる実験系の確立をする。本研究の進展により、細胞の秩序構造の形成や機能の原理の解明に迫ることが期待できる。

Outline of Annual Research Achievements

生体の細胞の内部はDNA、RNAやタンパク質などの生体高分子を高濃度に含有する水溶液の環境である。生物は高分子が混雑した環境で、「部品」となる生体分子をどのようなメカニズムで適材適所に配置し、機能が構築されるのかといった課題に対する研究は初歩的な段階に留まっている。本研究では、高分子の水-水相分離によるミクロ液滴を用いて細胞モデル系の構築を通して、細胞における生体分子の秩序構造の形成や機能のメカニズムの解明に迫る。生体から抽出した分子や細胞内小器官を用いた細胞構造の再構成や生命機能の構築が溶液の単純な混合により自律的に行われるモデル実験系の確立を目指し研究を展開してきた。
本年度は、高分子の水-水相分離によるミクロ液滴系(相分離ミクロ液滴)に対して外部から濃度勾配を与えた場合に液滴が自発的に運動し、内部に取り込まれる分子により運動の速度を制御できることを明らかにした。これまでの研究で相分離ミクロ液滴系に対してDNAを共存させると数kbp以上の長鎖のDNAが液滴の内部に取り込まれることを見出していた。また、相分離ミクロ液滴の外部溶液に濃度勾配を与えると液滴は濃度勾配の前後方向に界面張力の勾配が生じるためMarangoni流により自発的に運動することが知られている。本年度の研究成果として、このような自発運動する液滴に対してDNAを取り込ませると、その局在有無により液滴の運動速度が異なることを明らかにした。このような速度の変化はDNAの液滴内部の有無に限らず共存塩によるCoil-Globule転移によっても引き起こされることを明らかにしている。本成果は、液滴内外の対流などの物理量の詳細な計測を行い、現在、国際論文誌に投稿中である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究では、高分子の水-水相分離によるミクロ液滴を用いて、生体から抽出した分子や細胞内小器官の再構成や生命機能の構築が自律的に行われる実験系の確立を目指している。
本年度は、前年度の生体細胞内で運動を形成するモータータンパク質を用いた研究と対流が誘起する自発運動現象として比較対象となるような、界面張力の勾配によって生じる自発運動について研究を進めた。成果として、このような自発運動現象が内部に局在するDNAなどの分子の有無やその分子状態に起因して変化することを明らかにした。高分子の相分離ミクロ液滴系が自発的に駆動する報告は現在においても少なく、相分離が生じるような高分子で混雑した細胞環境と運動性に関して重要な知見を与えると考える。また、界面張力勾配に起因するMarangoni流により運動する相分離ミクロ液滴の内部に局在する分子の状態で液滴の運動が変化することを明らかにしたが、他のモータータンパク質系などでも同様の現象が生じるのか、新たな課題として検討の余地がある。

Strategy for Future Research Activity

次年度以降も、高分子の水-水相分離によるミクロ液滴を用いて細胞モデル系の構築を通して、細胞における生体分子の秩序構造の形成や機能のメカニズムの解明に迫る予定である。本年度は、生体細胞の機能の一つとしてモータータンパク質による運動系を確立した。次年度は、運動機能のメカニズムの解明に迫るため、液滴の界面張力の変化にともなう運動系やモータータンパク質による運動系を発展させて、共存分子の高分子の相分離、混雑による流動・運動に対する影響を検討する予定である。さらに、運動系以外には、DNA/RNAからのタンパク質の発現などのような生体分子の働きについても再構成細胞モデルの確立を試みながら高分子の相分離現象との関連性を明らかにしていく。

Report

(3 results)
  • 2023 Research-status Report
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (23 results)

All 2024 2023 2022 2021 Other

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (17 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] 膜で覆われた高分子液滴に見られる細胞サイズの空間効果2024

    • Author(s)
      柳澤実穂, 作田浩輝
    • Journal Title

      化学工学

      Volume: 88 Pages: 158-161

    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Journal Article] Self-emergent vortex flow of microtubule and kinesin in cell-sized droplets under water/water phase separation2023

    • Author(s)
      Sakuta Hiroki、Nakatani Naoki、Torisawa Takayuki、Sumino Yutaka、Tsumoto Kanta、Oiwa Kazuhiro、Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      Communications Chemistry

      Volume: 6 Issue: 1 Pages: 1-9

    • DOI

      10.1038/s42004-023-00879-5

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Behavior of Biopolymers, Cytoskeleton, DNA, and Phospholipids, that Exert Self-organization, Shown in the Liquid-Liquid Phase Separation2023

    • Author(s)
      Kingo TAKIGUCHI, Hiroki SAKUTA, Masahito HAYASHI, Tatsuyuki WAIZUMI, Kanta TSUMOTO, Kenichi YOSHIKAWA
    • Journal Title

      Seibutsu Butsuri

      Volume: 63 Issue: 1 Pages: 5-11

    • DOI

      10.2142/biophys.63.5

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Polymerization/depolymerization of actin cooperates with the morphology and stability of cell-sized droplets generated in a polymer solution under a depletion effect2021

    • Author(s)
      Waizumi Tatsuyuki、Sakuta Hiroki、Hayashi Masahito、Tsumoto Kanta、Takiguchi Kingo、Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 155 Issue: 7 Pages: 075101-075101

    • DOI

      10.1063/5.0055460

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Emergence of uniform linearly-arranged micro-droplets entrapping DNA and living cells through water/water phase-separation2021

    • Author(s)
      Shono Mayu、Ito Ritsuki、Fujita Fumika、Sakuta Hiroki、Yoshikawa Kenichi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Issue: 1 Pages: 23570-23570

    • DOI

      10.1038/s41598-021-02990-w

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      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 動く相分離液滴:共存するDNAの構造転移に伴うパターンと移動速度の変化2024

    • Author(s)
      古木智大, 作田浩輝, 田渕辰悟, 嶋本大祐, 柳澤実穂
    • Organizer
      日本物理学会2024年春季大会
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  • [Presentation] 液液相分離液滴で再構成する細胞様構造2024

    • Author(s)
      作田浩輝
    • Organizer
      定量生物学の会 第十一回年会
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      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 相分離液滴に局在するDNAの鎖長に対する分配依存性2024

    • Author(s)
      赤嶺柚希, 作田浩輝, 市橋伯一, 柳澤実穂
    • Organizer
      定量生物学の会 第十一回年会
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  • [Presentation] 液ー液相分離で形成する細胞サイズ空間における生体分子の自己組織化2024

    • Author(s)
      作田浩輝
    • Organizer
      溶液化学研究会若手の会 第3回冬季発表会
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  • [Presentation] 水/水相分離ミクロ液滴に局在する微小管・キネシンの自発的対流生成2024

    • Author(s)
      作田浩輝、中谷真規、鳥澤嵩征、住野豊、湊元幹太、大岩和弘、吉川研一
    • Organizer
      第11回ソフトマター研究会
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  • [Presentation] 共存する DNA のコイル・グロビュール転移による自走液滴の運動制御2024

    • Author(s)
      古木智大, 作田浩輝, 田渕辰悟, 嶋本大祐, 柳澤実穂
    • Organizer
      第11回ソフトマター研究会
    • Related Report
      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 相分離ミクロ液滴への生体分子の局在とダイナミクス2023

    • Author(s)
      作田浩輝
    • Organizer
      第22回 関東ソフトマター研究会
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      2023 Research-status Report
  • [Presentation] Self-Emerging Vortex Flow of Microtubule/Kinesin in the Microdroplet of Water/Water Phase Separation2023

    • Author(s)
      Hiroki Sakuta, Naoki Nakatani, Takayuki Torisawa, Yutaka Sumino, Kanta Tsumoto, Kazuhiro Oiwa, Kenichi Yoshikawa
    • Organizer
      The 7th Internatinal Soft Matter Conference (ISMC2023)
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      2023 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Microtubule-kinesin complexes spontaneously generate vortex flow in the cell-sized droplets created by water/water phase separation2023

    • Author(s)
      Hiroki Sakuta, Naoki Nakatani, Takayuki Torisawa, Yutaka Sumino, Kanta Tsumoto, Kazuhiro Oiwa, Kenichi Yoshikawa
    • Organizer
      第 61 回日本生物物理学会年会
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      2023 Research-status Report
  • [Presentation] 液-液相分離によるαシヌクレインのアミロイド線維形成2023

    • Author(s)
      三間穣治, 山口圭一, 作田浩輝, 中島吉太郎, 吉川研一, 後藤祐児
    • Organizer
      第10回日本アミロイドーシス学会学術集会
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      2023 Research-status Report
  • [Presentation] Myosin or its fragments influences F-actin dynamics and deformation of droplets under2023

    • Author(s)
      Waizumi Tatsuyuki, Sakuta Hiroki, Kikumoto Mahito, Hayashi Masahito, Tsumoto Kanta, Takiguchi Kingo, Yoshikawa Kenichi
    • Organizer
      第 61 回日本生物物理学会年会
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      2023 Research-status Report
  • [Presentation] Self-emergence of cell-like structure in microdroplet generated through the liquid/liquid phase separation2023

    • Author(s)
      Hiroki Sakuta
    • Organizer
      11th ELSI Symposium
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      2022 Research-status Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 自己創生し規則配列する水/水相分離液滴:DNAや細胞の自発的取り込み2022

    • Author(s)
      庄野 真由、伊藤 立樹、藤田 ふみか、作田 浩輝、塩井 章久、吉川 研一
    • Organizer
      日本化学会第102回春季年会
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 高分子混雑溶液中での水/水ミクロ相分離による細胞様構造の自発的生成2021

    • Author(s)
      藤田 ふみか、作田 浩輝、湊元 幹太、剣持 貴弘、貞包 浩一朗、吉川 研一
    • Organizer
      第72回コロイドおよび界面化学討論会
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Self-organization of protocell ac-companied by micro phase segregation in a crowding solution2021

    • Author(s)
      Fumika Fujita、Hiroki Sakuta、Kanta Tsumoto、Koichiro Sadakane、Takahiro Kenmotsu、Kenichi Yoshikawa
    • Organizer
      20th IUPAB Congress, 45th Annual SBBf Meeting, and 50th Annual SBBq Meeting
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      2021 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Self-generation of cell-like structure through water/water micro phase-separation in a crowding macromolecular solution2021

    • Author(s)
      Fumika Fujita、Hiroki Sakuta、Kanta Tsumoto、Koichiro Sadakane、Takahiro Kenmotsu、Kenichi Yoshikawa
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021 (Pacifichem 2021)
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      2021 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Spontaneous Construction of Cellular Assembly through Aqueous/Aqueous Micro Phase-Separa- tion2021

    • Author(s)
      Hiroki Sakuta、Ritsuki Ito、Mayu Shono、Fumika Fujita、Kenichi Yoshikawa
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies 2021 (Pacifichem 2021)
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      2021 Research-status Report
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 同志社大学生命医科学部 生命物理科学研究室

    • URL

      https://dmpl.doshisha.ac.jp/

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      2021 Research-status Report

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Published: 2021-04-28   Modified: 2024-12-25  

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