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Functional and Structural Relationship of V-ATPase Revealed by Single-Molecule Observation

Research Project

Project/Area Number 21K15060
Research Category

Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Basic Section 43040:Biophysics-related
Research InstitutionInstitute for Molecular Science

Principal Investigator

Otomo Akihiro  分子科学研究所, 生命・錯体分子科学研究領域, 助教 (30886560)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2023: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2022: ¥780,000 (Direct Cost: ¥600,000、Indirect Cost: ¥180,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
KeywordsV-ATPase / 1分子観察 / ナトリウムイオンポンプ / ATP合成酵素 / 1分子計測 / 分子モーター / エネルギー変換 / ナトリウムポンプ
Outline of Research at the Start

代表的な分子モータータンパク質であるV-ATPaseは、ATPの加水分解エネルギーを回転運動へと変換し標的イオンを能動輸送する。V-ATPaseは生体分子による高効率エネルギー変換素子として注目されており、その作動原理解明は分子モータータンパク質研究において重要な課題である。しかしこれまでV-ATPase全複合体での機能と構造の相関を明らかにできた例はなく、特にイオン輸送と回転運動の関係はほとんどわかっていない。本研究計画では、高精度の1分子回転計測および光照射によるATP合成系を新たに構築し、機能と直結した構造ダイナミクスを明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

To elucidate the correlation between the function and structure of rotary ATPases, I undertook obsercations of single-molecule rotation, ATP synthesis measurement, and functional conversion for the sodium-ion transporting EhV-ATPase. I successfully visualized the rotational motion of the entire EhV-ATPase complex, revealing steps associated with ion transport. A new experimental system was constructed, and for the first time, it was demonstrated that EhV-ATPase can synthesize ATP driven by the electrochemical potential of sodium ions. A comprehensive sequence comparison among ATPases allowed us to convert the function of sodium-ion transporting EhV-ATPase to proton transport. These achievements contribute to our understanding of energy conversion within living organisms.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

回転型ATPaseは生体内エネルギー変換装置として生命科学のみならず、ナノテクノロジー分野においても重要なタンパク質である。これまで理解が不十分であった、イオン輸送部位の回転機構や機能の可逆性、イオン選択機構を明らかにした本成果は、新たな分子モーターの創生や細胞機能制御への展開が期待できる。定量的なナトリウムイオン輸送の検出やATP合成時の回転運動の可視化など今後の課題も明確になり、学術的にも意義が深い。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (19 results)

All 2024 2023 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 4 results)

  • [Int'l Joint Research] Indiana University(米国)

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Journal Article] Sub-Tip-Radius Near-Field Interactions in Nano-FTIR Vibrational Spectroscopy on Single Proteins2024

    • Author(s)
      Nishida Jun、Otomo Akihiro、Koitaya Takanori、Shiotari Akitoshi、Minato Taketoshi、Iino Ryota、Kumagai Takashi
    • Journal Title

      Nano Letters

      Volume: 24 Issue: 3 Pages: 836-843

    • DOI

      10.1021/acs.nanolett.3c03479

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Protein dynamics of a light-driven Na<sup>+</sup> pump rhodopsin probed using a tryptophan residue near the retinal chromophore2023

    • Author(s)
      Otomo Akihiro、Mizuno Misao、Inoue Keiichi、Kandori Hideki、Mizutani Yasuhisa
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 20 Issue: Supplemental Pages: n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v20.s016

    • ISSN
      2189-4779
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Direct observation of stepping rotation of V-ATPase reveals rigid component in coupling between Vo and V1 motors2022

    • Author(s)
      Otomo Akihiro、Iida Tatsuya、Okuni Yasuko、Ueno Hiroshi、Murata Takeshi、Iino Ryota
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 119 Issue: 42

    • DOI

      10.1073/pnas.2210204119

    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Sodium motive force-driven ATP synthesis of EhV-ATPase2023

    • Author(s)
      大友 章裕, Lucy Gao Hui Zhu, 山本 真由子, 大国 泰子, 飯野 亮太
    • Organizer
      第12回分子モーター討論会
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  • [Presentation] 腸球菌由来V-ATPaseはナトリウムイオン駆動力でATPを合成する2023

    • Author(s)
      大友 章裕, Lucy Gao Hui Zhu, 原島崇徳, 飯野 亮太
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      第61回日本生物物理学会年会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 1分子散乱イメージングによる回転分子モーター V-ATPaseの回転機構の解明2023

    • Author(s)
      大友章裕
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      第9回バイオダイナミクス研究会
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      2023 Annual Research Report
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  • [Presentation] 腸球菌由来V-ATPaseはナトリウムイオン駆動力でATPを合成する2023

    • Author(s)
      大友 章裕, Lucy Gao Hui Zhu, 山本 真由子, 大国 泰子, 原島崇徳, 飯野 亮太
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会 第49回討論会
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  • [Presentation] 腸球菌由来V-ATPaseはナトリウムイオン駆動力でATPを合成する2023

    • Author(s)
      大友 章裕, Lucy Gao Hui Zhu, 山本 真由子, 大国 泰子, 飯野 亮太
    • Organizer
      2023年度 生物物理学会中部支部討論会
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    • Author(s)
      Akihiro Otomo, Ryota Iino
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      第60回日本生物物理学会年会
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    • Invited
  • [Presentation] Single-molecule analysis and engineering of rotary V-ATPase2022

    • Author(s)
      Akihiro Otomo, Tatsuya Iida, Hiroshi Ueno, Takeshi Murata, Ryota Iino
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      第60回日本生物物理学会年会
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  • [Presentation] Single-molecule analysis and engineering of Na+-pumping V-ATPase2022

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      Akihiro Otomo, Ryota Iino
    • Organizer
      2022 East Asian Single-Molecule Biophysics Symposium
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 生体内エネルギー変換機構の解明に向けた回転モータータンパク質改変体の創生2022

    • Author(s)
      大友 章裕、原島 崇徳、飯野 亮太
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会 第48回討論会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 多重配列アライメントとスクリーニング法による新規モータータンパク質の創生2022

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      大友 章裕, Song Chihong、Raymo, N. Burton-Smith, 富井 健太郎, 村田 和義, 小嶋 誠司, 飯野 亮太
    • Organizer
      令和4年度 日本生物物理学会 中部支部講演会
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] V-ATPaseのイオン結合部位を改造した新規モータータンパク質作製の取り組み2022

    • Author(s)
      大友章裕、大国泰子、今弥生、飯野亮太
    • Organizer
      令和3年度日本生物物理学会中部支部会
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Construction of hybrid molecular motor by engineering kinesin-1 with synthetic linker2022

    • Author(s)
      Jakia Jannat Keya, Akasit Visootsat, Takeda Kimitoshi, Akihiro Otomo, Sanghun Han, Kazushi Kinbara, Ryota Iino
    • Organizer
      令和3年度日本生物物理学会中部支部会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Enterococcus hirae由来V-ATPaseは”硬い”カップリングで対称性の不一致を気にせず回転する2021

    • Author(s)
      大友章裕、飯田龍也、上野博史、村田武士、飯野亮太
    • Organizer
      第47回日本生体エネルギー研究会
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Direct Observation of Stepping Rotation of V-ATPase Reveals Rigid and Non-integer Coupling between Vo and V1 Motors2021

    • Author(s)
      大友章裕、飯田龍也、上野博史、村田武士、飯野亮太
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Engineering of hybrid kinesin-1 dimer with synthetic linker by tuning the neck linker length2021

    • Author(s)
      Jakia Jannat Keya, Akasit Visootsat, Akihiro Otomo, Sanghun Han, Kazushi Kinbara, Ryota Iino
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Invited

URL: 

Published: 2021-04-28   Modified: 2025-01-30  

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