Super-enhancer analysis of EBV-associated T/NK lymphoma
| Project/Area Number |
21K15448
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Basic Section 49060:Virology-related
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
Sato Yoshitaka 名古屋大学, 医学系研究科, 准教授 (40754940)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2023-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
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| Keywords | Epstein-Barrウイルス / ゲノム高次構造 / ウイルス遺伝子発現 / スーパーエンハンサー / ゲノム立体構造 / T/NK細胞リンパ腫 / ゲノム相互作用 / CAEBV / T/NK腫瘍 |
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| Outline of Research at the Start |
Epstein-Barrウイルス(EBV)は、B細胞を自然宿主とする普遍的なウイルスであるが、時にT細胞およびNK細胞にも感染し、節外性NK/T細胞リン パ腫・鼻型、急速進行性NK細胞白血病や慢性活動性EBV感染症などの血液腫瘍の原因となる。これらのEBV 関連T/NK細胞腫瘍は日本をはじめとした東アジアで報告が多く、予後不良で有効な治療法は未だ存在しない。
本研究では、細胞を特徴付ける転写プロファイルと密接な関係をもつスーパーエンハンサーを解析し、EBV関連T/NK細胞腫瘍に特異的なスーパーエンハンサーを同定する。そして、予後不良なEBV関連T/NK細胞腫瘍の新たな治療法の開発を目指す。
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| Outline of Final Research Achievements |
Epstein-Barr virus (EBV) persists in human cells as episomes. EBV episomes are chromatinized and their 3D conformation varies greatly in cells expressing different latency genes. we compared the EBV episome intragenomic interactions in different cancer cell lines expressing three different types of EBV latency genes using a new method, HiChIP. H3K27ac HiChIPs were done in 4 T/NK lymphoma cell lines and 2 primary effusion lymphoma cell lines, together with published data from cell line expressing type III latency genes. We found that in type II latency infected cells, the episome looping patterns were similar to cells expressing type III latency genes. Similar to previous reports using a different method to compare the EBV 3D genome looping using captured Hi-C, more restricted type I latency infected cells had much less loopings. These data suggested that looping is a way for EBV to regulate its oncogene expression in various EBV associated cancer cells.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
ヒト腫瘍ウイルス Epstein-Barrウイルス（EBV）が陽性であるT/NK細胞性腫瘍（EBV関連T/NK細胞腫瘍）は日本をはじめとした東アジアで報告が多く、予後不良で有効な治療法は未だ存在しない。本研究では、ウイルスゲノムが感染細胞内で高次構造をとり、ウイルスゲノム内でのゲノム間相互作用の構造の違いにより、ウイルス遺伝子発現が制御されていることが明らかとなった。ゲノム編集によりEBVゲノムに構造変化を加えると、EBV遺伝子発現も変化し、ゲノム高次構造が治療標的となる可能性が示唆された。
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Report
(3 results)
Research Products
(18 results)
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[Presentation] シングルセルシーケンスを用いたEBウイルス関連血球貪食性リンパ組織球症の病態解析2022
Author(s)
鈴木高子, 佐藤好隆, 鳥居ゆか, 福田悠人, 春田一憲, 山口慎, 奥野友介, 濱麻人, 木村宏, 伊藤嘉規, 川田潤一
Organizer
第54回日本小児感染症学会総会・学術集会
Related Report
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[Presentation] Genomic landscape in CAEBV cell lines2021
Author(s)
Yohei Narita, Weiyue Ding, Chong Wang, Merrin Man Long Leong, Hongbo Wang, Minxiang Teng, Hiroshi Kimura, Yoshitaka Sato, Bo Zhao
Organizer
The 19th International Symposium on EBV and associated diseases (EBV2021)
Related Report
Int'l Joint Research
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