| Project/Area Number |
21K15873
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
|
| Allocation Type | Multi-year Fund |
|---|
| Review Section |
Basic Section 52050:Embryonic medicine and pediatrics-related
|
|---|
| Research Institution | Keio University |
|---|
Principal Investigator |
山田 茉未子 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 講師 (60835601)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2025-03-31
|
| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2023)
|
| Budget Amount *help |
¥4,680,000 (Direct Cost: ¥3,600,000、Indirect Cost: ¥1,080,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,210,000 (Direct Cost: ¥1,700,000、Indirect Cost: ¥510,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
|
|---|
| Keywords | トランスクリプトーム解析 / スプライシング / 偽エクソン形成 / キメラ遺伝子 / RNAシーケンシング / スプライシング異常 |
|---|
| Outline of Research at the Start |
小児遺伝性疾患の解析の主流であるエクソーム解析法は、原理的にゲノム構造異常やスプライシング異常の検出が困難である。申請者は末梢血に発現する全転写産物であるトランスクリプトームに着目し、機械学習法の「外れ値解析法」を活用した網羅的な転写産物の質的・量的異常の検出により、これらを惹起しているゲノム異常を特定する。長鎖シーケンサーを用いた異常転写産物の全長配列や当該遺伝子の全領域のゲノム配列を決定することでスプライシング異常を惹起したゲノム変異を確定する。小児遺伝性疾患の分子遺伝学的診断の向上ともに「リン酸化酵素阻害剤によるスプライシング異常是正療法」の潜在的な治療対象患者の同定も目指す。
|
| Outline of Annual Research Achievements |
従来のエクソーム解析ではゲノム構造異常やスプライシング異常の検出は困難で、その克服が課題であった。本研究は末梢血に発現しているトランスクリプトームに着目し、網羅的な転写産物の質的・量的検出により、これらを惹起するゲノム異常を特定することを目的とした研究である。
本年度はWDR45遺伝子の深部イントロン変異により生じている異常スプラシング是正のためのアンチセンス核酸の同定と効果について論文として採択された。
本疾患は脳の鉄沈着を伴う神経変性疾患（Neurodegeneration with brain iron accumulation: NBIA)であり、二相性の臨床経過を呈する。適切な時期の治療介入を行うことで症状の進行を抑えることや、軽減させることができる可能性がある。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
異常スプライシングを起こす具体的な遺伝子変異の同定ができている。
また、偽エクソン形成に対する治療が期待されるアンチセンスオリゴヌクレオチドの同定ができていることなど、スプラシング異常を是正するメカニズムの解明への展望が開けてきているため。
|
| Strategy for Future Research Activity |
初年度の研究により、異常スプライシングを高率に検知可能なSpliceAIカットオフ値が0.7と定まり異常スプライシングを起こすバリアント検出の効率が上昇した。
2022年度はその成果を活かして、deep intron variantによる疾患原因遺伝子を同定した。2023年度は深部イントロンバリアントによる異常スプライシングを是正する、治療に有用な可能性のあるアンチセンス核酸の同定を行った。
2024年度はさらにRNA解析結果に対して得られたカットオフ値を用いて有意なバリアントを抽出し、全ゲノム解析データと突き合わせ、スプライシング異常を引き起こす新たなゲノム異常の同定を継続して行っていく。
|
