子宮頸癌FFPE組織を用いた16s rRNAマイクロバイオーム解析

• Project/Area Number: 21K16796
• Research Category: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Review Section: Basic Section 56040:Obstetrics and gynecology-related
• Research Institution: Wakayama Medical University
• Principal Investigator: 小林 彩 和歌山県立医科大学, 医学部, 博士研究員 (50596971)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2024-03-31
• Project Status: Granted (Fiscal Year 2022)
• Budget Amount: ¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000); Fiscal Year 2023: ¥1,430,000 (Direct Cost: ¥1,100,000、Indirect Cost: ¥330,000); Fiscal Year 2022: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000); Fiscal Year 2021: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
• Keywords: 子宮頸癌 / マイクロバイオーム / マイクロバイオーム

Outline of Research at the Start

子宮頸癌FFPE組織からの抽出DNAを用いた“マイクロバイオーム(細菌叢)解析”という新たな視点から研究計画を立てた。近年、細菌およびその代謝物が炎症を引き起こし、炎症性疾患や悪性腫瘍の原因となると報告されているが、子宮頸癌FFPE組織を用いて腫瘍内マイクロバイオーム解析を行なった研究はまだ存在しない。 本研究では16s rRNAを用いたマイクロバイオーム解析を行い、子宮頸癌組織内の細菌叢を構成する細菌種の同定および構成比率の違いを明らかにし、治療反応性も含めた臨床予後との相関をみる。

Outline of Annual Research Achievements

進行子宮頸癌の予後は不良であり、新規治療戦略が求められている。申請者らはこれまで、婦人科癌のホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織や血液から腫瘍DNAを抽出し、次世代シーケンサーを用いた網羅的遺伝子解析を継続して行ってきた。これまでの経験を踏まえ、さらなる腫瘍特性の解明として、子宮頸癌FFPE組織からの抽出DNAを用いた“マイクロバイオーム（細菌叢）解析”という新たな視点から研究計画を立てた。近年、細菌およびその代謝物が炎症を引き起こし、炎症性疾患や悪性腫瘍の原因となると報告されているが、子宮頸癌FFPE組織を用いて腫瘍内マイクロバイオーム解析を行なった研究はまだ存在しない。本研究では16s rRNAを用いたマイクロバイオーム解析を行い、子宮頸癌組織内の細菌叢を構成する細菌種の同定および構成比率の違いを明らかにし、治療反応性も含めた臨床予後との相関をみる。さらに、遺伝子変異解析や癌微小環境解析も並行して行い比較検討することにより、新たな癌化メカニズムの解明に寄与する可能性もあり、重要な知見となる。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

臨床検体の採取は進んでいるが、解析条件が確立しておらず、さらに検討が必要であるため。

Strategy for Future Research Activity

引き続き臨床検体を採取するとともに、解析条件の検討を行い、またバイオインフォマティクス解析についても検討する。