A comprehensive analysis of ChIP-seq-based Foxc1 target genes in mouse embryonic submandibular gland
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21K16953
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Basic Section 57020:Oral pathobiological science-related
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| Research Institution | Showa University |
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Principal Investigator |
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2023-03-31
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| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥4,550,000 (Direct Cost: ¥3,500,000、Indirect Cost: ¥1,050,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,080,000 (Direct Cost: ¥1,600,000、Indirect Cost: ¥480,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,470,000 (Direct Cost: ¥1,900,000、Indirect Cost: ¥570,000)
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| Keywords | Foxc1 / 唾液腺発生 / ChIP-seq |
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| Outline of Research at the Start |
唾液腺発生の最初期にFoxc1が重要な役割を果たす可能性が示唆されているが、Foxc1の具体的な作用メカニズムはわかっていない。本研究ではFoxc1を介した唾液腺発生メカニズムを解明することを目的とする。
本研究ではマウス唾液腺発生初期のサンプルを採取し、ChIP-Seqを用いてFoxc1のDNA結合部位をゲノムワイドに解析する。さらに、既に当研究室で取得済みである胎生期唾液腺のRNA-seqによる遺伝子発現プロファイルおよびSox9 ChIP-seqの結果と統合することで、Foxc1の制御遺伝子の同定、およびSox9との相互作用の解明を目指す。
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| Outline of Final Research Achievements |
To identify putative target genes regulated by Foxc1 in salivary gland development, we performed Foxc1 ChIP-seq in submandibular gland from E16 mice. We found 60906 Foxc1 peaks and 14950 putative target genes. Foxc1 peaks were associated with genes related to salivary gland morphology within Mouse Phenotype. Through the integration of ChIP-seq data, RNA-seq data, and previous reviews, multiple candidates of Foxc1 target genes were predicted. We will try to identify Foxc1 target gene related to the salivary gland development.
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| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
本研究課題を通じて、唾液腺の初期発生におけるFoxc1の標的遺伝子を推定することが出来た。唾液腺発生に重要な役割を果たす転写因子とされるFoxc1の標的遺伝子が明らかになることによって、唾液腺の初期発生シグナル経路の解明に繋がることが期待される。唾液腺発生メカニズムの解明により、ダイレクトリプログラミングや生体内遺伝子導入など唾液腺再生医療技術開発の基盤的知見を提供することができるものと思われる。また転写因子の相互作用により、胎生期口腔粘膜から唾液腺原基への運命決定が制御されていることを証明できれば、胎生期口腔粘膜を由来とする下垂体や歯の発生研究分野にも重要な知見となり得る。
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Report
(3 results)
Research Products
(5 results)
