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Development of molecular probes for detection and visualization of virions in the environment

Research Project

Project/Area Number 21K18207
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Pioneering)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 34:Inorganic/coordination chemistry, analytical chemistry, and related fields
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

Nishizawa Seiichi  東北大学, 理学研究科, 教授 (40281969)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 永富 良一  東北大学, 医工学研究科, 教授 (20208028)
Project Period (FY) 2021-07-09 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥25,610,000 (Direct Cost: ¥19,700,000、Indirect Cost: ¥5,910,000)
Fiscal Year 2023: ¥8,840,000 (Direct Cost: ¥6,800,000、Indirect Cost: ¥2,040,000)
Fiscal Year 2022: ¥8,840,000 (Direct Cost: ¥6,800,000、Indirect Cost: ¥2,040,000)
Fiscal Year 2021: ¥7,930,000 (Direct Cost: ¥6,100,000、Indirect Cost: ¥1,830,000)
Keywordsウイルス粒子 / エンベロープ / RNA / 蛍光プローブ / 検出 / 分子プローブ
Outline of Research at the Start

2019年末からの新型コロナウイルスの世界的大流行に伴い、私たちの日常は一変した。私たちが感じる脅威は、「ウイルスが目には見えないこと」である。本研究では、ウイルス粒子表面のエンベロープ構造及び内包されているゲノムRNAを標的とする蛍光性分子プローブをそれぞれ設計・合成し、両者の併用に基づく全く新しいウイルス粒子検出・可視化技術を開発する。2種類の蛍光性分子プローブを併用することで、環境中ウイルス粒子(エンベローブ構造&内包RNA)の存在をダブル検出できる簡易技術を開発、医療現場やウイルス研究で用いられる様々な材料に付着したウイルス検出へと適用することで方法論としての基礎と有用性を実証する。

Outline of Final Research Achievements

Following the global pandemic of coronavirus infection disease, emerged in 2019 (COVID-19), the importance of virus detection or visualization methods has been widely recognized. In this study, we have developed a highly-curved viral membrane-binding amphipathic helical peptide-based fluorogenic probe for the detection of enveloped virions. The detection limit for human coronavirus 229E virus (HCoV-229E) is actually one-order magnitude higher than that of Western blotting, and the peptide probe is also applicable to the detection of influenza A virus (IAV). Furthermore, the peptide probe enables rapid, simple and reliable infectivity analysis of a variety of enveloped virions. We have also developed RNA-selective fluorogenic dyes (ACS Omega 2022; Analyst 2023; Talanta Open 2024; Bunseki Kagaku 2024) that can target genomic RNA within enveloped virions.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究で開発した「両親媒性α-helixペプチドプローブ」は、市販膜染色色素とは一線を画すもので、「直径100 nm程度の高曲率性脂質膜」に対して明瞭な結合選択性を示すとともに、市販色素では達成し得ない高感度ウイルス粒子検出(染色)を実現した。また、ウイルス感染力(感染価)評価にも適用可能で、評価に数日を要する従来法と比較して、極めて迅速に感染力を評価できる(mix and read)。新規に開発したRNA染色蛍光色素と併せて、ウイルス感染メカニズム解明のためのシングルウイルストレース研究(蛍光イメージング)や、新規ウイルス感染診断技術の創製など、ウイルス研究における多彩な活用が期待できる。

Report

(5 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Comments on the Screening Results   Research-status Report
  • Research Products

    (32 results)

All 2024 2023 2022 2021

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (25 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 3 results) Patent(Industrial Property Rights) (3 results) (of which Overseas: 2 results)

  • [Journal Article] Fluorogenic Monomethine Cyanine Dyes for Nucleolar RNA Imaging in Living Cells2024

    • Author(s)
      西澤精一, 芳野幸奈, 何夢夢, 樋口啓, 富樫奈央, 鈴木理志, 五十嵐友梧, 佐藤雄介
    • Journal Title

      BUNSEKI KAGAKU

      Volume: 73 Issue: 3 Pages: 79-86

    • DOI

      10.2116/bunsekikagaku.73.79

    • ISSN
      0525-1931
    • Year and Date
      2024-03-05
    • Related Report
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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Fine-tuning of highly bright benzo[c,d]indole-oxazolopyridine cyanine dye for nucleolar RNA imaging in living cells2024

    • Author(s)
      Nao Togashi, Masaaki Nagaoka, Kei Higuchi, Yukina Yoshino, Yawen Wu, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa
    • Journal Title

      Talanta Open

      Volume: 9 Pages: 100308-100308

    • DOI

      10.1016/j.talo.2024.100308

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Classical thiazole orange and its regioisomer as fluorogenic probes for nucleolar RNA imaging in living cells2023

    • Author(s)
      Mengmeng He, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa
    • Journal Title

      Analyst

      Volume: 148 Issue: 3 Pages: 636-642

    • DOI

      10.1039/d2an01804g

    • Related Report
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    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Bright and light-up sensing of benzo[c,d]indole-oxazolopyridine cyanine dye for RNA and its application to highly sensitive imaging of nucleolar RNA in living cells2022

    • Author(s)
      Kei Higuchi, Yusuke Sato, Nao Togashi, Michiyuki Suzuki, Yukina Yoshino, Seiichi Nishizawa
    • Journal Title

      ACS Omega

      Volume: 7 Issue: 27 Pages: 23744-23748

    • DOI

      10.1021/acsomega.2c02408

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 蛍光応答性プローブを用いたmRNA内包脂質ナノ粒子製剤の品質管理技術開発2023

    • Author(s)
      山崎友裕、佐藤雄介、櫻井遊、秋田英万、西澤精一
    • Organizer
      第83回分析化学討論会
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      2023 Annual Research Report
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      長岡正朗、樋口啓、鈴木理志、佐藤雄介、西澤精一
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      第83回分析化学討論会
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      岡野琴羽、大平魁斗、畑中優作、佐藤雄介、西澤精一
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  • [Presentation] 高曲率性膜応答性蛍光プローブを用いたmRNA 内包脂質ナノ粒子製剤の品質解析2023

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      山崎友裕、佐藤雄介、櫻井遊、秋田英万、西澤 精一
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      長岡正朗、樋口啓、鈴木理志、佐藤雄介、西澤精一
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      令和5年度東日本分析化学若手交流会
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      畑中優作、佐藤雄介、長名シオン、永富良一、西澤精一
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  • [Presentation] 生細胞核小体イメージングを指向した置換基導入によるbenzo[c,d]indole 環含有モノメチンシアニン色素の機能改良2023

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      長岡正朗、樋口啓、鈴木理志、佐藤雄介、西澤精一
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      山崎友裕、佐藤雄介、櫻井遊、秋田英万、西澤 精一
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  • [Presentation] 長鎖アルキル鎖を導入したシアニン色素―両親媒性ペプチドプローブの合成と機能評価2023

    • Author(s)
      岡野琴羽、大平魁人、畑中優作、佐藤雄介、西澤精一
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      第11回 Chem-Bio Joint Seminar 2023
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Development of envelope-binding fluorescent probes for virus detection2023

    • Author(s)
      Yusaku Hatanaka, Yusuke Sato, Shion Osana, Ryoichi Nagatomi, Seiichi Nishizawa
    • Organizer
      RSC Tokyo international conference 2023
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    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] エンベロープ構造を標的としたウイルス粒子応答性蛍光プローブの設計と応用2023

    • Author(s)
      佐藤雄介、畑中優作、西澤精一
    • Organizer
      日本分析化学会 第72年会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] Benzo[c,d]indole - Oxazolo[5,4-c]pyridine シアニン色素による生細胞核小体イメージング : 置換基導入による機能改良2023

    • Author(s)
      長岡正朗、樋口啓、鈴木理志、佐藤雄介、西澤精一
    • Organizer
      日本分析化学会 第72年会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 長鎖アルキル鎖を導入したシアニン色素ー両親媒性ペプチドプローブの合成と機能評価2023

    • Author(s)
      岡野琴羽、大平魁人、畑中優作、西澤精一、佐藤雄介
    • Organizer
      日本分析化学会 第72年会
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  • [Presentation] 細胞外小胞解析のための分子プローブの創成2023

    • Author(s)
      西澤精一
    • Organizer
      第10回日本細胞外小胞学会学術集会
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    • Invited
  • [Presentation] 脂質二重膜構造を標的としたエンベロープウイルス応答性蛍光性プローブの合成と機能評価2023

    • Author(s)
      畑中優作、佐藤雄介、長名シオン、永富良一、西澤精一
    • Organizer
      第10回日本細胞外小胞学会学術集会
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      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 蛍光応答性プローブを用いたmRNA内包脂質ナノ粒子製剤の品質解析技術開発2023

    • Author(s)
      山崎友裕、佐藤雄介、櫻井遊、秋田英万、西澤精一
    • Organizer
      第10回日本細胞外小胞学会学術集会
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  • [Presentation] Synthesis and Evaluation of Thiazole Orange Derivatives for Nucleolar RNA Imaging in Living Cells2022

    • Author(s)
      He Mengmeng, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa
    • Organizer
      みちのく分析科学シンポジウム
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      2022 Research-status Report
  • [Presentation] ウイルスのエンベロープ構造を標的とした蛍光性プローブの合成と機能評価2022

    • Author(s)
      畑中優作、佐藤雄介、長名シオン、永富良一、西澤精一
    • Organizer
      第10回 Chem-Bio Joint Seminar 2022
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  • [Presentation] ウイルスのエンベロープ構造を標的とした蛍光性プローブの設計と機能評価2022

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      畑中優作、佐藤雄介、長名シオン、永富良一、西澤精一
    • Organizer
      第16回 バイオ関連化学シンポジウム
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  • [Presentation] エンベロープ構造を標的としたウイルス応答性蛍光プローブの合成と機能評価2022

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      畑中優作、佐藤雄介、長名シオン、永富良一、西澤精一
    • Organizer
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  • [Presentation] 生命現象を分子レベルで解明するためのケミカルプローブの創成と応用2022

    • Author(s)
      西澤精一
    • Organizer
      日本分析化学会北海道支部講演会
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    • Invited
  • [Presentation] 生細胞RNAイメージング・検出プローブの開発2021

    • Author(s)
      西澤精一
    • Organizer
      日本分析化学会第70年会
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    • Invited
  • [Presentation] カチオン性ペプチドを基盤としたRNA検出プローブの合成と機能評価2021

    • Author(s)
      鈴木理志、佐藤雄介、西澤精一
    • Organizer
      日本分析化学会第70年会
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      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Design of bright yellow fluorogenic probes based on benzo[c,d]indole-containing cyanine dyes for RNA imaging in living cells2021

    • Author(s)
      Kei Higuchi, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa
    • Organizer
      ISNAC2021 第48回国際核酸化学シンポジウム 日本核酸化学会第5回年会
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    • Int'l Joint Research
  • [Patent(Industrial Property Rights)] COMPOUND, FLUORESCENT DYE CONTAINING THE COMPOUND, USE OF THE COMPOUND, DETECTION METHOD USING THE COMPOUND, AND KIT USING THE COMPOUND2024

    • Inventor(s)
      西澤精一, 佐藤雄介, 長岡正朗
    • Industrial Property Rights Holder
      西澤精一, 佐藤雄介, 長岡正朗
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Filing Date
      2024
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] RNAが脂質膜に内包された製剤の品質管理技術の開発2021

    • Inventor(s)
      佐藤雄介、西澤精一、永富良一
    • Industrial Property Rights Holder
      佐藤雄介、西澤精一、永富良一
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Filing Date
      2021
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Overseas
  • [Patent(Industrial Property Rights)] RNA検出用蛍光色素及びその使用方法2021

    • Inventor(s)
      西澤精一, 佐藤雄介, 芳野幸奈, 富樫奈央, 樋口 啓
    • Industrial Property Rights Holder
      西澤精一, 佐藤雄介, 芳野幸奈, 富樫奈央, 樋口 啓
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Filing Date
      2021
    • Acquisition Date
      2022
    • Related Report
      2021 Research-status Report

URL: 

Published: 2021-07-13   Modified: 2025-01-30  

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