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Exploration and breeding application of rice genes for sustainable agriculture using the rhizosphere microbiome

Research Project

Project/Area Number 21K18221
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Pioneering)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 39:Agricultural and environmental biology and related fields
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

Nakazono Mikio  名古屋大学, 生命農学研究科, 教授 (70282697)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 村瀬 潤  名古屋大学, 生命農学研究科, 教授 (30285241)
藤原 徹  東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (80242163)
Project Period (FY) 2021-07-09 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥26,000,000 (Direct Cost: ¥20,000,000、Indirect Cost: ¥6,000,000)
Fiscal Year 2023: ¥7,800,000 (Direct Cost: ¥6,000,000、Indirect Cost: ¥1,800,000)
Fiscal Year 2022: ¥9,100,000 (Direct Cost: ¥7,000,000、Indirect Cost: ¥2,100,000)
Fiscal Year 2021: ¥9,100,000 (Direct Cost: ¥7,000,000、Indirect Cost: ¥2,100,000)
Keywordsイネ / 根圏マイクロバイオーム / イオノーム / ゲノムワイド関連解析
Outline of Research at the Start

低投入持続型農業を実現するには、少ない施肥でも収量を維持し安定した作物生産が可能となる品種の開発が有望視されており、そのためには少肥栽培時の作物の成長と収量の維持に寄与する遺伝子の単離とその育種利用が重要である。本研究では、イネを材料に用いて、無施肥条件下での成長・収量関連形質と根圏微生物との関係性を解明し、少肥栽培時の成長を支える根圏微生物との共生に関わるイネ遺伝子を同定することで、これらを遺伝子資源として育種利用することを目指す。

Outline of Final Research Achievements

To elucidate the relationship between growth- and yield-related traits and rhizosphere microorganisms under low-fertilizer conditions in rice, 120 Japanese rice cultivars were grown in fertilizer- and low-fertilizer plots and subjected to GWAS analysis focusing on aboveground and ear traits, leaf ionome and rhizosphere microbiome. As a result, a low-fertilizer plot-specific peak was detected on chromosome 1, and one candidate gene was selected for the association between the rice genome and rhizosphere microbiome. The rhizosphere microorganisms were classified into five clusters based on the ionome information of 120 cultivars, and the rhizosphere microorganism presence ratios during the vegetative growth phase in each cluster were compared, which differed significantly between the fertilizer and low-fertilizer treatments. In addition, the microorganism species with high abundance ratios characteristic of each cluster were different.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究によって、イネゲノムと根圏微生物叢との関連性に関わる候補遺伝子を選抜した。今後、この遺伝子が少肥栽培時の成長を支える根圏微生物との共生に関わることを明らかにし、遺伝子資源として育種利用することで、将来的に低投入持続型農業に適用可能なイネ品種開発の新たな道筋を開拓できると考えられる。その結果、育種によって作物と根圏微生物叢の共生関係を強化することを実証でき、今後の低投入持続型農業の実現への貢献が期待されることから、学術的意義に加えて、環境負荷を低減しコストを削減するなどの社会的・産業的意義も大きい。

Report

(5 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Comments on the Screening Results   Research-status Report
  • Research Products

    (3 results)

All 2023 2022

All Presentation (3 results)

  • [Presentation] 低投入型農業に貢献するイネの重要遺伝子の探索2023

    • Author(s)
      伊藤ひなた、長谷川昴平、天野真宏、西内俊策、村瀬潤、高橋宏和、中園幹生
    • Organizer
      第30回日本育種学会中部地区談話会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] 低施肥圃場で栽培したイネの葉におけるイオノー ム解析2023

    • Author(s)
      森 拓也, 長谷川 昂平, 天野 真宏, 伊藤 ひなた, 吉田 英樹, 斉木 真紀, 西内 俊策, 村瀬 潤, 神谷 岳洋, 藤原 徹, 松岡 信, 髙橋 宏和, 中 園 幹生
    • Organizer
      日本育種学会 第143回講演会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 施肥応答における日本の栽培イネ120品種間の多様性2022

    • Author(s)
      長谷川昂平、森拓也、天野真宏、西内俊策、吉田英樹、村瀬潤、松岡信、中園幹生、髙橋宏和
    • Organizer
      一般社団法人日本育種学会第141回講演会
    • Related Report
      2021 Research-status Report

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Published: 2021-07-13   Modified: 2025-01-30  

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