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Understanding morphogenesis of crop tissue using 3D growth modeling

Research Project

Project/Area Number 21K19101
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 39:Agricultural and environmental biology and related fields
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

Koide Yohei  北海道大学, 農学研究院, 准教授 (70712008)

Project Period (FY) 2021-07-09 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥6,370,000 (Direct Cost: ¥4,900,000、Indirect Cost: ¥1,470,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,300,000 (Direct Cost: ¥1,000,000、Indirect Cost: ¥300,000)
Fiscal Year 2021: ¥4,030,000 (Direct Cost: ¥3,100,000、Indirect Cost: ¥930,000)
Keywordsイネ / モデル / 器官形成 / 成長モデル / クローン解析 / 数理モデル
Outline of Research at the Start

作物の器官の形を自在に操ることは、遺伝育種学や作物学において、未だ達成されていない未解決の問題である。本研究では、イネの頴花発生過程に着目し、モデリング、イメージング、遺伝学的解析を適切に組み合わせることにより、物理ベースの器官形成モデルを構築し、未知の遺伝子型における頴花形状を予測する手法の開発を行う。これにより、作物の立体的な器官形状がどのように形成されるかを明らかにするとともに、作物の器官形状を予測・操作するための基盤技術を確立する。

Outline of Final Research Achievements

Plant tissue shape is controlled by genes and environment. Therefore, it is difficult to fully understand the principles of its development only using genetic based approaches. In this study, I aimed to construct a tissue growth model for rice grain using computational simulations. The outgrowth of rice grain of Kitaake variety was measured. As a result, the presence of different growth stages (stages I to III) was observed. Using growth parameters specific to these stages, simulation models were constructed.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究では、イネの穎花の成長ひいてはコメの形をシミュレートできる3次元モデルを構築した。コメは世界の主要な食料の一つであり、その形は食味や収量性だけでなく、食文化などとも関連する重要な形質である。そのため、コメの形状を予測・操作できる技術はイネの品種改良や、食糧生産の安定化にとって重要であると考えられる。得られたモデルを利用することにより、品種ごとのコメの形の違いをモデルパラメーターの違いとして表すことができる。これにより、コメの形の違いをより詳細に操作するための品種改良技術が創出されることが期待される。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (8 results)

All 2023 2022

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (7 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Different contributions of PROG1 and TAC1 to the angular kinematics of the main culm and tillers of wild rice (Oryza rufipogon)2023

    • Author(s)
      Tokuyama Yoshiki、Omachi Miku、Kushida Shiori、Hikichi Kiwamu、Okada Shuhei、Onishi Kazumitsu、Ishii Takashige、Kishima Yuji、Koide Yohei
    • Journal Title

      Planta

      Volume: 259 Issue: 1 Pages: 19-19

    • DOI

      10.1007/s00425-023-04300-2

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 三次元タイムラプス撮影によるイネ葉原基の 1 細 胞成長解析2023

    • Author(s)
      徳山 芳樹, Robert Kelly-Bellow, Richard S. Smith, 小出 陽平
    • Organizer
      日本育種学会 第144回講演会
    • Related Report
      2023 Annual Research Report
  • [Presentation] イネ捻れ葉変異体における捻れ形成原理の解明と原因変異の遺伝解析2023

    • Author(s)
      曵地究 岡田脩平 徳山芳樹 高牟禮逸郎 貴島祐治 小出陽平
    • Organizer
      日本育種学会第143回講演会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] イネの捻れ葉変異 twisted leaf blade の解析2022

    • Author(s)
      小出陽平
    • Organizer
      国立遺伝学研究所研究集会 イネ発生研究のルネサンス
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] マイクロCTを用いたイネ捻れ葉変異体の表現型解析2022

    • Author(s)
      岡田脩平 曵地究 徳山芳樹 小出陽平 貴島祐治 高牟禮逸郎
    • Organizer
      日本育種学会・日本作物学会 北海道談話会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] フォトグラメトリを利用した野生イネ草姿の三次元解析2022

    • Author(s)
      徳山芳樹 串田栞理 曵地究 貴島祐治 小出陽平
    • Organizer
      日本育種学会第142回講演会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 野生イネ分げつの頂端-基部軸まわりの回転運動に関する時系列三次元解析2022

    • Author(s)
      串田栞理 徳山芳樹 貴島祐治 小出 陽平
    • Organizer
      日本育種学会第142回講演会
    • Related Report
      2022 Research-status Report
  • [Presentation] 野生イネをモデルとした単子葉植物の草姿形成に関する研究2022

    • Author(s)
      小出 陽平
    • Organizer
      2021年度国立遺伝学研究所 NIG-Joint イネ属近縁野生種研究会 生態・遺伝・進化
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Invited

URL: 

Published: 2021-07-13   Modified: 2025-01-30  

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