Identification of Cryptic exon by long RNA sequencing
| Project/Area Number |
21K19213
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
|
| Allocation Type | Multi-year Fund |
|---|
| Review Section |
Medium-sized Section 43:Biology at molecular to cellular levels, and related fields
|
|---|
| Research Institution | Gifu University |
|---|
Principal Investigator |
|
|---|
| Project Period (FY) |
2021-07-09 – 2023-03-31
|
| Project Status |
Completed (Fiscal Year 2022)
|
| Budget Amount *help |
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2022: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
|
|---|
| Keywords | cryptic exon / ゲノム編集 / long read / Cryptic exon / 長鎖RNAシーケンス / マウス / トランスクリプト |
|---|
| Outline of Research at the Start |
隠れエキソン（Cryptic exon）は、特定の細胞・時期・病態の転写産物のバリアントを構成するエキソンである。これまでの研究で申請者は、長鎖RNAシーケンス解析を用いて、ほ乳類の性決定遺伝子SryのCryptic exonを同定し、それが真の性決定遺伝子を構成していることを明らかにした。長鎖RNAシーケンスは、転写産物のバリアントを区別できるため、Cryptic exonを同定するための強力なツールとなる。本申請研究では、申請者がSryのCryptic exonを発見した方法を他遺伝子・他細胞に拡張し、未知のCryptic exonの探索に挑む。
|
| Outline of Final Research Achievements |
A hidden exon (Cryptic exon) is an exon that constitutes a transcript variant in a specific cell, stage, or condition. Through previous studies, the applicant has explored the possibility that unknown Cryptic exons may be harbored in other genes based on data from the transcriptome of gonadal somatic cells during the sex-determination phase. In other words, long RNA sequencing and Cap Analysis of Gene Expression (CAGE) sequencing reveal transcriptomic diversity, which can be used to identify transcripts in which Cryptic exons may be latent. In this year's search for Cryptic exons in the gonads, we found a previously unknown Cryptic exon in Gata4, which is known to play an important role in the transcriptional regulation of Sry. The Cryptic exon was genome-edited by cutting the region between the exons, and mice deficient in the Cryptic exon were generated. We are now proceeding with the lineage development of these mice through crossbreeding.
|
| Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements |
これまでに、レトロトランスポゾンの挿入で生じた新たなエキソン化によるCryptic exonが、新規遺伝子の形成や筋ジストロフィーの原因のような生物の発生や疾患に重要な役割を果たすことが知られている。本申請研究は、既存の解析では見つけられなかった現象を長鎖RNAシーケンス解析とCAGEシーケンスにより網羅的に探索することに挑戦する提案であり、新技術により新たな生命現象を発見できる可能性を含有している。今後、様々な生命現象に関与するCryptic exonを同定することことで、Cryptic exonが関与する病気の原因解明など、医学・生物学分野に大きなインパクトを与えると予想できる。
|
Report
(2 results)
Research Products
(1 results)
