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Elucidation of mechanisms controlling the timing of gene expression by single-cell genomics and live imaging

Research Project

Project/Area Number 21K19249
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 44:Biology at cellular to organismal levels, and related fields
Research InstitutionOsaka University (2022)
University of Tsukuba (2021)

Principal Investigator

Horie Takeo  大阪大学, 大学院生命機能研究科, 教授 (10455925)

Project Period (FY) 2021-07-09 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2022: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Keywordsホヤ / 遺伝子発現 / 転写 / エンハンサー / 遺伝子発現調節 / ライブイメージング / ゲノミクス
Outline of Research at the Start

エンハンサーによる遺伝子発現制御については、組織特異的な制御に比べ、発現のタイミング制御については不明な点が多い。申請者はドーパミンニューロンで発現する遺伝子群のうち、『ドーパミン関連遺伝子』と『神経ペプチド関連遺伝子』の発現は、どちらも同じ2つの転写因子によって制御されているが、発現のタイミングが異なることを突き止めた。さらに、両者のエンハンサーでは、転写因子の結合配列間の距離に違いがあり、この違いが、遺伝子発現のタイミングを制御している可能性を見出した。本研究では、遺伝子発現のタイミングを制御する仕組みについて、エンハンサーにおける転写因子の結合配列間の距離の違いから解明することを目指す。

Outline of Final Research Achievements

Activation of gene expression by enhancers is essential in regulating gene expression. Although the tissue-specific regulation of gene expression by enhancers has been well analyzed, the mechanism that controls the timing of gene expression still needs to be determined. In this study, using the ascidian embryo as a model system, we aimed to elucidate the mechanisms that control the timing of gene expression using genomics and live imaging of transcription.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

遺伝子発現の制御は、個体発生だけでなく、癌などの疾患とも関係しており、正確な遺伝発現制御機構を解明することは生物学的にも医学的にも重要な研究課題である。本研究では、コンパクトなゲノムを持つホヤを用いて遺伝子発現の時間的なタイミング制御機構に関する研究を行い、転写因子間の結合距離の違いが遺伝子発現のタイミングを制御することを明らかにすることに成功した。今後はヒトをはじめとした脊椎動物においても同じメカニズムが存在するかどうか検証する実験を行っていきたい。

Report

(3 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (24 results)

All 2023 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 7 results) Presentation (14 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 5 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] プリンストン大学(米国)

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  • [Journal Article] Improved Genome Editing in the Ascidian Ciona with CRISPR/Cas9 and TALEN2023

    • Author(s)
      Sasakura Yasunori、Horie Takeo
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 2637 Pages: 375-388

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-3016-7_28

    • ISBN
      9781071630150, 9781071630167
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    • Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] The TRP channel PKD2 is involved in sensing the mechanical stimulus of adhesion for initiating metamorphosis in the chordate Ciona2022

    • Author(s)
      Sakamoto Aya、Hozumi Akiko、Shiraishi Akira、Satake Honoo、Horie Takeo、Sasakura Yasunori
    • Journal Title

      Development, Growth & Differentiation

      Volume: 64 Issue: 7 Pages: 395-408

    • DOI

      10.1111/dgd.12801

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] 非コード領域による転写制御―遺伝子発現のタイミングをつくり出す新たなメカニズム2022

    • Author(s)
      堀江良子、一寸木明日香、堀江健生
    • Journal Title

      実験医学

      Volume: 113 Pages: 1931-1936

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  • [Journal Article] d-Serine controls epidermal vesicle release via NMDA receptor, allowing tissue migration during the metamorphosis of the chordate <i>Ciona</i>2022

    • Author(s)
      Krasovec Gabriel、Hozumi Akiko、Yoshida Tomoyuki、Obita Takayuki、Hamada Mayuko、Shiraishi Akira、Satake Honoo、Horie Takeo、Mori Hisashi、Sasakura Yasunori
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 8 Issue: 10 Pages: 1-22

    • DOI

      10.1126/sciadv.abn3264

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Neuronal identities derived by misexpression of the POU IV sensory determinant in a protovertebrate2022

    • Author(s)
      Prakriti Paul Chacha, Ryoko Horie, Takehiro G. Kusakabe, Yasunori Sasakura, Mona Singh, Takeo Horie, and Michael Levine
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 119 Issue: 4

    • DOI

      10.1073/pnas.2118817119

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    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A single motor neuron determines the rhythm of early motor behavior in Ciona2021

    • Author(s)
      Taichi Akahoshi, Madoka K. Utsumi, Kouhei Oonuma, Makoto Murakami, Takeo Horie, Takehiro G. Kusakabe, Kotaro Oka, Kohji Hotta
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 7 Issue: 50 Pages: 1-12

    • DOI

      10.1126/sciadv.abl6053

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  • [Journal Article] Evolution of Developmental Programs for the Midline Structures in Chordates: Insights From Gene Regulation in the Floor Plate and Hypochord Homologues of Ciona Embryos2021

    • Author(s)
      Kouhei Oonuma, Maho Yamamoto, Naho Moritsugu, Nanako Okawa, Megumi Mukai, Miku Sotani, Shuto Tsunemi, Haruka Sugimoto, Eri Nakagome, Yuichi Hasegawa, Kotaro Shimai, Takeo Horie, Takehiro G. Kusakabe
    • Journal Title

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      Volume: 9 Pages: 1-12

    • DOI

      10.3389/fcell.2021.704367

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  • [Journal Article] Vasopressin Promoter Transgenic and Vasopressin Gene-Edited Ascidian, Ciona intestinalis Type A (Ciona robusta): Innervation, Gene Expression Profiles, and Phenotypes2021

    • Author(s)
      Kawada Tsuyoshi、Shiraishi Akira、Matsubara Shin、Hozumi Akiko、Horie Takeo、Sasakura Yasunori、Satake Honoo
    • Journal Title

      Frontiers in Endocrinology

      Volume: 12 Pages: 668564-668564

    • DOI

      10.3389/fendo.2021.668564

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    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] ホヤにおける遺伝子発現調節メカニズムに関する研究2023

    • Author(s)
      堀江健生
    • Organizer
      第6回幹細胞・細胞分化に関する合同リトリート
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  • [Presentation] ホヤ胚における転写のライブイメージングの構築2023

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      第6回幹細胞・細胞分化に関する合同リトリート
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    • Author(s)
      Takeo Horie
    • Organizer
      Adaptive Circuit Census International Symposium 2023
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    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ホヤ幼生の重力を感知する神経回路の解析2022

    • Author(s)
      一寸木明日香、堀江良子、笹倉靖徳、堀江健生
    • Organizer
      日本動物学会 近畿支部 研究発表会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 単一細胞トランスクリプトーム解析によるホヤ幼生の尾部に存在する双極型感覚神経細胞の分化機構の解析2022

    • Author(s)
      堀江良子、笹倉靖徳、堀江健生
    • Organizer
      日本動物学会 近畿支部 研究発表会
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      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Gravitaxis neural circuit in the ascidian larva2022

    • Author(s)
      Asuka Chokki, Ryoko Horie, Yasunori Sasakura, and Takeo Horie
    • Organizer
      11th International Tunicate Meeting
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      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Regulatory cocktail for dopaminergic neurons in ascidian identified by single cell transcriptomics2022

    • Author(s)
      Takeo Horie
    • Organizer
      11th International Tunicate Meeting
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      2022 Annual Research Report
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] シングルセルトランスクリプトーム解析を応用した 神経細胞の分化を制御する転写因子カクテルの同定2022

    • Author(s)
      堀江健生
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      シングルセルゲノミクス研究会2022
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    • Invited
  • [Presentation] シングルセル解析を応用したホヤ胚における 神経細胞の分化を制御する転写因子カクテルの同定2022

    • Author(s)
      堀江健生
    • Organizer
      日本遺伝学会第94回大会
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  • [Presentation] シングルセルトランスクリプトーム解析から切り込む視床下部相同器官の分化機構2021

    • Author(s)
      堀江健生
    • Organizer
      第41回日本比較内分泌学会大会及びシンポジウム
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      2021 Research-status Report
    • Invited
  • [Presentation] ホヤ幼生の重力を感知する神経回路の構造と機能2021

    • Author(s)
      一寸木明日香、堀江良子、笹倉靖徳、堀江健生
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会
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  • [Presentation] 単一細胞トランスクリプトーム解析によるホヤ幼生の尾部に存在する双極型感覚神経細胞の分化機構の解析2021

    • Author(s)
      堀江良子、日下部岳広、笹倉靖徳、堀江健生
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会
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  • [Presentation] カタユウレイボヤにおけるNK6遺伝子の転写調節領域の解析2021

    • Author(s)
      長谷川達也,堀江良子,笹倉靖徳,堀江健生
    • Organizer
      日本動物学会第92回大会
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  • [Presentation] 単一細胞トランスクリプトーム解析によるホヤ幼生尾部の双極型感覚神経細胞の分化機構の解析2021

    • Author(s)
      堀江良子、日下部岳広、笹倉靖徳、堀江健生
    • Organizer
      日本動物学会第92回大会
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      2021 Research-status Report
  • [Remarks] 堀江研究室ホームページ

    • URL

      https://cionaneuron.wixsite.com/labhomepage

    • Related Report
      2021 Research-status Report

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Published: 2021-07-13   Modified: 2024-01-30  

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