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Tetrachromatic vision-specific miRNA: its role in evolution and regulation of color vision in vertebrates

Research Project

Project/Area Number 21K19280
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 44:Biology at cellular to organismal levels, and related fields
Research InstitutionKonan University

Principal Investigator

Kusakabe Takehiro  甲南大学, 理工学部, 教授 (40280862)

Project Period (FY) 2021-07-09 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2022: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Keywords色覚 / 錐体視細胞 / miRNA / メダカ / 進化 / 4色型色覚 / マイクロRNA / 色覚進化
Outline of Research at the Start

鳥類や魚類の網膜には色センサー(錐体視細胞)が4種類あり、4色型の色覚をもつ。研究代表者らは、色センサーで特異的に発現するマイクロRNAを魚類で発見した。このマイクロRNAは、魚類だけでなく、両生類、爬虫類、鳥類でも保存されているが、哺乳類とヘビ類には存在しない。哺乳類とヘビ類の祖先は夜行性で、一般に色覚が失われている。本研究では、メダカを主に用いて、このマイクロRNAに欠損や変異を導入した個体の網膜の細胞構成、生理、行動等の解析により、4色型色覚特異的マイクロRNAの色覚とその進化における役割を明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

We performed a comprehensive survey of vertebrate genomes for a microRNA (miR-726) specifically expressed in cone photoreceptor cells of the retina of birds and fish with tetrachromatic color vision. We found that mutations in the miR-726 sequence occurred independently in several lineages of fish, birds, and reptiles and that they could be associated with ecological characteristics. Various miR-726 mutants of medaka fish, including loss of function mutations, were generated by the CRISPR/Cas9 genome editing method, and comparative analysis between the mutants and wild-type strains was performed. Alterations in the expression of various genes involved in vision were detected in the mutants.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

色覚の進化過程においては、単にオプシン遺伝子の数や配列が変化するだけでなく、シグナル伝達系や遺伝子発現、細胞形質、細胞間ネットワーク、行動等、さまざまな変化が生じていると考えられる。miRNAは特定の生命現象に関連する多くの遺伝子の発現を同時に制御するため、本研究で見出された標的遺伝子が、他のアプローチではみつけることが困難な色覚関連遺伝子の発見につながることが期待される。また、本研究の成果に基づく解析を更に進めることで、4色型色覚をもつ陸上脊椎動物の共通祖先から哺乳類への進化の過程で失われた機能と、人類があらたに獲得した色覚の特性の理解につながることが期待される。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (17 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (3 results) (of which Open Access: 2 results,  Peer Reviewed: 1 results) Presentation (14 results) (of which Invited: 2 results)

  • [Journal Article] Comparative single-cell transcriptomic analysis reveals key differentiation drivers and potential origin of vertebrate retina2023

    • Author(s)
      Zeng Xin、Gyoja Fuki、Cui Yang、Loza Matin、Kusakabe Takehiro G、Nakai Kenta
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: 2023.12.03.569795

    • DOI

      10.1101/2023.12.03.569795

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Open Access
  • [Journal Article] 多様な動物を通してみた生きるしくみと進化 ~ホヤとメダカで探る脳と眼の進化~2023

    • Author(s)
      日下部 岳広
    • Journal Title

      血液事業

      Volume: 45 Pages: 789-791

    • Related Report
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  • [Journal Article] Retinal Cone Mosaic in <i>sws1</i>-Mutant Medaka (<i>Oryzias latipes</i>), A Teleost2022

    • Author(s)
      Matsuo Megumi、Matsuyama Makoto、Kobayashi Tomoe、Kanda Shinji、Ansai Satoshi、Kawakami Taichi、Hosokawa Erika、Daido Yutaka、Kusakabe Takehiro G.、Naruse Kiyoshi、Fukamachi Shoji
    • Journal Title

      Investigative Opthalmology &amp; Visual Science

      Volume: 63 Issue: 11 Pages: 21-21

    • DOI

      10.1167/iovs.63.11.21

    • Related Report
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    • Peer Reviewed / Open Access
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    • Author(s)
      小林恵理佳,日下尚美,射場大貴,福田ゆい,大道裕,岩崎了教,池川雅哉,日下部岳広
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      日本動物学会第94回大会
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      第56回日本発生生物学会大会
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      日下尚美, 大西雅也, 川上泰治, 行者蕗, 大道裕, 横森類, 鈴木穣, 中井謙太, 日下部岳広
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      Neuro2022 第45回日本神経科学大会/第65回日本神経化学会大会/第32回日本神経回路学会大会
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  • [Presentation] 多様な動物を通してみた生きるしくみと進化 ~ホヤとメダカで探る脳と眼の進化~2022

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      日下部岳広
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      日下部岳広
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    • Author(s)
      福沢悠介, 日下尚美, 小林恵理佳, 大西雅也, 川上泰治, 横森類, 鈴木穣, 中井謙太, 行者蕗, 大道裕, 日下部岳広
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
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  • [Presentation] UV錐体視細胞特異的miRNA(miR-729)欠損メダカの網膜トランスクリプトームと視細胞モザイクパターンの解析2021

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      川上泰治, 小出美月, 横森類, 行者蕗, 鈴木穣, 中井謙太, 大道裕, 日下部岳広
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
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Published: 2021-07-13   Modified: 2025-01-30  

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