長鎖シークエンス法の転写産物解析による非コード領域の発癌への寄与の解明
| Project/Area Number |
21K19400
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| Research Category |
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
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| Allocation Type | Multi-year Fund |
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| Review Section |
Medium-sized Section 50:Oncology and related fields
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
藤本 明洋 東京大学, 大学院医学系研究科(医学部), 教授 (30525853)
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| Project Period (FY) |
2021-07-09 – 2024-03-31
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| Project Status |
Granted (Fiscal Year 2022)
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| Budget Amount *help |
¥5,850,000 (Direct Cost: ¥4,500,000、Indirect Cost: ¥1,350,000)
Fiscal Year 2023: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
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| Keywords | ロングリード / ドメイン構造 / 長鎖シークエンス / 非コード領域 |
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| Outline of Research at the Start |
申請者のチームでは、発癌のメカニズム解明を目的として長鎖シークエンス技術を用いた転写産物解析を行っている（申請者が代表の基盤(B)とAMEDの研究で実施）。現在までに、Oxford Nanoporeシークエンサーを用いた転写産物（cDNA）シークエンス法を確立し、解析ソフトウエアを開発した（Kiyose et al. （投稿中））。この解析において、コード領域の転写産物に加えて、非コード領域の転写産物も同定された。本研究では、複数の腫瘍を対象とし、長鎖シークエンス法を用いた癌と非癌部の転写産物の全長解析から、非コード領域に存在する新規タンパク質コード遺伝子候補を同定し機能を解明することを目的とする。
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、複数の腫瘍を対象とし、長鎖シークエンス法を用いた癌と非癌部の転写産物の全長解析から、非コード領域に存在する新規タンパク質コード遺伝子候補を同定し機能を解明することを目的とする。申請者のチームでは、ロングリードシークエンサーを用いて複数の腫瘍の転写産物全長解析をおこなっている。これにより、癌部で発現量が上昇している転写産物を複数同定した。さらに詳細な解析を目的とし、転写産物のアミノ酸配列を正確に予測するために、エラーの多いロングリードデータをアセンブルして、精度の高い配列を再構築する手法を開発している。また、アミノ酸配列からタンパク質のドメイン構造を予測するプログラムを自動化とin houseのプログラムを組み合わせて、発現差がある転写産物に存在するドメインを抽出するプログラムを開発した。これらの解析から、重要な転写産物を同定し機能解析を行う予定である。
また、機能解析実験も行なっておりがん組織で過剰発現している転写産物を細胞株で発現させ、細胞増殖を促進する転写産物を見出している。これらについて、さらに詳細な解析を行うとともに、新しい候補についても実験を行う予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
実験とプログラムの開発は、当初の計画通り順調に進んでいる。
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| Strategy for Future Research Activity |
がん部で過剰発現している転写産物を細胞株で強制発現させ、機能的意義の解明を行う。
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Report
(2 results)
Research Products
(6 results)
