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Comprehensive epigenomic analysis of endometriosis using small cell epigenomics technology.

Research Project

Project/Area Number 21K19584
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 56:Surgery related to the biological and sensory functions and related fields
Research InstitutionGunma University (2022-2023)
National Center for Child Health and Development (2021)

Principal Investigator

Hata Kenichiro  群馬大学, 大学院医学系研究科, 教授 (60360335)

Project Period (FY) 2021-07-09 – 2024-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2023)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2022: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Fiscal Year 2021: ¥3,250,000 (Direct Cost: ¥2,500,000、Indirect Cost: ¥750,000)
Keywordsエピジェネティクス / 子宮内膜症 / 網羅的エピゲノム解析 / ChiLT法 / ChILT法
Outline of Research at the Start

少数細胞で網羅的エピゲノミクスを可能とする新たな手技,ChILT法(Chromatin Integration Labeling Technology)を用い,培養などの実験操作による遺伝子発現/エピゲノム変化を最小限にとどめ,病変部の実像を正確に反映した子宮内膜症の分子病態を解明する。子宮内膜症に限らず、従来の疾患オミックス解析の手法を大きく転換させる可能性を有している。

Outline of Final Research Achievements

Human endometrial specimens were collected, and 100s to thousands of endometrial glandular epithelium and stromal cells were purified and recovered from the lesions, and epigenomic (H3K27ac, H3K27me3, DNA methylation) and transcriptomic analyses were performed by ChILT method on a pilot basis. As a result, we found gene expression changes characteristic of the disease group and correlated epigenomic alterations. These gene expression changes and their epigenomic alterations were expected to serve as new markers of disease pathogenesis or therapeutic targets.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

子宮内膜は、性周期にしたがって増殖と分化を繰り返し、妊娠成立に必須であると共に、癌や子宮内膜症などの増殖性疾患の母地にもなり、その病態解明は同疾患の治療にとどまらず広く医学・再生医学に重要な知見をもたらすと期待される。一方で,子宮内膜に限らず、少数細胞を初代培養や株化により増幅して解析すると、遺伝子発現が変化し、それに伴ってエピゲノムも元病変の状態から変化するため,可能な限り生体試料をそのまま解析することが望ましい。そこで、本研究の少数細胞エピゲノミクス技術により,培養を行わずに病変部の状態に近い細胞を解析した。これらの成果は、今後、様々な子宮内膜関連疾患の解析に有用な基盤的知見である。

Report

(4 results)
  • 2023 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2022 Research-status Report
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (5 results)

All 2023 2021

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 2 results,  Open Access: 1 results) Presentation (1 results)

  • [Journal Article] Gene expression signatures associated with chronic endometritis revealed by RNA sequencing2023

    • Author(s)
      Oshina K, Kuroda K, Nakabayashi K, Tomikawa J, Kitade M, Sugiyama R, Hata K, Itakura A.
    • Journal Title

      Frontiers in Medicine

      Volume: 10 Pages: 1185284-1185284

    • DOI

      10.3389/fmed.2023.1185284

    • Related Report
      2023 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS).2023

    • Author(s)
      Nakabayashi K, Yamamura M, Haseagawa K, Hata K
    • Journal Title

      Methods Mol Biol.

      Volume: 2577 Pages: 39-51

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-2724-2_3

    • ISBN
      9781071627235, 9781071627242
    • Related Report
      2022 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 【エピゲノムで新たな解明が進む「先天性疾患」】(第4章)周産期疾患・DOHaD 環境によるエピゲノムの変化と次世代への影響2021

    • Author(s)
      秦 健一郎
    • Journal Title

      遺伝子医学MOOK

      Volume: 36 Pages: 177-181

    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Journal Article] 日本人の疾患と健康のためのバイオバンクとデータベース活用法 試料と情報の的確な探し方と使い方.(第5章)各疾患領域での実例 成育疾患研究におけるNCCHDバイオバンクの活用例2021

    • Author(s)
      秦 健一郎
    • Journal Title

      実験医学増刊

      Volume: 39 Pages: 1148-1151

    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] 不妊・不育症リスク因子としての慢性子宮内膜炎のトランスクリプトーム解析.2021

    • Author(s)
      大科恭子,中林一彦,黒田恵司,北出真理,板倉敦夫,秦健一郎
    • Organizer
      日本人類遺伝学会第66回大会・第28回日本遺伝子診療学会大会
    • Related Report
      2021 Research-status Report

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Published: 2021-07-13   Modified: 2025-01-30  

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