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Domain adaptation using curriculum learning.for biomedical image analysis

Research Project

Project/Area Number 21K19829
Research Category

Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section Medium-sized Section 62:Applied informatics and related fields
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

Bise Ryoma  九州大学, システム情報科学研究院, 准教授 (00644270)

Project Period (FY) 2021-07-09 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥6,500,000 (Direct Cost: ¥5,000,000、Indirect Cost: ¥1,500,000)
Fiscal Year 2022: ¥3,900,000 (Direct Cost: ¥3,000,000、Indirect Cost: ¥900,000)
Fiscal Year 2021: ¥2,600,000 (Direct Cost: ¥2,000,000、Indirect Cost: ¥600,000)
Keywords機械学習 / ドメイン適応 / 深層学習 / 弱教師学習 / 半教師学習 / バイオ医療画像解 / カリキュラム学習 / 画像情報学 / ドメインアダプテーション
Outline of Research at the Start

本研究課題では,バイオ医療画像解析分野において,ある特定のデータセットに対して教師データを作成さえすれば,実環境における異なるドメインにおいて新たに教師データの作成をすることなく,対象物体の認識が可能な手法の研究開発を行うことを目的とする.本研究課題は,実問題を想定し,実利用先のデータが多様な環境という問題設定に取り組むものであり,多様な状況を活用して,教師データに類似しているデータから段階を踏んで難しい(特徴が異なる)データを学習するカリキュラム学習を行うことで解決する.

Outline of Final Research Achievements

In this research project, we developed methods to address the domain shift problem in bio-medical image analysis. For example, we proposed a curriculum-based approach for learning cell shapes in cell detection tasks, gradually expanding the domain. This method aimed to overcome the challenge of models trained on a specific dataset (source domain) not performing well on datasets captured under different conditions (target domain). As a result, many paper were accepted in a top journal and conferences, e.g., MedIA (IF: 13.828), MICCAI (h5-index: 78), ISBI2023 (h5-index: 55), and WACV2022 (h5-index: 76).

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

バイオ医療画像解析分野において,ある特定のデータセットに対して教師データを作成さえすれば,実環境における異なるドメインにおいて新たに教師データの作成をすることなく,対象物体の認識が可能となることは究極の課題の一つである.さらに言えば,既に存在する教師ありの公開データを元に,多様な実環境のデータでの学習が教師なしで可能となれば,実利用のハードルが格段に下がり,多くの医学及び生物学の研究で活用されることが期待される.本研究課題は,この課題に取り組むものであり,大いに意義がある.

Report

(3 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (10 results)

All 2023 2022 2021

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 1 results) Presentation (5 results)

  • [Journal Article] Cluster-Guided Semi-Supervised Domain Adaptation for Imbalanced Medical Image Classification2023

    • Author(s)
      Shota Harada, Ryoma Bise, Kengo Araki, Akihiko Yoshizawa, Kazuhiro Terada, Mariyo Kurata, Naoki Nakajima, Hiroyuki Abe, Tetsuo Ushiku, Seiichi Uchida
    • Journal Title

      IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI) 2023

      Volume: NA

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cluster Entropy: Active Domain Adaptation in Pathological Image Segmentation2023

    • Author(s)
      Xiaoqing Liu, Kengo Araki, Shota Harada, Akihiko Yoshizawa, Kazuhiro Terada, Mariyo Kurata, Naoki Nakajima, Hiroyuki Abe, Tetsuo Ushiku, Ryoma Bise
    • Journal Title

      IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI) 2023

      Volume: NA

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multi-Frame Attention with Feature-Level Warping for Drone Crowd Tracking2023

    • Author(s)
      Asanomi Takanori、Nishimura Kazuya、Bise Ryoma
    • Journal Title

      2023 IEEE/CVF Winter Conference on Applications of Computer Vision (WACV)

      Volume: - Pages: 1664-1673

    • DOI

      10.1109/wacv56688.2023.00171

    • Related Report
      2022 Annual Research Report
    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Effective Pseudo-Labeling based on Heatmap for Unsupervised Domain Adaptation in Cell Detection2022

    • Author(s)
      H. Cho, K. Nishimura, K. Watanabe, and R. Bise
    • Journal Title

      Medical Image Analysis

      Volume: 79 Pages: 102436-102449

    • DOI

      10.1016/j.media.2022.102436

    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cell Detection in Domain Shift Problem Using Pseudo-Cell-Position Heatmap2021

    • Author(s)
      Cho Hyeonwoo、Nishimura Kazuya、Watanabe Kazuhide、Bise Ryoma
    • Journal Title

      International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention (MICCAI2021)

      Volume: 1 Pages: 384-394

    • DOI

      10.1007/978-3-030-87237-3_37

    • ISBN
      9783030872366, 9783030872373
    • Related Report
      2021 Research-status Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 特徴量ワーピングを導入した時間情報集約によるマルチオブジェクトトラッキング2022

    • Author(s)
      浅海標徳, 西村和也, 備瀬竜馬
    • Organizer
      電子情報通信学会技術研究報告, PRMU2022-12
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Self-Attentionによる大局的時間情報を考慮した複数物体トラッキング2022

    • Author(s)
      浅海 標徳, 林田 純也, 西村 和也, 備瀬 竜馬
    • Organizer
      画像の認識・理解シンポジウム(MIRU2022, アクリエひめじ,姫路市)
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] Semi-Supervised Domain Adaptation for Class-Imbalanced Dataset2022

    • Author(s)
      Shota Harada, Ryoma Bise, Kengo Araki, Akihiko Yoshizawa, Kazuhiro Terada, Mariyo Kurata-Rokutan, Naoki Nakajima, Hiroyuki Abe, Tetsuo Ushiku, Seiichi Uchida
    • Organizer
      画像の認識・理解シンポジウム(MIRU2022, アクリエひめじ,姫路市)
    • Related Report
      2022 Annual Research Report
  • [Presentation] 子宮頸癌病理画像のセグメンテーション2021

    • Author(s)
      荒木健吾(九大)・倉田麻理代・寺田和弘・吉澤明彦(京大)・備瀬竜馬(九大)
    • Organizer
      電子情報通信学会技術研究報告, PRMU2021, 2021年12月17日
    • Related Report
      2021 Research-status Report
  • [Presentation] Domain Extension in Cell Detection by Pseudo-Cell-Position Heatmap2021

    • Author(s)
      Hyeonwoo Cho, Kazuya Nishimura (Kyushu Univ.), Kazuhide Watanabe (RIKKEN IMS), Ryoma Bise (Kyushu Univ.)
    • Organizer
      画像の認識・理解シンポジウム(MIRU2021, オンライン開催)
    • Related Report
      2021 Research-status Report

URL: 

Published: 2021-07-13   Modified: 2024-01-30  

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