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Is a Hydrogenase-Like Enzyme Complex Lacking a Catalytic Center the Missing Link in the Respiratory Complexes?

Research Project

Project/Area Number 21K20578
Research Category

Grant-in-Aid for Research Activity Start-up

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section 0601:Agricultural chemistry and related fields
Research InstitutionRitsumeikan University

Principal Investigator

Inoue Masao  立命館大学, 立命館グローバル・イノベーション研究機構, 助教 (90906976)

Project Period (FY) 2021-08-30 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywords呼吸鎖複合体 / ヒドロゲナーゼ / 分子進化 / 微生物ゲノム
Outline of Research at the Start

始原的呼吸酵素複合体である呼吸型 [NiFe] ヒドロゲナーゼとミトコンドリアの呼吸鎖複合体 I は共通祖先から進化したと考えられている。しかし、始原的 [NiFe] ヒドロゲナーゼの登場以降、どのような進化プロセスを経て呼吸鎖複合体 I に至ったのかは謎である。本研究では、始原生物からヒトに至るまで呼吸の根幹を担う [NiFe] ヒドロゲナーゼ/呼吸鎖複合体 I 酵素群のタンパク質進化における「ミッシングリンク」を解明することを目指し、NiFe 活性中心を失った呼吸型ヒドロゲナーゼ様酵素複合体 Ehr の呼吸機能を明らかにする。

Outline of Final Research Achievements

This project is aimed to elucidate the missing link in the molecular evolution of the [NiFe] hydrogenase/respiratory complex I enzymes, which play a fundamental role in cellular respiration from primitive organisms to humans, and to clarify the respiratory function of the hydrogenase-like enzyme complex Ehr, which has lost its NiFe active site. Bioinformatics analysis of all prokaryotic genomes revealed that Ehr is the third subfamily of respiratory complex I-type enzymes, widely conserved in environmental microorganisms and involved in electron transfer and proton transport. Moreover, we succeeded in constructing a platform to elucidate physiological functions by optimizing the culture conditions of a bacterial strain carrying this enzyme gene cluster and producing gene-knockout strain.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

始原生物が有していた [NiFe] ヒドロゲナーゼが、いかにしてその活性に必須である金属活性中心を失い、NAD を補酵素とする呼吸鎖複合体 I に進化したのかは生物進化における大きな謎の 1 つであった。本研究では、呼吸鎖複合体 I とは異なる進化を遂げた第 3 の呼吸鎖複合体 I 型酵素サブファミリーの存在を世界に先駆けて明らかにすることに成功した。得られた生物情報資源は新たな研究シーズとなることが予想され、応用微生物学や進化生物学の発展に大きく貢献する。

Report

(3 results)
  • 2022 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2021 Research-status Report
  • Research Products

    (50 results)

All 2023 2022 2021 Other

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 3 results) Presentation (43 results) (of which Int'l Joint Research: 8 results,  Invited: 1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] 必須微量元素セレンの微生物による多彩な代謝2023

    • Author(s)
      青野陸、井上真男、三原久明
    • Journal Title

      Farumashia

      Volume: 59 Issue: 3 Pages: 185-189

    • DOI

      10.14894/faruawpsj.59.3_185

    • ISSN
      0014-8601, 2189-7026
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    • Journal Title

      Structure

      Volume: 30 Issue: 7 Pages: 973-982.e4

    • DOI

      10.1016/j.str.2022.03.014

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      Volume: 26 Issue: 1 Pages: 9-9

    • DOI

      10.1007/s00792-022-01259-y

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    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 22 Issue: 20 Pages: 10965-10965

    • DOI

      10.3390/ijms222010965

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      Microbiology Resource Announcements

      Volume: 10 Issue: 33

    • DOI

      10.1128/mra.00631-21

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Published: 2021-10-22   Modified: 2024-01-30  

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