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Integrated analysis involving spatial transcriptomics and single-cell transcriptomics to elucidate the mechanism of hepatitis C-derived hepatocellular carcinogenesis.

Research Project

Project/Area Number 21K20810
Research Category

Grant-in-Aid for Research Activity Start-up

Allocation TypeMulti-year Fund
Review Section 0901:Oncology and related fields
Research InstitutionWakayama Medical University

Principal Investigator

Imafuku Tadashi  和歌山県立医科大学, 先端医学研究所, 助教 (10908809)

Project Period (FY) 2021-08-30 – 2023-03-31
Project Status Completed (Fiscal Year 2022)
Budget Amount *help
¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
Fiscal Year 2022: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Fiscal Year 2021: ¥1,560,000 (Direct Cost: ¥1,200,000、Indirect Cost: ¥360,000)
Keywords空間トランスクリプトミクス / 腫瘍微小環境 / C型肝炎由来肝癌 / 細胞間相互作用 / 1細胞遺伝子解析 / 空間的トランスクリプトーム / C型肝炎 / 肝がん
Outline of Research at the Start

C型肝炎ウイルス排除後の肝発がんリスクは未だに高い。その原因解明を困難にしているのは、肝炎及び肝がん組織内の細胞不均一性による複雑さである。当研究室では包括的1細胞遺伝子解析を用いて、ヒトC型肝炎由来肝がん組織(HCV-HCC)の微小環境中で遺伝子Xを特徴とした悪性度の高い肝細胞がん集団を同定した。一方、従来の包括的1細胞遺伝子解析のみでは空間的位置情報に欠け、細胞間の相互作用を解析することが難しい。本研究では、包括的1細胞遺伝子解析により得られた遺伝子Xを含む悪性度の高い細胞集団に対して、空間的1細胞遺伝子解析を用いて時系列的に位置情報を解析し、C型肝炎からの発がん機構を解明する。

Outline of Final Research Achievements

Hepatocellular carcinogenesis after hepatitis C virus elimination is still common. Cellular heterogeneity in tumor tissues makes it difficult to elucidate the mechanism of cancer pathology. Single-cell transcriptomics is a powerful tool for analyzing cellular heterogeneity, but it lacks spatial information such as the localization of cells. Recent reports have shown that spatial transcriptomics can conduct transcriptomics on intact tissue to preserve spatial information. In this study, we aimed to elucidate the mechanism of cancer pathology by spatial transcriptomics and single-cell transcriptomics. This integrated analysis revealed that the genes to exacerbate cancer were highly expressed in hepatocarcinoma cells adjacent to cells in stroma area. In addition, we also identified the hepatocyte highly expressing the genes to exacerbate cancer and its marker genes. Hence, we found one aspect of the mechanism of hepatitis C-derived carcinogenesis and cancer progression.

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

本研究では、C型肝炎ウイルス排除後に発がんした肝臓癌組織のがん領域と正常領域の境界部に対して空間トランスクリプトーム解析を試行し、がん細胞と間質領域の細胞が隣接する領域に着目して解析することで、病態進展に関連する候補遺伝子及び前癌肝実質細胞とそのマーカー遺伝子を見出した。従って、この相互作用を阻害することで、C型肝炎からの発癌や進展を抑制できる可能性があり、新規治療法の開発に繋がると考える。

Report

(1 results)
  • 2022 Final Research Report ( PDF )

URL: 

Published: 2021-10-22   Modified: 2024-01-30  

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