Structural study on substrate recognition mechanism of the S2P-type I-CLiP

• Project/Area Number: 22370039
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Section: 一般
• Research Field: Structural biochemistry
• Research Institution: Yokohama City University (2011-2012); Osaka University (2010)
• Principal Investigator: NOGI Terukazu 横浜市立大学, 大学院・生命ナノシステム科学研究科, 准教授 (40379102)
• Project Period (FY): 2010 – 2012
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2012)
• Budget Amount: ¥18,980,000 (Direct Cost: ¥14,600,000、Indirect Cost: ¥4,380,000); Fiscal Year 2012: ¥5,590,000 (Direct Cost: ¥4,300,000、Indirect Cost: ¥1,290,000); Fiscal Year 2011: ¥5,200,000 (Direct Cost: ¥4,000,000、Indirect Cost: ¥1,200,000); Fiscal Year 2010: ¥8,190,000 (Direct Cost: ¥6,300,000、Indirect Cost: ¥1,890,000)
• Keywords: 立体構造解析 / 膜タンパク質 / プロテアーゼ / 結晶化 / シグナル伝達 / 膜内配列切断 / X線結晶構造解析 / ストレス応答 / 構造生物学 / 膜蛋白質

Research Abstract

In this project, we carried out structural and biochemical studies on bacterial intramembrane proteases so as to elucidate the molecular mechanism of substrate recognition in the regulated intramembrane proteolysis (RIP). We successfully determined the crystal structure of the periplasmic domain of the intramembrane protease. In addition, we found that the domain is involved in the substrate discrimination in the course of RIP.

Research Products

• [Journal Article] Higher-order architecture of cell adhesion mediated by polymorphic synaptic adhesion molecules neurexin and neuroligin (2012)
  • Author(s): Tanaka, H., Miyazaki, N., Matoba, K., Nogi, T., Iwasaki, K., and Takagi, J
  • Journal Title: Cell Reports Volume: 2(1) Issue: 1 Pages: 101-110
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2012.06.009
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Crystal structure of α5β1 integrin ectodomain : Atomic details of the fibronectin receptor (2012)
  • Author(s): Nagae, M., et al.
  • Journal Title: The Journal of Cell Biology Volume: 197 Issue: 1 Pages: 131-140
  • DOI: 10.1083/jcb.201111077
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structural Basis for Variant-Specific Neuroligin-Binding by α-Neurexin (2011)
  • Author(s): Tanaka, H., et al.
  • Journal Title: PLoS One Volume: 6 Issue: 4 Pages: e19411-e19411
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0019411
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Crystallization and preliminary crystallographic anal-ysis of human LR11 Vps10p domain (2011)
  • Author(s): Nakata Z, Nagae M, Yasui N, Bujo H, Nogi T, Takagi J
  • Journal Title: Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun Volume: 67 Issue: 1 Pages: 129-132
  • DOI: 10.1107/s1744309110048153
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structural basis for semaphorin signalling through the plexin receptor (2010)
  • Author(s): Nogi T, Yasui N, Mihara E, Matsunaga Y, Noda M, Yamashita N, Toyofuku T, Uchiyama S, Goshima Y, Kumanogoh A, Takagi J.
  • Journal Title: Nature Volume: 467(7319) Issue: 7319 Pages: 1123-7
  • DOI: 10.1038/nature09473
  • Peer Reviewed
• [Presentation] 大腸菌RIPプロテアーゼRsePのタンデムPDZドメインによる新たな機能制御メカニズム (2012)
  • Author(s): 檜作洋平、禾晃和、田畑早苗、川上-田村恵子、小田隆、佐藤衛、高木淳一、秋山芳展
  • Organizer: 第85回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場(福岡市)
  • Year and Date: 2012-12-16
• [Presentation] 膜内配列切断(RIP)におけるPDZドメインを介した"基質認識" (2012)
  • Author(s): 禾晃和
  • Organizer: 大阪大学蛋白質研究所セミナー・包括脳ネットワーク研究会、第3回神経科学と構造生物学の融合研究会(招待講演)
  • Place of Presentation: 大阪大学蛋白質研究所(吹田市)
  • Year and Date: 2012-10-04
• [Presentation] 大腸菌表層ストレス応答に関与する膜内切断プロテアーゼRsePのPDZドメインによる新たな機能制御メカニズム (2012)
  • Author(s): 檜作洋平、禾晃和、田畑早苗、川上-田村恵子、小田隆、佐藤衛、高木淳一、秋山芳展
  • Organizer: 第6回細菌学若手コロッセウム
  • Place of Presentation: 大学セミナーハウス(八王子市)
  • Year and Date: 2012-08-10
• [Presentation] 膜内切断プロテアーゼRsePの基質取り込み制御におけるPDZタンデムの役割 (2012)
  • Author(s): 禾晃和、檜作洋平、田畑早苗、川上-田村恵子、小田隆、佐藤衛、高木淳一、秋山芳展
  • Organizer: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場(名古屋市)
  • Year and Date: 2012-06-21
• [Presentation] 膜内切断プロテアーゼRsePの基質取り込み制御におけるPDZタンデムの役割 (2012)
  • Author(s): 禾晃和、檜作洋平、田畑早苗、川上-田村恵子、小田隆、佐藤衛、高木淳一、秋山芳展
  • Organizer: 第12回日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋国際会議場（名古屋市）
• [Presentation] 膜内配列切断（RIP）におけるPDZドメインを介した“基質認識” (2012)
  • Author(s): 禾晃和
  • Organizer: 大阪大学蛋白質研究所セミナー・包括脳ネットワーク研究会 第３回神経科学と構造生物学の融合研究会
  • Place of Presentation: 大阪大学蛋白質研究所（吹田市）
  • Invited
• [Presentation] 大腸菌RIPプロテアーゼRsePのタンデムPDZドメインによる新たな機能制御メカニズム (2012)
  • Author(s): 檜作洋平、禾晃和、田畑早苗、川上-田村恵子、小田隆、佐藤衛、高木淳一、秋山芳展
  • Organizer: 第85回日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 福岡国際会議場（福岡市）
• [Presentation] 、Structural analysis of PDZ modules of bacterial site-2 protease (2010)
  • Author(s): 禾晃和、高 木 淳 一
  • Organizer: 26th European Crystallographic Meeting
  • Place of Presentation: 、Darmstadtium Conference Center (ドイツ、ダルムシュタット市)
  • Year and Date: 2010-09-01
• [Presentation] Structural analysis of PDZ modules of bacterial site-2 protease (2010)
  • Author(s): 禾晃和、高木淳一
  • Organizer: 26th European Crystallographic Meeting
  • Place of Presentation: Darmstadtium Conference Center(Germany)
  • Year and Date: 2010-09-01
• [Remarks] Terukazu NOGI / Yokohama City University
  • URL: http://www-mls.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/xtal-mls/members/nogi/index.html
• [Remarks] Terukazu NOGI / Yokohama City University
  • URL: http://www-mls.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/xtal-mls/members/nogi/index.html
• [Remarks]
  • URL: http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/xtal/index.html
• [Remarks]
  • URL: http://www.protein.osaka-u.ac.jp/rcsfp/synthesis/researchl.html