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Proteomic analysis of bacterial translation by iso-electric point unlimited RFHR 2D PAGE

Research Project

Project/Area Number 22510210
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Genome biology
Research Institution株式会社吉田生物研究所 (2012)
Yoshida Biological Laboratry, Bio-informatics section (2010-2011)

Principal Investigator

WADA Akira  株式会社吉田生物研究所, バイオ情報研究部門, 部門長 (80025387)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) UETA Masami  株式会社吉田生物研究所, バイオ情報研究部, 研究員 (30512511)
Project Period (FY) 2010 – 2012
Project Status Completed (Fiscal Year 2012)
Budget Amount *help
¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000)
Fiscal Year 2012: ¥1,170,000 (Direct Cost: ¥900,000、Indirect Cost: ¥270,000)
Fiscal Year 2011: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000)
Fiscal Year 2010: ¥2,340,000 (Direct Cost: ¥1,800,000、Indirect Cost: ¥540,000)
Keywords翻訳 / RFHR法 / プロテオミクス / リボソーム / 100Sリボソーム / 源核生物 / 原核生物
Research Abstract

Quantitative and separating ability of RFHR 2D PAGE was improved, and it was applied to proteomics of bacterial translation. In 15 bacterial strains proteins forming 100S ribosome(70S dimer) were determined. It is RMF homolog in proteobacteria γgroup, and long HPF homolog in other bacteria. Therefore two distinct 100S ribosomes exist in bacteria.

Report

(4 results)
  • 2012 Annual Research Report   Final Research Report ( PDF )
  • 2011 Annual Research Report
  • 2010 Annual Research Report
  • Research Products

    (63 results)

All 2013 2012 2011 2010 Other

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (52 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Conservation of two distinct types of 100S ribosome in bacteria2013

    • Author(s)
      Masami Ueta, Chieko Wada, Takashi Daifuku, Yoshihiko Sako, Yoshitaka Bessho, Aya Kitamura, Ryosuke L. Ohniwa, Kazuya Morikawa, Hideji Yoshida, Takayuki Kato, Tomoko Miyata, Keiichi Namba and Akira Wada
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 18(in press)

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      Hideji Yoshida, Yasushi Maki, Shou Furuike , Akiko Sakai, Masami Ueta, Akira Wada.
    • Journal Title

      J Bacteriol.

      Volume: 194 Issue: 16 Pages: 4173-4183

    • DOI

      10.1128/jb.00396-12

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    • Author(s)
      A. OGATA, Akira WADA, Masami UETA, H. FUSHITANI, S. TANAKA, K. KIMURA, A. SAKAI, H. YOSHIDA, A. MIYAMOTO, Y. FUJITA and N. TANIGAWA
    • Journal Title

      BULLETIN OF THE OSAKA MEDICAL COLLEGE

      Volume: 57 Pages: 31-38

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      Kousei Kimura , Akira Wada Masami Ueta , Ogata A, Tanaka S, Sakai A, Yoshida H, Fushitani H, Miyamoto A, Fukushima M, Uchiumi T, Tanigawa N.
    • Journal Title

      Int J Oncol.

      Volume: 37 Pages: 1271-1278

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      Takayuki Kato, Hideji Yoshida, Tomoko Miyata, Yasushi Maki, Akira Wada, Keiichi Namba
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      Volume: 9 Issue: 6 Pages: 18719-18724

    • DOI

      10.1016/j.str.2010.02.017

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      Takayuki Kato
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    • Place of Presentation
      一ツ橋記念講堂
    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Presentation] グラム陽性細菌におけるHPF(hibernation promoting factor)ホモログによる100Sリボソーム形成2010

    • Author(s)
      上田雅美、和田千恵子、吉田秀司、和田明
    • Organizer
      第12回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      一ツ橋記念講堂
    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Presentation] Formation of 100S ribosomes by HPF homolog in gram positive bacteria2010

    • Author(s)
      Masami Ueta
    • Organizer
      Ribosome 2010
    • Place of Presentation
      Orvieto Italy
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] Structure of the 100S ribosome demonstrated by electron microscopy2010

    • Author(s)
      Hideji Yoshida
    • Organizer
      Ribosome 2010
    • Place of Presentation
      Orvieto Italy
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] Cryo-EMにより明らかにされた100Sリボソームの特徴2010

    • Author(s)
      吉田秀司
    • Organizer
      第12回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      東京・国立情報学研究所
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] グラム陽性細菌におけるHPFホモログによる100Sリボソーム形成2010

    • Author(s)
      上田雅美
    • Organizer
      第12回日本RNA学会年会
    • Place of Presentation
      東京・国立情報学研究所
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 100Sリボソームの構造とその特徴2010

    • Author(s)
      吉田秀司
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会年会
    • Place of Presentation
      神戸・ポートアイランド
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 3種のグラム陽性細菌Lactobacillusが100Sリボソームを形成する2010

    • Author(s)
      上田雅美
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会年会
    • Place of Presentation
      神戸・ポートアイランド
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 大腸菌の栄養環境応答のトランスクリプトーム2010

    • Author(s)
      牧泰史
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会 第83回日本生化学会年会
    • Place of Presentation
      神戸・ポートアイランド
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] グラム陽性細菌におけるHPFホモログによる100Sリボソーム形成2010

    • Author(s)
      上田雅美
    • Organizer
      日本遺伝学会第82回大会
    • Place of Presentation
      札幌・北海道大学
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Remarks] 株式会社吉田生物研究所のホームページ

    • Related Report
      2012 Final Research Report
  • [Remarks] 吉田生物研究所URL

    • URL

      http://www.yoshidabio.co.jp/

    • Related Report
      2012 Annual Research Report

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Published: 2010-08-23   Modified: 2019-07-29  

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