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解析困難な蛋白質の高精度立体構造決定法の開発

Research Project

Project/Area Number 22510237
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

Allocation TypeSingle-year Grants
Section一般
Research Field Living organism molecular science
Research InstitutionTokyo Metropolitan University

Principal Investigator

伊藤 隆  Tokyo Metropolitan University, 理工学研究科, 教授 (80261147)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 三島 正規  首都大学東京, 大学院・理工学研究科, 准教授 (70346310)
PETER Guentert  首都大学東京, 戦略研究センター, 客員教授 (20392110)
Project Period (FY) 2010 – 2012
Project Status Completed (Fiscal Year 2011)
Budget Amount *help
¥3,640,000 (Direct Cost: ¥2,800,000、Indirect Cost: ¥840,000)
Fiscal Year 2011: ¥1,690,000 (Direct Cost: ¥1,300,000、Indirect Cost: ¥390,000)
Fiscal Year 2010: ¥1,950,000 (Direct Cost: ¥1,500,000、Indirect Cost: ¥450,000)
KeywordsNMR / プロテオミクス / 立体構造 / 最大エントロピー法 / 非線形サンプリング / 蛋白質 / 自動立体構造計算 / 異種核次元NMR
Research Abstract

本研究は,構造プロテオミクス研究をさらに前進させるための新しい技術基盤の創生を目指し,解析が非常に困難な生体高分子試料(実験条件下で不安定,溶解度が低い等)に対して,構造・機能解析を行う手段として,実験科学と情報・計算科学を融合した新しい総合的なアプローチを模索するものである
H22年度は,本研究の2つの研究手テーマのうち「迅速で高感度な異種核多次元NMR測定法」として,非線形サンプリング法を利用し,従来法の10%以下の測定時間で同程度の感度・分解能と,正確なクロスピークの相対強度を持つスペクトルを得る方法の検討を行った.その結果,半日~1日程度の測定時間で従来法に比して充分な感度と分解能の4D NMR測定が可能であること,またNOESYスペクトルのようにある程度の強度の正確性が要求される測定にも適用可能であることが示された.また,従来のMaxEntを用いたデータ処理法の改良版であるquantitative MaxEnt (QMEM), multidimensional deconvolution (MDD)を用いた精度の高い多次元NMRスペクトルの再構成ソフトウェアの検討も行った
また,「限られた構造情報からの効率的な立体構造解析法」として,NOESYスペクトルのみから完全に自動で立体構造解析を行うシステムの構築に成功した.このように客観的で再現性の高い解析法は,様々なより難しい試料において非常に有用であると考えられる

Report

(1 results)
  • 2010 Annual Research Report
  • Research Products

    (6 results)

All 2011 2010

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (2 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Exclusively NOESY-based automated NMR assignment and structure determination of proteins2011

    • Author(s)
      Teppei Ikeya, (他7名)
    • Journal Title

      Journal of Biomolecular NMR

      Volume: (in press)

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] NMR protein structure determination in living E.coli cells using nonlinear sampling2010

    • Author(s)
      Teppei Ikeya, (他15名)
    • Journal Title

      Nature Protocols

      Volume: 5 Pages: 1051-1060

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cellular structural biology2010

    • Author(s)
      Yutaka Ito, (他1名)
    • Journal Title

      Current Opinion in Structural Biology

      Volume: 20 Pages: 640-648

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] In-cell NMR studies of protein structure and dynamics inside living cells2010

    • Author(s)
      伊藤隆
    • Organizer
      The 2nd International Symposium on Drug Discovery and Design by NMR
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2010-09-30
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] Structure and dynamics of proteins at work inside cells2010

    • Author(s)
      伊藤隆
    • Organizer
      XXIVth International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • Place of Presentation
      ケアンズ, オーストラリア
    • Year and Date
      2010-08-24
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Book] 広がるNMRの世界-40人の研究者からの熱いメッセージ-2010

    • Author(s)
      伊藤隆(分担執筆)
    • Total Pages
      192
    • Publisher
      コロナ社
    • Related Report
      2010 Annual Research Report

URL: 

Published: 2010-08-23   Modified: 2016-04-21  

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