Development of the recognition motif of DNA oxidation and its application to comprehensive analysis of DNA mutation.

• Project/Area Number: 22750154
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Chemistry related to living body
• Research Institution: Kyoto Institute of Technology
• Principal Investigator: KOBORI Akio 京都工芸繊維大学, 工芸科学研究科, 准教授 (00397605)
• Project Period (FY): 2010 – 2011
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2011)
• Budget Amount: ¥4,160,000 (Direct Cost: ¥3,200,000、Indirect Cost: ¥960,000); Fiscal Year 2011: ¥1,040,000 (Direct Cost: ¥800,000、Indirect Cost: ¥240,000); Fiscal Year 2010: ¥3,120,000 (Direct Cost: ¥2,400,000、Indirect Cost: ¥720,000)
• Keywords: 酸化損傷塩基 / DNA / 変異原性

Research Abstract

This project was consisted of two major parts.
Part 1 : To elucidate the effects of 8-oxo-7, 8-dihydroguanine on nucleotide diversity, we constructed of 8-oxoG motif using small organic molecules. Part 2 : Probing the requirements for catalysis in 8-oxoG repair enzymes.

Research Products

• [Journal Article] Surprising Repair Activities of Nonpolar Analogs of 8-oxoG Expose Features of Recognition and Catalysis by Base Excision Repair Glycosylases (2012)
  • Author(s): P. L. McKibbin, A. Kobori, Y. Taniguchi, E. T. Kool, S. S. David
  • Journal Title: Journal of The American Chemical Society Volume: 134 Issue: 3 Pages: 1653-1661
  • DOI: 10.1021/ja208510m
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Development of a system to sensitively and specifically visualize-fos mRNA in living cells using bispyrene-modified RNA probes (2011)
  • Author(s): Waki R., Yamayoshi A., Kobori A., Murakami A.
  • Journal Title: Chemical Communications Volume: 47 Issue: 14 Pages: 4204-4206
  • DOI: 10.1039/c0cc04639f
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Real-time Imaging of RNA Expression in Living Cells Using Bispyrene-modified RNA Probes (2011)
  • Author(s): Waki R., Yamayoshi A., Kobori A., Murakami A.
  • Journal Title: Chemistry letters Volume: 40 Pages: 1247-1248
  • NAID: 10030220013
  • URL: http://dx.doi.org/10.1246/cl.2011.1247
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Real-time Imaging of RNA Expression in Living Cells Using Bispyrene-modified RNA Probes (2011)
  • Author(s): R.Waki
  • Journal Title: Chemistry Letters Volume: 40 Pages: 1247-1248
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Development of a system to sensitively and specifically visualize-fos mRNA in living cells using bispyrene-modified RNA probes. (2011)
  • Author(s): Waki R., Yamayoshi A., Kobori A., Murakami A.
  • Journal Title: Chemical Communications Volume: 47 Pages: 4204-4206
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Specific regulation of point-mutated K-ras-immortalized cell proliferation by a photo-dynamic antisense strategy (2010)
  • Author(s): Higuchi M., Yamayoshi A., Kato K., Kobori A., Wake N., Murakami A.
  • Journal Title: Oligonucleotides Volume: 20 Issue: 1 Pages: 37-44
  • DOI: 10.1089/oli.2008.0173
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Specific regulation of point-mutated K-ras-immortalized cell proliferation by a photo-dynamic antisense strategy. (2010)
  • Author(s): Higuchi M., Yamayoshi A., Kato K., Kobori A., Wake N., Murakami A.
  • Journal Title: Oligonucleotides Volume: 20 Pages: 37-44
  • Peer Reviewed
• [Presentation] RISC機能の制御を目指した光架橋性アンチセンス核酸の設計指針 (2012)
  • Author(s): 松山洋平
  • Organizer: 日本化学会第92春季年会
  • Place of Presentation: 慶應義塾大学(横浜市)
  • Year and Date: 2012-03-27
• [Presentation] N^4位にソラレン誘導体を導入したデオキシシチジンを含む新規光応答性核酸の合成とその機能評価 (2012)
  • Author(s): 小堀哲生
  • Organizer: 日本化学会第92春季年会
  • Place of Presentation: 慶應義塾大学(横浜市)
  • Year and Date: 2012-03-27
• [Presentation] 2-フェニルフランを導入したDNAオリゴマーによるエテノシトシン形成反応の開発と一塩基多型診断への応用 (2012)
  • Author(s): 小堀哲生
  • Organizer: 日本化学会第92春季年会
  • Place of Presentation: 慶應義塾大学(横浜市)
  • Year and Date: 2012-03-27
• [Presentation] 光架橋性アンチセンス核酸を用いたRISC機能制御法の開発(II)光架橋性基の導入位置がRISC機能阻害効果におよぼす影響 (2012)
  • Author(s): 松山洋平, 他
  • Organizer: 日本化学会第92春季年会
  • Place of Presentation: 慶應義塾大学(神奈川県横浜市)
  • Year and Date: 2012-03-27
• [Presentation] FRET型ピレン修飾核酸プローブの開発とRNAの可視化への応用 (2012)
  • Author(s): 真田雄矢, 他
  • Organizer: 日本化学会第92春季年会
  • Place of Presentation: 慶應義塾大学(神奈川県横浜市)
  • Year and Date: 2012-03-27
• [Presentation] 2-フェニルフランを導入したDNAオリゴマーによるエテノシトシン形成反応の開発と一塩基多型診断への応用 (2012)
  • Author(s): 小堀哲生, 他
  • Organizer: 日本化学会第92春季年会
  • Place of Presentation: 慶應義塾大学(神奈川県横浜市)
  • Year and Date: 2012-03-27
• [Presentation] ビスピレン修飾型2'-OMe RNAプローブを用いたRNA-タンパク質複合体検出法の開発 (2012)
  • Author(s): 村上章, 他
  • Organizer: 日本化学会第92春季年会
  • Place of Presentation: 慶應義塾大学(神奈川県横浜市)
  • Year and Date: 2012-03-25
• [Presentation] N^4位にソラレン誘導体を導入したデオキシシチジンを含む新規光応答性核酸の合成とその機能評価 (2012)
  • Author(s): 冨田康治, 他
  • Organizer: 日本化学会第92春季年会
  • Place of Presentation: 慶應義塾大学(神奈川県横浜市)
  • Year and Date: 2012-03-25
• [Presentation] RISC機能の制御を目指した光架橋性アンチセンス核酸の設計指針 (2011)
  • Author(s): 松山洋平
  • Organizer: 第34回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜
  • Year and Date: 2011-12-16
• [Presentation] RISC機能の制御を目指した光架橋性アンチセンス核酸の設計指針 (2011)
  • Author(s): 松山洋平, 他
  • Organizer: 第34回日本分子生物学会年会
  • Place of Presentation: パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
  • Year and Date: 2011-12-16
• [Presentation] A novel method to profile RNA expression in living cells using fluorescent RNA probes (2011)
  • Author(s): R.Waki, et al
  • Organizer: 38th ISNAC
  • Place of Presentation: Hokkaido University (Sapporo, Japan)
  • Year and Date: 2011-11-09
• [Presentation] Whole mount in situ hybridization detection of mRNAs in the Drosophila embryos using bispyrene-conjugated RNA probes (2011)
  • Author(s): T.Ueda, et al
  • Organizer: 38th ISNAC
  • Place of Presentation: Hokkaido University (Sapporo, Japan)
  • Year and Date: 2011-11-09
• [Presentation] 光分解性保護基を導入した架橋性核酸の開発と機能評価 (2011)
  • Author(s): 小堀哲生
  • Organizer: 第5回バイオ関連化学シンポジウム
  • Place of Presentation: つくば国際会議場(茨城県)
  • Year and Date: 2011-09-13
• [Presentation] 光分解性保護基を導入した架橋性核酸の開発と機能評価 (2011)
  • Author(s): 小堀哲生, 他
  • Organizer: 第5回バイオ関連化学シンポジウム
  • Place of Presentation: つくば国際会議場(茨城県つくば市)
  • Year and Date: 2011-09-13
• [Presentation] RISC機能の制御を目指した光応答性核酸素子の開発 (2011)
  • Author(s): 松山洋平, 他
  • Organizer: 第5回バイオ関連化学シンポジウム
  • Place of Presentation: つくば国際会議場(茨城県つくば市)
  • Year and Date: 2011-09-13
• [Presentation] Whole mount in situ hybridization detection of mRNAs in the Drosophila embryos using bispyrene-conjugated RNA probes (2011)
  • Author(s): R. Waki
  • Organizer: 38th ISNAC
  • Place of Presentation: 北海道大学
  • Year and Date: 2011-09-09
• [Presentation] Development of novel peptide-oligonucleotide conjugates for regulation of small RNA function (2011)
  • Author(s): A. Yamayoshi
  • Organizer: Sixth Cambridge Symposium on Nucleic Acids Chemistry and Biology
  • Place of Presentation: Queen's college(Cambridge、UK)
  • Year and Date: 2011-09-05
• [Presentation] Development of novel peptide-oligonucleotide conjugates for regulation of small RNA function (2011)
  • Author(s): A.Yamayoshi, et al
  • Organizer: Sixth Cambridge Symposium on Nucleic Acids Chemistry and Biology
  • Place of Presentation: Queen's college (Cambridge、UK)
  • Year and Date: 2011-09-05
• [Presentation] 核酸塩基部にソラレン誘導体を有する新規光架橋性アンチセンス核酸の合成と架橋特性の評価 (2011)
  • Author(s): 小堀哲生
  • Organizer: アンチセンス・遺伝子・デリバリーシンポジウム2011
  • Place of Presentation: 大阪大学(大阪府吹田市)
  • Year and Date: 2011-09-01
• [Presentation] 光分解性保護基を導入した機能性核酸の架橋特性の評価 (2011)
  • Author(s): 小堀哲生
  • Organizer: アンチセンス・遺伝子・デリバリーシンポジウム2011
  • Place of Presentation: 大阪大学(大阪府吹田市)
  • Year and Date: 2011-09-01
• [Presentation] 蛍光標識RNAプローブを用いた生細胞内RNAの発現プロファイリング (2011)
  • Author(s): 脇玲子
  • Organizer: アンチセンス・遺伝子・デリバリーシンポジウム2011
  • Place of Presentation: 大阪大学(大阪府吹田市)
  • Year and Date: 2011-09-01
• [Presentation] RISC機能の制御を目指した光架橋性アンチセンス核酸の開発 (2011)
  • Author(s): 松山洋平, 小堀哲生
  • Organizer: アンチセンス・遺伝子・デリバリーシンポジウム2011
  • Place of Presentation: 大阪大学(大阪府吹田市)
  • Year and Date: 2011-09-01
• [Presentation] マルチカラーRNAイメージングを目指したFRET型核酸プローブの開発 (2011)
  • Author(s): 眞田雄矢, 他
  • Organizer: アンチセンス・遺伝子・デリバリーシンポジウム2011
  • Place of Presentation: 大阪大学(大阪府吹田市)
  • Year and Date: 2011-09-01
• [Presentation] ユビキチンリガーゼ活性を利用した病因タンパク質の新規細胞内分解システムの開発 (2011)
  • Author(s): 山吉麻子
  • Organizer: 第40回医用高分子シンポジウム
  • Place of Presentation: 関西大学(大阪府吹田市)
  • Year and Date: 2011-07-26
• [Presentation] 機能性核酸を用いたRISC機能の光制御 (2011)
  • Author(s): 松山洋平
  • Organizer: 第21回バイオ・高分子シンポジウム
  • Place of Presentation: 関西大学(大阪府吹田市)
  • Year and Date: 2011-07-25
• [Presentation] 光応答性核酸を用いた相補鎖捕捉反応の開発 (2011)
  • Author(s): 小堀哲生
  • Organizer: 第21回バイオ・高分子シンポジウム
  • Place of Presentation: 関西大学(大阪府吹田市)
  • Year and Date: 2011-07-25
• [Presentation] 光分解性保護基により活性を制御できる機能性核酸の合成と架橋特性の評価 (2011)
  • Author(s): 小堀哲生
  • Organizer: 第57回高分子研究発表会
  • Place of Presentation: 兵庫県民会館(兵庫県神戸市)
  • Year and Date: 2011-07-15
• [Presentation] ロメフロキサシンを導入したオリゴ核酸合成と、相補鎖酸化反応への応用 (2011)
  • Author(s): 小堀哲生
  • Organizer: 第57回高分子研究発表会
  • Place of Presentation: 兵庫県民会館(兵庫県神戸市)
  • Year and Date: 2011-07-15
• [Presentation] FRET型ピレンプローブによるRNA検出 (2011)
  • Author(s): 村上章, 他
  • Organizer: 第57回高分子研究発表会
  • Place of Presentation: 兵庫県民会館(兵庫県神戸市)
  • Year and Date: 2011-07-15
• [Presentation] リンカー導入型遺伝子制御素子を用いた細胞内低分子RNAの機能制御 (2011)
  • Author(s): 山吉麻子, 他
  • Organizer: 第57回高分子研究発表会
  • Place of Presentation: 兵庫県民会館(兵庫県神戸市)
  • Year and Date: 2011-07-15
• [Presentation] 4-フルオロインドール誘導体を用いたDNA修復酵素の基質認識特性の解明 (2011)
  • Author(s): 小堀哲生
  • Organizer: 日本ケミカルバイオロジー学会
  • Place of Presentation: 東京工業大学大岡山(東京)
• [Presentation] Interstrand photo-crosslinking using psoralen-incorporated oligodeoxyribonucleotides (2010)
  • Author(s): A. Kobori
  • Organizer: International roundtable on nucleosides, nucleotides and nucleic acids
  • Place of Presentation: France
  • Year and Date: 2010-08-29
• [Presentation] Interstrand photo-crosslinking using psoralen-incorporated oligodeoxyribonucleotides (2010)
  • Author(s): A.Kobori, K.Takaya, M.Higuchi, A.Yamayoshi, A.Murakami
  • Organizer: International roundtable on nucleosides, nucleotides and nucleic acids
  • Place of Presentation: France, Lyon
  • Year and Date: 2010-08-29
• [Remarks]
  • URL: http://www.cis.kit.ac.jp/~antisen/seijo.html
• [Remarks] 京都工芸繊維大学大学院工芸科学研究科生体分子工学部門生体高分子情報研究室
  • URL: http://www.cis.kit.ac.jp/~antisen/seijo.html