Spatio-temporal dynamics of adaptive genes in Arabidopsis halleri subsp. gemmifera

• Project/Area Number: 22770013
• Research Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Research Field: Ecology/Environment
• Research Institution: The University of Tokyo
• Principal Investigator: MORINAGA Shin-ichi 東京大学, 大学院・総合文化研究科, 助教 (80568262)
• Project Period (FY): 2010 – 2011
• Project Status: Completed (Fiscal Year 2011)
• Budget Amount: ¥4,420,000 (Direct Cost: ¥3,400,000、Indirect Cost: ¥1,020,000); Fiscal Year 2011: ¥910,000 (Direct Cost: ¥700,000、Indirect Cost: ¥210,000); Fiscal Year 2010: ¥3,510,000 (Direct Cost: ¥2,700,000、Indirect Cost: ¥810,000)
• Keywords: アブラナ科 / シロイヌナズナ属 / 適応進化 / ゲノム基盤 / 次世代シーケンサー / 標本 / 時空間動態 / 環境変動 / 局所適応 / エコゲノミクス / 適応的分化 / ゲノム / 適応遺伝子 / 分子古生態学

Research Abstract

I sequenced the genome of Arabidopsis halleri subsp. gemmifera by using next-generation DNA sequencer to explore the adaptive genes for local habitats. Furthermore, I examined the allele frequency changes from 100 years ago to the present in some functional genes related to environmental adaptation using specimen samples. As a result, rapid allele frequency changes during the last 20 years were detected in important functional genes.

Research Products

• [Journal Article] Fine-scale flower-visiting behavior revealed by using a high-speed camera (2012)
  • Author(s): Sakamoto, R. L., S.-I. Morinaga, M. Ito, and N. Kawakubo
  • Journal Title: Behavioral Ecology and Sociobiology Volume: 66 Pages: 669-674
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] The Selaginella genome identifies genetic changes associated with the evolution of vascular plants (2011)
  • Author(s): Banks, J. A. et al
  • Journal Title: Science Volume: 332 Pages: 960-963
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Genomic structure of lowland and highland ecotypes of Arabidopsis halleri ssp. gemmifera(Brassicaceae) in Mt (2010)
  • Author(s): Ikeda, H., H. Setoguchi, S.-I. Morinaga
  • Journal Title: Ibuki. Acta Phytotaxonomica et Geobotanica Volume: 61 Pages: 21-26
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Genomic structure of lowland and highland ecotypes of Arabidopsis halleri ssp.gemmifera (Brassicaceae) in Mt.Ibuki (2010)
  • Author(s): Ikeda, H., Setoguchi, H., Morinaga, S.-I.
  • Journal Title: Acta Phytotaxonomica et Geobotanica Volume: 61 Pages: 21-26
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Ecological genomics of local adaptation in a wild species of Arabidopsis (2012)
  • Author(s): Morinaga, S.-I
  • Organizer: International Workshop for initiating a global genetic diversity assessment, Kyushu University
  • Place of Presentation: Fukuoka, Japan
  • Year and Date: 2012-03-14
• [Presentation] 進化し続けるイブキ・ハクサンハタザオ:機能遺伝子の時空間動態 (2012)
  • Author(s): 森長真一・岩崎貴也・永野惇・伊藤元己
  • Organizer: 第59回日本生態学会大会
  • Place of Presentation: 大津市、龍谷大学
  • Year and Date: 2012-03-09
• [Presentation] 訪花頻度に依存しない送粉貢献-季節変動する送粉者の効果と変動しない種子生産- (2011)
  • Author(s): 坂本亮太・伊藤元己・川窪伸光・森長真一
  • Organizer: 第43回種生物学シンポジウム
  • Place of Presentation: 山梨県富士吉田市
  • Year and Date: 2011-12-10
• [Presentation] シロイヌナズナ近縁種のゲノム解析:ゲノムを温ねて生態を知る (2011)
  • Author(s): 森長真一
  • Organizer: 日本植物学会第75回大会
  • Place of Presentation: 東京都目黒区、東京大学
  • Year and Date: 2011-09-18
• [Presentation] ハイスピード動画撮影による送粉行動の解析 (2011)
  • Author(s): 坂本亮太・森長真一・伊藤元己・川窪伸光
  • Organizer: Animal 2011(第71回日本動物心理学会・第30回日本動物行動学会・2011年度応用動物行動学会/日本家畜管理学会合同大会)
  • Place of Presentation: 東京都港区
  • Year and Date: 2011-09-11
• [Presentation] シロイヌナズナ近縁種の分布と適応:ゲノムから生態現象へ (2011)
  • Author(s): 森長真一
  • Organizer: 日本進化学会第13回大会
  • Place of Presentation: 京都市左京区、京都大学
  • Year and Date: 2011-07-31
• [Presentation] シロイヌナズナ近縁種の分布と適応:ゲノムから生態現象へ (2011)
  • Author(s): 森長真一
  • Organizer: 日本進化学会第13回大会
  • Place of Presentation: 京都大学(招待講演)
  • Year and Date: 2011-07-31
• [Presentation] 異なる標高におけるハクサンハタザオとイブキハタザオの紫外線によるDNA損傷とその防御メカニズム (2011)
  • Author(s): 永野聡一郎・齋藤佳奈・Wenhui Zhang・矢野歳和・森長真一・日出間純・彦坂幸毅
  • Organizer: 第58回日本生態学会大会
  • Place of Presentation: 札幌市、札幌コンベンションセンター
  • Year and Date: 2011-03-10
• [Presentation] 適応遺伝子の時空間動態:イブキ・ハクサンハタザオにおける分子「古」生態学的解析 (2011)
  • Author(s): 森長真一・長谷和子・永野惇・伊藤元己
  • Organizer: 第58回日本生態学会大会
  • Place of Presentation: 札幌市、札幌コンベンションセンター
  • Year and Date: 2011-03-09
• [Presentation] 開花時期に伴い変動する複数訪花者の送粉貢献 (2011)
  • Author(s): 坂本亮太・森長真一・伊藤元己・川窪伸光
  • Organizer: 第58回日本生態学会大会
  • Place of Presentation: 札幌市、札幌コンベンションセンター
  • Year and Date: 2011-03-09
• [Presentation] 適応遺伝子の時空間動態:イブキ・ハクサンハタザオにおける分子「古」生態学的解析 (2011)
  • Author(s): 森長真一
  • Organizer: 第58回日本生態学会大会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター(札幌市)
  • Year and Date: 2011-03-09
• [Presentation] 植物の分布と適応:ゲノムが語る低地と高地の形質分化 (2011)
  • Author(s): 森長真一
  • Organizer: 第10回日本分類学会連合公開シンポジウム
  • Place of Presentation: 東京都、国立科学博物館新宿分館
  • Year and Date: 2011-01-09
• [Presentation] 標高の上昇に伴う紫外線によるDNA損傷の増加と高標高生態型の適応的分化 (2010)
  • Author(s): 永野聡一郎・齋藤佳奈・Wenhui Zhang・矢野歳和・森長真一・日出間純・彦坂幸毅
  • Organizer: 日本植物学会第75回大会
  • Place of Presentation: 東京都目黒区、東京大学
  • Year and Date: 2010-09-19
• [Presentation] 植物標本から過去を紡ぐ:イブキ・ハクサンハタザオにおける分子「古」生態学的解析 (2010)
  • Author(s): 森長真一・永野惇・伊藤元己
  • Organizer: 日本植物学会第74回大会
  • Place of Presentation: 愛知県春日井市、中部大学
  • Year and Date: 2010-09-11
• [Presentation] ハクサンハタザオとイブキハタザオの葉の解剖学的・生化学的特性の標高傾度に沿った変異とその生態学的意義 (2010)
  • Author(s): 永野聡一郎・森長真一・彦坂幸毅
  • Organizer: 日本植物学会第74回大会
  • Place of Presentation: 愛知県春日井市、中部大学
  • Year and Date: 2010-09-11
• [Presentation] Ecological genomics of a wild species of Arabidopsis growing along an altitudinal gradient (2010)
  • Author(s): Morinaga, S.-I
  • Organizer: International symposium, Eco-Evolutionary Approaches to Climate Changes : Rapid Adaptation to Climate Changes in Plants
  • Place of Presentation: Kyushu University, Fukuoka, Japan
  • Year and Date: 2010-08-29
• [Book] ゲノムが拓く生態学遺伝子の網羅的解析で迫る植物の生きざま (2011)
  • Author(s): 永野惇・森長真一
  • Total Pages: 375
  • Publisher: 文一総合出版
• [Book] ゲノムが拓く生態学-遺伝子の網羅的解析から迫る植物の生きざま- (2010)
  • Author(s): 永野惇・森長真一
  • Total Pages: 375
  • Publisher: 文一総合出版
• [Remarks]
  • URL: http://sites.google.com/site/simorinaga/