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マウス胚性幹細胞分化に伴うゲノムの核内高次折り畳み構造変化の分子基盤

Research Project

Project/Area Number 22870033
Research Category

Grant-in-Aid for Research Activity Start-up

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Developmental biology
Research InstitutionNational Institute of Genetics

Principal Investigator

平谷 伊智朗  国立遺伝学研究所, 構造遺伝学研究センター, 助教 (40583753)

Project Period (FY) 2010 – 2011
Project Status Completed (Fiscal Year 2011)
Budget Amount *help
¥3,146,000 (Direct Cost: ¥2,420,000、Indirect Cost: ¥726,000)
Fiscal Year 2011: ¥1,508,000 (Direct Cost: ¥1,160,000、Indirect Cost: ¥348,000)
Fiscal Year 2010: ¥1,638,000 (Direct Cost: ¥1,260,000、Indirect Cost: ¥378,000)
Keywords生物・生体工学 / ゲノム / 遺伝子 / 発生・分化
Research Abstract

哺乳類発生過程において、未分化な胚細胞は分化に伴ってグローバルな染色体構造を変化させる。この構造変化は、細胞のエピジェネティックな変化を表象したものと考えられるがその意義は未だ不明である。私はこの構造変化が顕著に認められる染色体領域及び発生時期をゲノムワイドDNA複製タイミング解析とFISH及び電顕解析により検討した結果、マウスES細胞が後期epiblast様細胞(EpiSC細胞)に分化した時点で大きな染色体構造変化が起こることを見出した。本研究は、この変化がマウス初期発生における重要な分岐点であるという仮説に立脚し、その分子基盤の解明を目的とした。具体的には、マウスES細胞のEpiSC細胞への分化系を確立し、siRNA作製・導入の系を確立し、ES細胞のEpisc細胞への分化を阻害する因子をsiRNAスクリーニングにより同定することを目標に設定した。昨年度はsiRNA作製・導入の系を確立した。また実験的困難に伴い当初の予定を変更して雌胚性癌腫細胞のX染色体不活性化/再活性化を指標としてsiRNAスクリーニングを行うことを計画した。マウスES細胞のEpisc細胞への分化はX染色体不活性化を伴うが、私はX染色体不活性化がこの時期に起きる重要なクロマチン構造変化の一つと考えている。また、雌胚性癌腫細胞のX染色体不活性化の解除に伴って常染色体の核内配置も一部変化したため(FISH 解析)この培養系でグローバルな染色体構造変化が実際に起きていることが示唆された。ゆえに、この新たなスクリーニング計画は当初の研究目的に沿うものである。本年度は胚性癌腫細胞のX染色体不活性化/再活性化を人為的に引き起こして全ゲノム遺伝子発現のプロファイル変化を調べ、染色体構造変化に関与する可能性のある候補遺伝子をリストアップした。現在リストの上位70のsiRNAを作製し、表現型解析を行っている。

Report

(2 results)
  • 2011 Annual Research Report
  • 2010 Annual Research Report
  • Research Products

    (4 results)

All 2011 2010

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 2 results) Presentation (1 results)

  • [Journal Article] Genome-scale analysis of replication timing : from bench to bioinformatics2011

    • Author(s)
      Ryba T., et al.
    • Journal Title

      Nature Protocols

      Volume: 6 Issue: 6 Pages: 870-895

    • DOI

      10.1038/nprot.2011.328

    • Related Report
      2011 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evolutionarily conserved replication timing profiles predict long-range chromatin interactions and distinguish closely related cell types2010

    • Author(s)
      Ryba T., et al.
    • Journal Title

      Genome Research

      Volume: 20 Pages: 761-770

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Space and time in the nucleus : developmental control of replication timing and chromosome architecture2010

    • Author(s)
      Gilbert D.M., et al.
    • Journal Title

      Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology

      Volume: (in press)

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] Genome-Wide Dynamics of DNA Replication Timing Revealed by In Vitro Models of Mouse Embryogenesis-Implications for Higher-Order Genome Organization And Its Developmental Regulation2011

    • Author(s)
      平谷伊智朗
    • Organizer
      理研CDBシンポジウム"Epigenetic Landscape in Development and Disease"
    • Place of Presentation
      理研CDB、神戸
    • Year and Date
      2011-03-14
    • Related Report
      2010 Annual Research Report

URL: 

Published: 2010-08-27   Modified: 2016-04-21  

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