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新規安定同位体ラベル法を用いた高分子量創薬ターゲット蛋白質の構造機能解析法の開発

Research Project

Project/Area Number 22890246
Research Category

Grant-in-Aid for Research Activity Start-up

Allocation TypeSingle-year Grants
Research Field Physical pharmacy
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

竹内 恒  National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, 研究員 (20581284)

Project Period (FY) 2010 – 2011
Project Status Completed (Fiscal Year 2011)
Budget Amount *help
¥3,146,000 (Direct Cost: ¥2,420,000、Indirect Cost: ¥726,000)
Fiscal Year 2011: ¥1,508,000 (Direct Cost: ¥1,160,000、Indirect Cost: ¥348,000)
Fiscal Year 2010: ¥1,638,000 (Direct Cost: ¥1,260,000、Indirect Cost: ¥378,000)
Keywords核磁気共鳴法 / 安定同立体標識 / 連鎖帰属 / ピルビン酸 / ^<13>C-^<12>C交互標識
Research Abstract

^<13>C標識に用いられるグルコースに替わりアミノ酸前駆体である2-^<13>Cピルビン酸を用いた"^<13>C-^<12>C交互標識法"と、^<13>Cα-^<13>Cα間を直接相関付ける□CACA-TOCSY"を組み合わせた新たな水素核3重共鳴測定法:hnCA-TOCSY-caNH(以下大文字が化学シフト相関を得る核種、小文字が磁化の移動にのみ用いる核種とする)を開発した。本手法は、一般的に主鎖帰属に用いられるHNCA実験と同様にC^α核の化学シフトを利用して連鎖帰属を行うものであるが、各HN(i)につきCa(i-1)に対してのみ連鎖帰属情報が含まれるHNCA実験に比べ、hnCA-TOCSY-caNH実験ではCa(i-2),Ca(i-1),Ca(i+1)と3組の連鎖帰属情報が含まれることから、シグナルの縮重が激しい高分子量蛋白質の帰属において有効な手法となる。またCa(i-2)、Ca(i+1)への連鎖相関は、他の手法で得ることのできないユニークな帰属情報であり本手法の独創性は高いと考える。
これと同時にhNca-TOCS-caNH,Hnca-TOCSY-caNHを開発し、HN(i)に対しi-2からi+2の窒素核あるいは水素核同士を直接相関付ける測定法の確立も行った。本測定は従来法であるhNcacoNH実験,hNcaNH実験などと比較してより多くの連鎖相関を含んでおり、他の手法で得ることのできないユニークな連鎖相関を与える点で上述のhnCA-TOCSY-caNHと同様に重要な測定法になると考られる。
さらに上述の本手法をより高分子量の高分子量蛋白質へ適用できるようにするためにはさらに高度な重水素化が必要であると考え、ピルビン酸の3位メチルプロトンを重水素化する新たな手法を確立した。

Report

(1 results)
  • 2010 Annual Research Report
  • Research Products

    (13 results)

All 2011 2010

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results) Presentation (4 results)

  • [Journal Article] HNCA-TOCSY CANH experiments with alternate (13)C-(12)C labeling : a set of 3D experiment with unique supra-sequential information for mainchain resonance assignment.2011

    • Author(s)
      Takeuchi K, Gal M, Takahashi H, Shimada I, Wagner G.
    • Journal Title

      J Biomol NMR

      Volume: 49 Pages: 17-26

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure of the VP 16 transactivator target in the Mediator2011

    • Author(s)
      Milbradt AG, Kulkarni M, Yi T, Takeuchi K, Sun ZY, Luna RE, Selenko P, Naar AM, Wagner G.
    • Journal Title

      Nat Struct Mol Biol.

      Volume: 18(掲載確定)

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ubiquitination of k-ras enhances activation and facilitates bin ding to select downstream effectors2011

    • Author(s)
      Sasaki AT, Carracedo A, Locasale JW, Anastasiou D, Takeuchi K, Kahoud ER, Haviv S, Asara JM, Pandolfi PP, Cantley LC.
    • Journal Title

      Sci Signal.

      Volume: 4

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis underlying the dual gate properties of KcsA2010

    • Author(s)
      Imai S, Osawa M, Takeuchi K, Shimada I
    • Journal Title

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA.

      Volume: 107 Pages: 6216-6221

    • Related Report
      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] CACA-TOCSY with alternate ^<13>C-^<12>C labeling : a ^<13>C^α direct detection experiment for mainchain resonance assignment, dihedral angle information, and amino acid type identification2010

    • Author(s)
      Takeuchi K, Frueh D, Sun ZY, Hiller S, Wagner G
    • Journal Title

      J Biomol NMR

      Volume: 47 Pages: 55-63

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      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Autoinhibitory Interaction in the Multidomain Adaptor Protein Nck : Possible Roles in Improving Specificity and Functional Diversity2010

    • Author(s)
      Takeuchi K, Sun ZY, Park S, Wagner G
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 49 Pages: 5634-5641

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      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nitrogen-detected CAN and CON experiments as alternative experiments for main chain NMR resonance assignments2010

    • Author(s)
      Takeuchi K, Heffron G, Sun ZY, Frueh DP, Wagner G
    • Journal Title

      J Biomol NMR

      Volume: 47 Pages: 271-282

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      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Distinctive CD3 Heterodimeric Ectodomain Topologies Maximize Antigen-triggered Activation of αss T Cell Receptors2010

    • Author(s)
      Kim ST, Touma M, Takeuchi K, Sun ZY, Dave VP, Kappes DJ, Wagner G, Reinherz EL
    • Journal Title

      J Immunol

      Volume: 185 Pages: 2951-2959

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      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] NMR analyses of the G{beta}{gamma} binding and conformational rearrangements of the cytoplasmic pore of G protein-activated inwardly rectifying potassium channel 1 (GIRK1).2010

    • Author(s)
      Yokogawa M, Osawa M, Takeuchi K, Mase Y, Shimada I
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 286 Pages: 2215-23

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      2010 Annual Research Report
    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 高分子量蛋白質のNMR解析に適した13C標識法および測定法の開発2011

    • Author(s)
      竹内恒
    • Organizer
      よこはまNMR構造生物学研究会
    • Place of Presentation
      理化学研究所横浜研究所交流ホール(神奈川県)
    • Year and Date
      2011-03-02
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      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 細胞レセプターはダイナミックかつ協同的な4次元構造変化により活性化する2010

    • Author(s)
      竹内恒
    • Organizer
      BMB2010
    • Place of Presentation
      神戸ポートアイランド(兵庫県)
    • Year and Date
      2010-12-08
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      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 高分子量蛋白質のNMR解析に適した安定同位体標識法および測定法の開発2010

    • Author(s)
      竹内恒
    • Organizer
      日本分光学会年会
    • Place of Presentation
      京都大学(京都府)
    • Year and Date
      2010-11-20
    • Related Report
      2010 Annual Research Report
  • [Presentation] 高分子量蛋白質の構造解析に適した安定同位体ラベル法および測定法の開発2010

    • Author(s)
      竹内恒
    • Organizer
      NMR討論会
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀(東京都)
    • Year and Date
      2010-11-17
    • Related Report
      2010 Annual Research Report

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Published: 2010-08-27   Modified: 2016-04-21  

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