Research Project
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
アンサンブルMD法や定pH法(配置選択定pH法)を適用して得られる原子群の座標・速度の時系列数値データ(ビッグデータ)を用いて、①時系列クラスタリング(Time series clustering、TSC)法を用いて、アロステリック制御の分子機構を解明する。実際、ヘモグロビンやトロンビンを例に、その分子機構における共溶質濃度特性を明らかにする。さらに、②配置選択定pH法を適用して、pH変化を引き金に生じる蛋白質機能調節の分子機構を解明する。また、pH依存性運搬(pHD)ペプチド(細孔形成細胞膜ペプチド)の膜選択性を例に、膜チャネルの開閉機構に関連する高次構造の時系列解析を通して明らかにする。